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万見
- PDB-2aj3: Crystal Structure of a Cross-Reactive HIV-1 Neutralizing CD4-Bind... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2aj3
タイトルCrystal Structure of a Cross-Reactive HIV-1 Neutralizing CD4-Binding Site Antibody Fab m18
要素
  • Fab m18, Heavy Chain
  • Fab m18, Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV / antibody / Fab / CD4-binding / immunoglobulin
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : / :
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Prabakaran, P. / Gan, J. / Wu, Y.Q. / Zhang, M.Y. / Dimitrov, D.S. / Ji, X.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structural mimicry of CD4 by a cross-reactive HIV-1 neutralizing antibody with CDR-H2 and H3 containing unique motifs.
著者: Prabakaran, P. / Gan, J. / Wu, Y.Q. / Zhang, M.Y. / Dimitrov, D.S. / Ji, X.
履歴
登録2005年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE The sequences of the proteins were not deposited into any sequence database. The sequence ...SEQUENCE The sequences of the proteins were not deposited into any sequence database. The sequence of FAB M18 was selected from a human phage display library (Immunol. Methods, 283(1-2):17-25, Dec. 2003). The constant domains of the heavy chains B, D and F have the same sequence as all human IGG1 antibodies.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab m18, Light Chain
B: Fab m18, Heavy Chain
C: Fab m18, Light Chain
D: Fab m18, Heavy Chain
E: Fab m18, Light Chain
F: Fab m18, Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,8819
ポリマ－143,5936
非ポリマー2883
水8,989499
1
A: Fab m18, Light Chain
B: Fab m18, Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9603
ポリマ－47,8642
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area19890 Å2
手法PISA
2
C: Fab m18, Light Chain
D: Fab m18, Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9603
ポリマ－47,8642
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area20120 Å2
手法PISA
3
E: Fab m18, Light Chain
F: Fab m18, Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9603
ポリマ－47,8642
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3930 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.599, 82.620, 187.204
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Fab m18, Light Chain


分子量: 23441.111 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Fab / プラスミド: pComb3X / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: UniProt: Q6PIH7
#2: 抗体 Fab m18, Heavy Chain


分子量: 24423.268 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Fab / プラスミド: pComb3X / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: UniProt: Q6GMX1
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 100 mM CHES, 20% (w/v) PEG-8000, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月17日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→29.25 Å / Num. all: 81882 / Num. obs: 81882 / % possible obs: 85.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.03→2.1 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 1.89 / Num. unique all: 6545 / % possible all: 70

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1HZH

1hzh


解像度: 2.03→29.25 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 351921.01 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 4133 5 %RANDOM
Rwork0.225 ---
all0.227 81882 --
obs0.227 81882 85.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.8949 Å2 / ksol: 0.331035 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.81 Å20 Å25 Å2
2--3.02 Å20 Å2
3----7.83 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.3 Å
Luzzati d res low-30 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.51 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→29.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9983 0 15 499 10497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.02
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.1 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 341 5.1 %
Rwork0.404 6283 -
obs-6624 70 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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