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- PDB-6o6j: Crystal structure of the LjCASTOR gating ring in the Ca2+ and Na+... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o6j
タイトルCrystal structure of the LjCASTOR gating ring in the Ca2+ and Na+ condition
要素Ion channel CASTOR
キーワードTRANSPORT PROTEIN / calcium channel / RCK domain / gating ring / CASTOR / membrane protein
機能・相同性CASTOR/POLLUX/SYM8 ion channel, conserved domain / Ion channel CASTOR/POLLUX/SYM8-like / Castor and Pollux, part of voltage-gated ion channel / RCK N-terminal domain profile. / monoatomic ion transmembrane transport / nuclear membrane / Ion channel CASTOR
機能・相同性情報
生物種Lotus japonicus (エボシグサ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Jiang, Y. / Kim, S.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)Y.J. 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM079179 米国
Welch FoundationI-1578 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Ca2+-regulated Ca2+channels with an RCK gating ring control plant symbiotic associations.
著者: Kim, S. / Zeng, W. / Bernard, S. / Liao, J. / Venkateshwaran, M. / Ane, J.M. / Jiang, Y.
履歴
登録2019年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ion channel CASTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1477
ポリマ－61,9571
非ポリマー1916
水9,620534
1
A: Ion channel CASTOR
ヘテロ分子

A: Ion channel CASTOR
ヘテロ分子

A: Ion channel CASTOR
ヘテロ分子

A: Ion channel CASTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,59028
ポリマ－247,8274
非ポリマー76224
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area9530 Å2
ΔGint-279 kcal/mol
Surface area81270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.234, 125.234, 81.512
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Space group name HallI4
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Ion channel CASTOR


分子量: 61956.867 Da / 分子数: 1 / 断片: gating ring (UNP residues 312-853) / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Jean-Michel Ane, University of Wisconsin - Madison, Madison, WI 53706, USA.
由来: (組換発現) Lotus japonicus (エボシグサ) / 遺伝子: CASTOR / Variant: Gifu / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: Q5H8A6
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 534 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.47 % / 解説: a thin rectangular prism with smooth edges
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 21% w/v PEG550 MME, 50 mM magnesium acetate, 100 mM Tris, pH 8.2
PH範囲: 7.5-8.5 / Temp details: 293 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.94936 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月11日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal Si (111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94936 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 160841 / % possible obs: 98.75 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 17.93 Å2 / Net I/σ(I): 34.54
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 1.201 / Mean I/σ(I) obs: 1.983 / Num. unique obs: 7449 / CC1/2: 0.405 / Rpim(I) all: 0.671 / Rrim(I) all: 1.382 / Rsym value: 1.201 / Χ2: 1.149 / % possible all: 90.21

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER1.13_2998位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→39.6 Å / SU ML: 0.1571 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.4919
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1882 3823 2.47 %
Rwork0.1659 --
obs0.1665 154888 95.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3961 0 6 534 4501
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014045
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06485474
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0719635
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066712
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.99542513
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.620.27051060.26734396X-RAY DIFFRACTION74.66
1.62-1.640.23091150.25644833X-RAY DIFFRACTION82.45
1.64-1.670.29191470.24645304X-RAY DIFFRACTION90.9
1.67-1.690.20431440.23165607X-RAY DIFFRACTION95.96
1.69-1.720.22731480.2265711X-RAY DIFFRACTION95.95
1.72-1.740.24621430.21785627X-RAY DIFFRACTION95.94
1.74-1.770.24531420.22875643X-RAY DIFFRACTION95.95
1.77-1.80.26531420.21095616X-RAY DIFFRACTION96.4
1.8-1.830.21571480.2055654X-RAY DIFFRACTION96.3
1.83-1.870.22581430.18485706X-RAY DIFFRACTION96.45
1.87-1.910.17411480.1735658X-RAY DIFFRACTION96.51
1.91-1.950.23131440.17825631X-RAY DIFFRACTION96.56
1.95-20.21241410.17145676X-RAY DIFFRACTION96.66
2-2.040.19181460.16955667X-RAY DIFFRACTION97.05
2.04-2.10.19851460.16365708X-RAY DIFFRACTION96.98
2.1-2.160.15541520.16375739X-RAY DIFFRACTION97.36
2.16-2.230.21861500.15945648X-RAY DIFFRACTION97.17
2.23-2.310.17771450.15445750X-RAY DIFFRACTION97.12
2.31-2.40.16631340.15975703X-RAY DIFFRACTION97.43
2.4-2.510.19931430.1555784X-RAY DIFFRACTION97.82
2.51-2.650.17151450.16195752X-RAY DIFFRACTION97.78
2.65-2.810.19931410.16145717X-RAY DIFFRACTION97.91
2.81-3.030.21051450.16895756X-RAY DIFFRACTION97.96
3.03-3.330.21621430.16195745X-RAY DIFFRACTION98.05
3.33-3.820.16291370.14675794X-RAY DIFFRACTION98.18
3.82-4.810.1361440.13085784X-RAY DIFFRACTION98.18
4.81-39.610.16641410.16255456X-RAY DIFFRACTION92.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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