+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6nhh | ||||||
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Title | Rhodobacter sphaeroides bc1 with azoxystrobin | ||||||
Components |
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Keywords | OXIDOREDUCTASE / Mitochondrial respiratory chain complex / cytochrome bc1 / inhibitors / electron transfer | ||||||
Function / homology | Function and homology information respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rhodobacter sphaeroides (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 3 Å | ||||||
Authors | Xia, D. / Zhou, F. / Yu, C.A. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2019 Title: Crystal structure of bacterial cytochromebc1in complex with azoxystrobin reveals a conformational switch of the Rieske iron-sulfur protein subunit. Authors: Esser, L. / Zhou, F. / Yu, C.A. / Xia, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6nhh.cif.gz | 984.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6nhh.ent.gz | 837.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6nhh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6nhh_validation.pdf.gz | 4.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6nhh_full_validation.pdf.gz | 4.5 MB | Display | |
Data in XML | 6nhh_validation.xml.gz | 62.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6nhh_validation.cif.gz | 81.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/6nhh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/6nhh | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
-Protein , 3 types, 6 molecules AEBFCG
#1: Protein | Mass: 50087.422 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Details: Expressed as one natural part of a complex in the bacterium rhodobacter sphaeroides Source: (natural) Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158) (bacteria) Strain: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / References: UniProt: A0A344Q9J3, UniProt: Q3IY10*PLUS #2: Protein | Mass: 29589.158 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158) (bacteria) Strain: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / References: UniProt: A0A344Q9J2, UniProt: Q3IY11*PLUS #3: Protein | Mass: 19928.375 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158) (bacteria) Strain: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 References: UniProt: A0A344Q9J4, UniProt: Q3IY09*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase |
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-Sugars , 1 types, 2 molecules
#9: Sugar |
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-Non-polymers , 7 types, 17 molecules
#4: Chemical | ChemComp-HEM / #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical | #10: Chemical | #11: Chemical | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.5 Å3/Da / Density % sol: 64.86 % / Description: red plates |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 57 mg/ml protein incubated with 3.5 mM azoxystrobin (ChemService). Diluted with 50 mM Tris 7.5 pH, 200 mM NaCl, 200 mM Histidine, 0.5% b-OG, 10 % glycerol, 5 mM NaN3 and 1.25 mM NaAscorbate. ...Details: 57 mg/ml protein incubated with 3.5 mM azoxystrobin (ChemService). Diluted with 50 mM Tris 7.5 pH, 200 mM NaCl, 200 mM Histidine, 0.5% b-OG, 10 % glycerol, 5 mM NaN3 and 1.25 mM NaAscorbate. This solution is treated with 0.12-0.30% SMC and 5-8% PEG400 and 10 mM Sr(NO3)2 Temp details: constant |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 6, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3→50 Å / Num. obs: 54693 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.198 / Rpim(I) all: 0.096 / Rrim(I) all: 0.197 / Χ2: 0.993 / Net I/σ(I): 4.4 / Num. measured all: 396134 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 3→39.285 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.82 / Phase error: 30.58
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 235.11 Å2 / Biso mean: 73.7896 Å2 / Biso min: 6.55 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3→39.285 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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