PDB-2a1w: Anti-cocaine antibody 7.5.21, crystal form I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2a1w

タイトル

Anti-cocaine antibody 7.5.21, crystal form I

要素

immunoglobulin heavy chain
immunoglobulin light chain kappa

キーワード

IMMUNE SYSTEM

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Pozharski, E. / Hewagama, A. / Shanafelt, A. / Ringe, D. / Petsko, G.A.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Flexibility Of Packing: Four Crystal Forms Of An Anti-Cocaine Antibody 7.5.21
著者: Pozharski, E. / Hewagama, A. / Shanafelt, A. / Ringe, D. / Petsko, G.A.

履歴

登録	2005年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2a1w.cif.gz	179.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2a1w.ent.gz	143.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2a1w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2a1w_validation.pdf.gz	462.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2a1w_full_validation.pdf.gz	473.8 KB	表示
XML形式データ	2a1w_validation.xml.gz	32.6 KB	表示
CIF形式データ	2a1w_validation.cif.gz	45.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/2a1w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/2a1w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ifn-d 6a0x-4 2dqt-d 1hin-d 1xgy-2 6uoe-d 1bog-d 6fab-d 3ifp-3 4mhj-8 6h06-4 3tcl-1 1him-2 1lo3-2 3mck-1 1yei-d 3u9u-1 2aj3-1 1cbv-d 4uim-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: immunoglobulin light chain kappa

H: immunoglobulin heavy chain

M: immunoglobulin light chain kappa

I: immunoglobulin heavy chain

ヘテロ分子

97 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: immunoglobulin light chain kappa

H: immunoglobulin heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

M: immunoglobulin light chain kappa

I: immunoglobulin heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

L: immunoglobulin light chain kappa

H: immunoglobulin heavy chain

M: immunoglobulin light chain kappa

I: immunoglobulin heavy chain

ヘテロ分子

L: immunoglobulin light chain kappa

H: immunoglobulin heavy chain

M: immunoglobulin light chain kappa

I: immunoglobulin heavy chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
194 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

M: immunoglobulin light chain kappa

I: immunoglobulin heavy chain

ヘテロ分子

M: immunoglobulin light chain kappa

I: immunoglobulin heavy chain

ヘテロ分子

L: immunoglobulin light chain kappa

H: immunoglobulin heavy chain

ヘテロ分子

L: immunoglobulin light chain kappa

H: immunoglobulin heavy chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
194 kDa, 8 ポリマー
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5

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

6

M: immunoglobulin light chain kappa

I: immunoglobulin heavy chain

ヘテロ分子

L: immunoglobulin light chain kappa

H: immunoglobulin heavy chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
97 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	178.601, 58.395, 98.098
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.66, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: 抗体	immunoglobulin light chain kappa 分子量: 23921.623 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab fragment, light chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: hybridoma / 株: BALB/C / 参照: UniProt: A2NHM3*PLUS
#2: 抗体	immunoglobulin heavy chain 分子量: 24250.188 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab fragment, heavy chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: hybridoma / 株: BALB/C / 参照: UniProt: Q99LC4*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 16% PEG8000, 0.3M ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 277 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射	モノクロメーター: Supper Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→30.5 Å / Num. all: 26324 / Num. obs: 26324 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 52.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.174 / Χ²: 1.088 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. measured obs: 2612 / Num. unique all: 2612 / Χ²: 1.015 / % possible all: 99.96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.601	データ抽出
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→30.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 27.089 / SU ML: 0.271 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.358 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.247	1334	5.1 %	RANDOM
R_work	0.185	-	-	-
all	0.188	24967	-	-
obs	0.188	24967	99.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.378 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.44 Å²	0 Å²	-0.61 Å²
2-	-	-0.69 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→30.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6776	0	35	124	6935

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	6984
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.184	1.957	9514
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.067	5	878
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.581	23.406	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.979	15	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.497	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	5276
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	2607
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	4615
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	266
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.179	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.156	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.448	1.5	4500
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.805	2	7132
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.895	3	2875
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.511	4.5	2382

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.307	-	-
R_work	0.263	1843	-
obs	-	-	98.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9705	-0.3907	0.0782	3.5379	0.8296	1.6476	-0.0066	0.0812	0.0337	-0.0102	0.0012	-0.103	-0.0092	0.1802	0.0054	-0.1796	0.0692	0.0384	0.1071	-0.0064	-0.1661	113.1005	48.0957	67.8818
2	2.0505	0.5969	0.5769	2.3677	1.1245	5.597	0.0559	-0.016	-0.2218	-0.113	0.0503	-0.1547	0.1957	-0.1973	-0.1062	-0.1636	-0.0345	0.0318	-0.1561	-0.0326	-0.0825	117.5271	28.8618	98.3403
3	1.1506	0.3145	0.354	2.5003	-0.4572	1.6035	-0.0937	0.0051	0.0802	0.1582	-0.0259	-0.1354	-0.2419	0.2572	0.1196	-0.0718	-0.0641	-0.0087	-0.0496	0.0172	-0.0763	94.9883	67.9118	44.1583
4	2.2082	1.9371	1.3012	5.6612	1.9033	2.2969	-0.3083	0.1797	0.2725	-0.5289	0.1541	0.3213	-0.6544	0.009	0.1541	0.0844	-0.086	-0.028	-0.2242	0.0139	-0.0681	74.5347	88.4847	24.2754

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	L	A	1 - 112	1 - 112
2	1	H	B	1 - 123	1 - 123
3	2	L	A	113 - 216	113 - 216
4	2	H	B	124 - 225	124 - 225
5	3	M	C	1 - 112	1 - 112
6	3	I	D	1 - 123	1 - 123
7	4	M	C	113 - 216	113 - 216
8	4	I	D	124 - 225	124 - 225

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関連情報:EMDBヘッダ

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