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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bd4 | ||||||
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タイトル | Porcine pancreatic elastase complexed with beta-casomorphin-7 and Lys-Ser at pH 5.0 | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE / SERINE PROTEINASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, B. / Schofield, C.J. / Wilmouth, R.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural analyses on intermediates in serine protease catalysis 著者: Liu, B. / Schofield, C.J. / Wilmouth, R.C. #1: ![]() タイトル: Structure of a specific acyl-enzyme complex formed between beta-casomorphin-7 and porcine pancreatic elastase 著者: Wilmouth, R.C. / Clifton, I.J. / Robinson, C.V. / Roach, P.L. / Aplin, R.T. / Westwood, N.J. / Hajdu, J. / Schofield, C.J. #2: ![]() タイトル: X-ray snapshots of serine protease catalysis reveal a tetrahedral intermediate 著者: Wilmouth, R.C. / Edman, K. / Neutze, R. / Wright, P.A. / Clifton, I.J. / Schneider, T.R. / Schofield, C.J. / Hajdu, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 456.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 458.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2bb4C ![]() 2bd2C ![]() 2bd3C ![]() 2bd5C ![]() 2bd7C ![]() 2bd8C ![]() 2bd9C ![]() 2bdaC ![]() 2bdbC ![]() 2bdcC ![]() 2h1uC ![]() 3estS ![]() 2bd6 C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質・ペプチド / タンパク質 , 2種, 2分子 PA
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 863.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide |
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#2: タンパク質 | 分子量: 25928.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 103分子 ![](data/chem/img/LYS.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-LYS / |
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#4: 化合物 | ChemComp-CA / |
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
非ポリマーの詳細 | SER 1002 IS DISORDERED配列の詳細 | THIS CONFLICT IS BASED ON THE REFERENCE 3 IN SEQUENCE DATABASE, P00772 IN SWISS-PROT. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.4 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 25MM SODIUM SULPHATE, 25MM SODIUM ACETATE (PH 5.0), 25 MG/ML PPE AND 17.5 MG/ML BCM7, AND THEN SOAKED WITH LYS-SER (50MG/ML) IN 250MM SODIUM ACETATE (PH 5.0) (5 MICROLITRES) FOR 60 MIN, VAPOR ...詳細: 25MM SODIUM SULPHATE, 25MM SODIUM ACETATE (PH 5.0), 25 MG/ML PPE AND 17.5 MG/ML BCM7, AND THEN SOAKED WITH LYS-SER (50MG/ML) IN 250MM SODIUM ACETATE (PH 5.0) (5 MICROLITRES) FOR 60 MIN, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 127 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年6月17日 / 詳細: OSMIC mirrors |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→15.7 Å / Num. obs: 24646 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 20.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 8.6 / Num. unique all: 3558 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3EST 解像度: 1.7→15.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 1.983 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: The PPE:BCM7:LYS-SER PH 5 crystal (from which the pdb file 2BD4 was collected) was warmed to room temperature, immersed in 250 mm CHES PH 9, 25% (v/v) glycerol for 30s and refrozen.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.622 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→15.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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