PDB-2ahs: Crystal Structure of the Catalytic Domain of Human Tyrosine Recep...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ahs

タイトル

Crystal Structure of the Catalytic Domain of Human Tyrosine Receptor Phosphatase Beta

要素

Receptor-type tyrosine-protein phosphatase beta

キーワード

HYDROLASE / Tyrosine Receptor Phosphatase / Beta / Human / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

glial cell migration / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / dephosphorylation / tertiary granule membrane / specific granule membrane / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / angiogenesis / receptor complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Ugochukwu, E. / Eswaran, J. / Barr, A. / Gileadi, O. / Sobott, F. / Burgess, N. / Ball, L. / Bray, J. / von Delft, F. / Debreczeni, J. ...

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2009
タイトル: Large-scale structural analysis of the classical human protein tyrosine phosphatome.
著者: Barr, A.J. / Ugochukwu, E. / Lee, W.H. / King, O.N. / Filippakopoulos, P. / Alfano, I. / Savitsky, P. / Burgess-Brown, N.A. / Muller, S. / Knapp, S.

履歴

登録	2005年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2012年3月28日	Group: Database references
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ahs.cif.gz	139.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ahs.ent.gz	108 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ahs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/2ahs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/2ahs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2b49C 2cfvC 2cjzC 2gjtC 2h4vC 2i75C 2jjdC 2nlkC 2nz6C 2oc3C 2ooqC 2p6xC 2pa5C 2qepC 3b7oC 1rpmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ooq-1 4fb9-3 4rhg-d 4fbc-4 1uq5-d 1q6t-1 2vc4-d 3mfq-1 2ooq-2 1q6t-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (12) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (5) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (5) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (12)
#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (5)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (5)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (1)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase beta

B: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase beta

ヘテロ分子

69 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase beta

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase beta

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.368, 123.368, 179.569
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	LYS	LYS	5	A	A	1705 - 1745	29 - 69
2	1	LYS	LYS	LYS	LYS	5	B	B	1705 - 1745	29 - 69
3	2	ASP	ASP	GLN	GLN	5	A	A	1756 - 1803	80 - 127
4	2	ASP	ASP	GLN	GLN	5	B	B	1756 - 1803	80 - 127
5	3	CYS	CYS	VAL	VAL	6	A	A	1804 - 1810	128 - 134
6	3	CYS	CYS	VAL	VAL	6	B	B	1804 - 1810	128 - 134
7	4	LYS	LYS	TRP	TRP	5	A	A	1811 - 1816	135 - 140
8	4	LYS	LYS	TRP	TRP	5	B	B	1811 - 1816	135 - 140
9	5	PRO	PRO	SER	SER	6	A	A	1817 - 1822	141 - 146
10	5	PRO	PRO	SER	SER	6	B	B	1817 - 1822	141 - 146
11	6	LEU	LEU	GLU	GLU	5	A	A	1823 - 1851	147 - 175
12	6	LEU	LEU	GLU	GLU	5	B	B	1823 - 1851	147 - 175
13	7	ASP	ASP	PRO	PRO	5	A	A	1855 - 1869	179 - 193
14	7	ASP	ASP	PRO	PRO	5	B	B	1855 - 1869	179 - 193
15	8	HIS	HIS	LYS	LYS	5	A	A	1871 - 1927	195 - 251
16	8	HIS	HIS	LYS	LYS	5	B	B	1871 - 1927	195 - 251
17	9	VAL	VAL	ASP	ASP	5	A	A	1930 - 1962	254 - 286
18	9	VAL	VAL	ASP	ASP	5	B	B	1930 - 1962	254 - 286

#1: タンパク質	Receptor-type tyrosine-protein phosphatase beta / Protein-tyrosine phosphatase beta / R-PTP-beta 分子量: 34056.469 Da / 分子数: 2 / 断片: PTPR-beta / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPRB, PTPB / プラスミド: pGEX-6P2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)-R3 / 参照: UniProt: P23467, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.3 %
結晶化	温度: 277 K / pH: 7 詳細: PEG6000, Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 7.00

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9787
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→53.4 Å / Num. obs: 47341 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RPM.PDB

1rpm

解像度: 2.1→53.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 6.573 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.206	2394	5.1 %	RANDOM
R_work	0.152	-	-	-
obs	0.155	44882	99.2 %	-
all	-	44882	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.14 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.19 Å²	-0.09 Å²	0 Å²
2-	-	-0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→53.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4444	0	42	479	4965

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	4643
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4128
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.337	1.939	6311
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.895	3	9554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.312	5	570
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.211	23.444	241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.223	15	759
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.063	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	684
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5215
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	984
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	853
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	4201
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	2226
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.081	0.2	2585
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	344
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.295	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.288	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.467	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.038	5	2785
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.003	5	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.752	7	4525
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.518	9	1936
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.135	11	1776
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1340	medium positional	0.18	0.5
2271	loose positional	0.54	5
1340	medium thermal	1.35	2
2271	loose thermal	3.3	10

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	173	-
R_work	0.183	3024	-
obs	-	-	92.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.286	0.3136	-0.2653	1.0774	-0.0778	0.9823	0.1592	-0.2335	-0.0483	0.2038	-0.144	0.071	-0.0519	0.0698	-0.0152	-0.0885	-0.0393	-0.0015	-0.0046	-0.04	-0.108	27.6829	68.3722	6.6808
2	1.7062	0.2407	-0.389	1.015	0.2347	1.4274	0.0105	-0.2621	-0.2249	0.1605	0.022	-0.0635	0.2288	0.0189	-0.0325	-0.0722	-0.0088	-0.0216	-0.0167	0.0408	-0.058	6.2525	35.4469	1.3754

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 291
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	17 - 290

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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