[日本語] English
万見
- PDB-1zrt: Rhodobacter capsulatus cytochrome bc1 complex with stigmatellin bound -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zrt
タイトルRhodobacter capsulatus cytochrome bc1 complex with stigmatellin bound
要素
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1
  • Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
キーワードELECTRON TRANSPORT / CYTOCHROME BC1 / MEMBRANE PROTEIN / HEME PROTEIN / RIESKE IRON SULFUR PROTEIN / CYTOCHROME B / CYTOCHROME C1 / COMPLEX III / OXIDOREDUCTASE / REDOX ENZYME / RESPIRATORY CHAIN / STIGMATELLIN
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / : / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ubiquitinol-cytochrome C reductase, Fe-S subunit, TAT signal / Ubiquitinol-cytochrome C reductase Fe-S subunit TAT signal / Single helix bin / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Cytochrome b ...Ubiquitinol-cytochrome C reductase, Fe-S subunit, TAT signal / Ubiquitinol-cytochrome C reductase Fe-S subunit TAT signal / Single helix bin / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Cytochrome b / : / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-PG6 / STIGMATELLIN A / Unknown ligand / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Cytochrome b / Cytochrome c1 / Cytochrome b ...FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-PG6 / STIGMATELLIN A / Unknown ligand / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Cytochrome b / Cytochrome c1 / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Cytochrome c1
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Berry, E.A. / Huang, L.S. / Saechao, L.K. / Pon, N.G. / Valkova-Valchanov, M. / Daldal, F.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK44842 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM38237 米国
引用ジャーナル: Photosynth.Res. / 年: 2004
タイトル: X-Ray Structure of Rhodobacter Capsulatus Cytochrome bc (1): Comparison with its Mitochondrial and Chloroplast Counterparts.
著者: Berry, E.A. / Huang, L.S. / Saechao, L.K. / Pon, N.G. / Valkova-Valchanova, M. / Daldal, F.
履歴
登録2005年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02022年8月17日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / cell / chem_comp / database_2 / diffrn / diffrn_detector / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / entity / entity_name_com / entity_src_gen / exptl_crystal_grow / pdbx_audit_support / pdbx_contact_author / pdbx_database_related / pdbx_database_status / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / refine / refine_analyze / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct / struct_asym / struct_biol / struct_conf / struct_conn / struct_conn_type / struct_keywords / struct_mon_prot_cis / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim / struct_ncs_ens / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen / symmetry
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.volume / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _diffrn_detector.pdbx_collection_date / _diffrn_detector.type / _diffrn_radiation.wavelength_id / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _pdbx_database_status.SG_entry / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_free_error / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_all / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF / _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF / _refine.pdbx_diffrn_id / _refine.pdbx_isotropic_thermal_model / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_starting_model / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine.solvent_model_param_bsol / _refine.solvent_model_param_ksol / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _reflns.number_all / _reflns.pdbx_diffrn_id / _reflns_shell.number_unique_obs / _struct.pdbx_CASP_flag / _struct_conn_type.id / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _symmetry.space_group_name_Hall
解説: Model completeness
詳細: Regions that were unclear in the original maps have been built/corrected with help from subsequently deposited structures of related proteins and with the help of modern software for rebuilding and refinement.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Cytochrome b
D: Cytochrome c1
E: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
P: Cytochrome b
Q: Cytochrome c1
R: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,10821
ポリマ－196,3456
非ポリマー5,76315
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33200 Å2
ΔGint-327 kcal/mol
Surface area70860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.633, 154.360, 103.057
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.570, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "C" and resid 7 through 40)
d_2ens_1(chain "P" and resid 7 through 40)
d_1ens_2(chain "C" and (resid 41 through 230 or resid 501 through 502))
d_2ens_2(chain "P" and (resid 41 through 230 or resid 501 through 502))
d_1ens_3(chain "C" and (resid 231 through 294 or resid 296...
d_2ens_3(chain "P" and (resid 231 through 294 or resid 296...
d_1ens_4(chain "D" and (resid 8 through 97 or resid 501))
d_2ens_4(chain "Q" and (resid 8 through 97 or resid 501))
d_1ens_5(chain "D" and resid 98 through 110)
d_2ens_5(chain "Q" and resid 98 through 110)
d_1ens_6(chain "D" and (resid 120 through 122 or (resid 123...
d_2ens_6(chain "Q" and resid 120 through 140)
d_1ens_7(chain "D" and resid 143 through 145)
d_2ens_7(chain "Q" and resid 143 through 145)
d_1ens_8(chain "D" and resid 149 through 162)
d_2ens_8(chain "Q" and resid 149 through 162)
d_1ens_9(chain "D" and resid 165 through 170)
d_2ens_9(chain "Q" and resid 165 through 170)
d_1ens_10(chain "D" and resid 178 through 254)
d_2ens_10(chain "Q" and resid 178 through 254)
d_1ens_11(chain "E" and resid 16 through 45)
d_2ens_11(chain "R" and resid 16 through 45)
d_1ens_12(chain "E" and (resid 49 through 55 or resid 178 through 191))
d_2ens_12(chain "R" and (resid 49 through 55 or resid 178 through 191))
d_1ens_13(chain "E" and resid 56 through 113)
d_2ens_13(chain "R" and (resid 56 through 82 or (resid 83...
d_1ens_14(chain "E" and (resid 119 through 172 or resid 174 through 177))
d_2ens_14(chain "R" and (resid 119 through 172 or resid 174 through 177))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASPASNA6 - 39
d_21ens_1ASPASNK6 - 39
d_11ens_2LEUARGA40 - 229
d_12ens_2HEMHEMB
d_13ens_2HEMHEMC
d_21ens_2LEUARGK40 - 229
d_22ens_2HEMHEML
d_23ens_2HEMHEMM
d_11ens_3ARGPROA230 - 293
d_12ens_3TRPTHRA296 - 385
d_13ens_3TYRPROA387 - 417
d_14ens_3PROSERA419 - 430
d_21ens_3ARGPROK230 - 293
d_22ens_3TRPTHRK296 - 385
d_23ens_3TYRPROK387 - 417
d_24ens_3PROSERK419 - 430
d_11ens_4ALAGLYG2 - 91
d_12ens_4HECHECH
d_21ens_4ALAGLYQ2 - 91
d_22ens_4HECHECR
d_11ens_5PROPHEG92 - 104
d_21ens_5PROPHEQ92 - 104
d_11ens_6GLNGLUG114 - 134
d_21ens_6GLNGLUQ114 - 134
d_11ens_7GLUALAG137 - 139
d_21ens_7GLUALAQ137 - 139
d_11ens_8ILEGLYG143 - 156
d_21ens_8ILEGLYQ143 - 156
d_11ens_9ASPALAG159 - 164
d_21ens_9ASPALAQ159 - 164
d_11ens_10GLYLYSG172 - 248
d_21ens_10GLYLYSQ172 - 248
d_11ens_11TYRLYSI8 - 37
d_21ens_11TYRLYST8 - 37
d_11ens_12SERSERI41 - 47
d_12ens_12PROGLYI170 - 183
d_21ens_12SERSERT41 - 47
d_22ens_12PROGLYT170 - 183
d_11ens_13ALAARGI48 - 105
d_21ens_13ALAARGT48 - 105
d_11ens_14ASPPROI111 - 164
d_12ens_14ASNILEI166 - 169
d_21ens_14ASPPROT111 - 164
d_22ens_14ASNILET166 - 169

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3
ens_4
ens_5
ens_6
ens_7
ens_8
ens_9
ens_10
ens_11
ens_12
ens_13
ens_14

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.625867, 0.319623, 0.711429), (0.319623, -0.937167, 0.139857), (0.711429, 0.139857, -0.6887)
ベクター: -18.1065, -2.2872, 42.40731)

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 6分子 CPDQER

#1: タンパク質 Cytochrome b


分子量: 49386.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
解説: The strain pMTS1/MT-RBC1 corresponds to a deletion strain MT-RBC1 complemented in trans with the plasmid pMTS1 bearing a wild-type copy of the petABC operon encoding the bc1 complex
遺伝子: petB, cytB, RCAP_rcc02769 / プラスミド: pMTS1 / 発現宿主: Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 株 (発現宿主): pMTS1/MT-RBC1 / 参照: UniProt: D5ANZ3, UniProt: P0CY47*PLUS
#2: タンパク質 Cytochrome c1


分子量: 28321.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
解説: The strain pMTS1/MT-RBC1 corresponds to a deletion strain MT-RBC1 complemented in trans with the plasmid pMTS1 bearing a wild-type copy of the petABC operon encoding the bc1 complex
遺伝子: petC, RCAP_rcc02770 / プラスミド: pMTS1 / 発現宿主: Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 株 (発現宿主): pMTS1/MT-RBC1 / 参照: UniProt: D5ANZ4, UniProt: P0CY49*PLUS
#3: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Rieske iron-sulfur protein / RISP


分子量: 20465.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
解説: The strain pMTS1/MT-RBC1 corresponds to a deletion strain MT-RBC1 complemented in trans with the plasmid pMTS1 bearing a wild-type copy of the petABC operon encoding the bc1 complex
遺伝子: petA, fbcF, RCAP_rcc02768 / プラスミド: pMTS1 / 発現宿主: Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 株 (発現宿主): pMTS1/MT-RBC1
参照: UniProt: D5ANZ2, UniProt: P0CY48*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase

-
非ポリマー , 6種, 15分子

#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物 ChemComp-SMA / STIGMATELLIN A


分子量: 514.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H42O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子量: 103.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#7: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#8: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#9: 化合物 ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム


分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O6

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.16 % / 解説: IRON-SULFUR PROTEINS, HEME PROTEINS
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: PEG-400, 0.1 M MgCl2, Heptanetriol, Cacodylate, Undecylmaltoside

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
31001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL7-111.08
シンクロトロンALS 5.0.221.1
シンクロトロンALS 5.0.231.1
検出器
タイプID検出器日付
MAR scanner 345 mm plate1IMAGE PLATE2001年3月14日
ADSC QUANTUM 42CCD2001年3月20日
ADSC QUANTUM 43CCD2001年3月21日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray3
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.081
21.11
31
反射解像度: 3.5→60 Å / Num. obs: 33596 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): -999.9 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.68 % / Biso Wilson estimate: 100.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 3197 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3885精密化
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BCC

2bcc


解像度: 3.51→59.77 Å / SU ML: 0.4762 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.1787 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2887 1656 4.99 %RANDOM
Rwork0.2207 31549 --
obs0.224 33205 96.46 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 119.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.51→59.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13482 0 419 0 13901
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018714392
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.18719719
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08522066
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01182473
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.53624968
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2PX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.0653330298357
ens_2d_2PX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.0885304613588
ens_3d_2PX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.0805749409682
ens_4d_2QX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.0682611329592
ens_5d_2QX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.079575772411
ens_6d_2QX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.066797928901
ens_7d_2QX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.1496511568
ens_8d_2QX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.0756510398254
ens_9d_2QX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.07510838443
ens_10d_2QX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.0693718727455
ens_11d_2RX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.0624369614808
ens_12d_2RX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.0595744219526
ens_13d_2RX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.0728131768225
ens_14d_2RX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.0825896710096
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.51-3.610.38021120.25972199X-RAY DIFFRACTION81.6
3.61-3.730.37991370.27392535X-RAY DIFFRACTION93.3
3.73-3.860.29291260.25222578X-RAY DIFFRACTION93.6
3.86-4.010.33981270.23862558X-RAY DIFFRACTION95.11
4.01-4.20.29981380.22322631X-RAY DIFFRACTION96.48
4.2-4.420.29641480.2122665X-RAY DIFFRACTION98.6
4.42-4.690.3041560.19762699X-RAY DIFFRACTION99.48
4.69-5.060.26491440.19512713X-RAY DIFFRACTION99.9
5.06-5.570.25341190.18532756X-RAY DIFFRACTION99.97
5.57-6.370.30541460.20362725X-RAY DIFFRACTION99.93
6.37-8.020.25591460.22282730X-RAY DIFFRACTION100
8.02-59.770.26841570.23142760X-RAY DIFFRACTION99.39

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る