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- PDB-6nhh: Rhodobacter sphaeroides bc1 with azoxystrobin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nhh
タイトルRhodobacter sphaeroides bc1 with azoxystrobin
要素
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1
  • Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / Mitochondrial respiratory chain complex / cytochrome bc1 / inhibitors / electron transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ubiquitinol-cytochrome C reductase, Fe-S subunit, TAT signal / Ubiquitinol-cytochrome C reductase Fe-S subunit TAT signal / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Cytochrome b / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal ...Ubiquitinol-cytochrome C reductase, Fe-S subunit, TAT signal / Ubiquitinol-cytochrome C reductase Fe-S subunit TAT signal / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Cytochrome b / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIHEXANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / Chem-8SP / Chem-AZO / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / STRONTIUM ION / : / : / : ...1,2-DIHEXANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / Chem-8SP / Chem-AZO / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / STRONTIUM ION / : / : / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Cytochrome b / Cytochrome c1
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Xia, D. / Zhou, F. / Yu, C.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of bacterial cytochromebc1in complex with azoxystrobin reveals a conformational switch of the Rieske iron-sulfur protein subunit.
著者: Esser, L. / Zhou, F. / Yu, C.A. / Xia, D.
履歴
登録2018年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome b
B: Cytochrome c1
C: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
E: Cytochrome b
F: Cytochrome c1
G: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,76325
ポリマ－199,2106
非ポリマー7,55319
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31530 Å2
ΔGint-386 kcal/mol
Surface area72000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.309, 154.655, 100.939
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.360, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain E
12(chain B and resid 1 through 256)
22(chain F and resid 1 through 256)
13chain C
23chain G

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA3 - 2010
211chain EE3 - 2010
112(chain B and resid 1 through 256)B1 - 256
212(chain F and resid 1 through 256)F1 - 256
113chain CC13 - 1001
213chain GG13 - 1001

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 6分子 AEBFCG

#1: タンパク質 Cytochrome b


分子量: 50087.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: Expressed as one natural part of a complex in the bacterium rhodobacter sphaeroides
由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158) (バクテリア)
株: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / 参照: UniProt: A0A344Q9J3, UniProt: Q3IY10*PLUS
#2: タンパク質 Cytochrome c1


分子量: 29589.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158) (バクテリア)
株: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / 参照: UniProt: A0A344Q9J2, UniProt: Q3IY11*PLUS
#3: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit


分子量: 19928.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158) (バクテリア)
株: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158
参照: UniProt: A0A344Q9J4, UniProt: Q3IY09*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase

-
糖 , 1種, 2分子

#9: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 7種, 17分子

#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物 ChemComp-AZO / METHYL (2Z)-2-(2-{[6-(2-CYANOPHENOXY)PYRIMIDIN-4-YL]OXY}PHENYL)-3-METHOXYACRYLATE / AZOXYSTROBIN / アゾキシストロビン


分子量: 403.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H17N3O5
#6: 化合物 ChemComp-6PE / 1,2-DIHEXANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / [O-(1-O,2-O-ジヘキサノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-2-アミノエタノ-ル]アニオン


分子量: 410.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H33NO8P
#7: 化合物 ChemComp-8SP / O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 511.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H42NO10P
#8: 化合物 ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#10: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#11: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.86 % / 解説: red plates
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 57 mg/ml protein incubated with 3.5 mM azoxystrobin (ChemService). Diluted with 50 mM Tris 7.5 pH, 200 mM NaCl, 200 mM Histidine, 0.5% b-OG, 10 % glycerol, 5 mM NaN3 and 1.25 mM NaAscorbate. ...詳細: 57 mg/ml protein incubated with 3.5 mM azoxystrobin (ChemService). Diluted with 50 mM Tris 7.5 pH, 200 mM NaCl, 200 mM Histidine, 0.5% b-OG, 10 % glycerol, 5 mM NaN3 and 1.25 mM NaAscorbate. This solution is treated with 0.12-0.30% SMC and 5-8% PEG400 and 10 mM Sr(NO3)2
Temp details: constant

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月6日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 54693 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.198 / Rpim(I) all: 0.096 / Rrim(I) all: 0.197 / Χ2: 0.993 / Net I/σ(I): 4.4 / Num. measured all: 396134
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
3-3.076.836580.60.6860.943100
3.07-3.156.836080.7120.570.947100
3.15-3.236.936170.7280.4880.983100
3.23-3.33736410.8140.40.9711000.984
3.33-3.43736710.8520.341.0181000.8410.908
3.43-3.567.136070.9060.2591.0341000.6450.696
3.56-3.77.236440.950.1951.0271000.4860.524
3.7-3.877.236490.9720.1441.0351000.3610.389
3.87-4.077.336100.9830.1091.0461000.2740.295
4.07-4.337.436510.9890.0841.0241000.2140.23
4.33-4.667.436370.9920.0651.0221000.1670.179
4.66-5.137.636650.9950.0581.0041000.1490.16
5.13-5.877.636580.9930.0610.9891000.1560.168
5.87-7.397.736770.9960.0470.8941000.1210.13
7.39-507.637000.9990.020.96799.50.0510.055

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIXdev_3339精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOLREP位相決定
精密化解像度: 3→39.285 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.82 / 位相誤差: 30.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2816 1996 3.66 %
Rwork0.2639 --
obs0.2646 54537 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 235.11 Å2 / Biso mean: 73.7896 Å2 / Biso min: 6.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→39.285 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13436 0 911 0 14347
Biso mean--38.67 --
残基数----1722
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4052X-RAY DIFFRACTION2.937TORSIONAL
12E4052X-RAY DIFFRACTION2.937TORSIONAL
21B2442X-RAY DIFFRACTION2.937TORSIONAL
22F2442X-RAY DIFFRACTION2.937TORSIONAL
31C1632X-RAY DIFFRACTION2.937TORSIONAL
32G1632X-RAY DIFFRACTION2.937TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0001-3.07510.37081420.38283736387899
3.0751-3.15820.38611400.352337123852100
3.1582-3.25110.31011430.32237523895100
3.2511-3.3560.35131430.313537503893100
3.356-3.47580.29681420.298837363878100
3.4758-3.61490.28571430.280437453888100
3.6149-3.77930.30631410.267837423883100
3.7793-3.97840.25651420.233737183860100
3.9784-4.22740.24791430.225337783921100
4.2274-4.55330.2051430.22137623905100
4.5533-5.01070.27691430.208137583901100
5.0107-5.73390.30591420.234237553897100
5.7339-7.21670.28731430.258437803923100
7.2167-39.28860.25741460.276638173963100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0162-0.02880.02560.0428-0.04150.0291-0.21430.1475-0.3857-0.1526-0.1944-0.81880.88730.422300.931-0.04480.18891.43590.3591.076936.38350.326621.1868
20.222-0.20710.0547-0.0307-0.31080.63550.0428-0.1325-0.1353-0.0139-0.09460.0247-0.11790.0189-0.05990.2704-0.0386-0.00430.66050.06840.4158.341.289738.6942
30.2119-0.0214-0.18090.74690.18780.17150.2006-0.3367-0.15640.2162-0.27280.0601-0.23230.1033-0.05370.4519-0.0649-0.03351.09930.14680.36517.72294.942760.3801
42.6785-0.9749-1.00660.6384-0.18311.3008-0.5506-0.1412-0.48540.1353-0.4253-0.2609-0.04250.7076-1.73110.38570.027-0.12721.51390.3470.734331.6535-7.71857.75
50.31730.07830.23760.2471-0.18160.43060.0577-0.03570.0166-0.03930.0603-0.05420.01850.14730.18290.49240.250.13440.58140.07160.1882-1.11866.974446.7473
60.28020.00660.01890.2599-0.1830.3953-0.181-0.2332-0.31480.07880.1012-0.38470.0646-0.4109-0.0120.4041-0.0922-0.10040.81450.12760.8198-22.2918-15.841334.3475
71.2138-0.11640.12311.50710.13670.7497-0.0787-0.0808-0.14750.05640.04340.2185-0.1012-0.3003-00.4234-0.0159-0.01421.2680.13720.6962-25.4822-7.657939.8694
80.02870.0434-0.06590.023-0.0990.21590.014-0.0530.1941-0.10030.1004-0.15950.2279-0.16130.00830.2885-0.02320.02240.80640.040.6118-8.9017-19.350133.1761
90.10160.1322-0.15390.76330.16110.39990.10080.3435-1.3137-0.30730.0350.28230.2035-0.02760.00010.6492-0.01940.0381.2441-0.02370.96343.3681-11.00817.1195
100.2996-0.2322-0.10980.15790.07710.029-0.42960.47770.9321-0.70610.29190.2183-0.40980.07230.33340.9017-0.2991-0.52580.62110.22790.8955-25.97244.0321-8.8664
110.02020.02270.00340.0253-0.01740.0243-0.2465-0.10990.37140.0386-0.1124-0.5744-0.46130.3681-00.7802-0.0249-0.1161.62130.35591.015736.001818.196336.7264
120.01310.0366-0.08930.0175-0.17380.30380.06150.0472-0.0224-0.0081-0.0949-0.0526-0.1504-0.09-0.01720.3634-0.00680.02030.67510.14850.388910.159124.976517.7606
13-0.0370.19860.00130.07870.02840.23220.09280.1044-0.074-0.0527-0.31580.32150.01370.1039-1.76770.2674-0.11350.03010.18190.22270.061815.65417.448413.8087
140.425-0.0142-0.23380.0506-0.1080.3843-0.00170.08980.1165-0.3837-0.10150.0624-0.0099-0.1581-0.07490.64470.02390.03161.17180.14160.43421.165316.7812-3.0126
150.14650.01970.13090.1645-0.13260.16560.0354-0.0098-0.0493-0.10630.01070.0347-0.02730.11380.12620.5472-0.03890.15930.73730.12230.351418.176719.3269-5.9608
160.20180.22190.10370.38220.14660.0652-0.0599-0.0997-0.0029-0.1839-0.3154-0.2248-0.0766-0.0415-1.47510.674-0.21310.40691.32750.24910.582939.210126.35470.0542
170.2826-0.0939-0.09370.0932-0.04370.12140.0623-0.01850.00620.0086-0.0286-0.00940.01940.01880.07370.715-0.1369-0.09690.68970.08330.09283.426716.00434.576
180.17720.15980.06420.37160.17320.1079-0.08130.06830.0221-0.02470.2907-0.2035-0.066-0.260.09610.6270.1045-0.08260.59450.22590.6076-16.765541.35913.0834
190.3680.0372-0.24080.09810.04960.2612-0.0144-0.14790.329-0.17860.0630.150.26340.14560.05120.62640.113-0.05810.88290.21760.5389-20.451235.90767.9187
200.1042-0.0016-0.27870.00180.0050.76640.14350.03640.22080.0550.0673-0.2102-0.1707-0.19090.04630.839-0.232-0.08110.38110.17220.793717.922441.957623.0096
210.05080.0392-0.02780.14350.03920.0202-0.42470.02640.24890.14950.2667-0.03210.262-0.01210.00330.52850.04290.00460.5754-0.12580.5744.478533.679934.698
221.2830.17180.81890.56840.18030.5280.0641-0.394-0.27020.48980.09110.28910.4168-0.2612-0.09240.73180.03890.25870.29180.06960.5501-31.490122.433253.897
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 33 )A3 - 33
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 34 through 295 or resseq 1001 or resseq 1002)A34 - 295
3X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 34 through 295 or resseq 1001 or resseq 1002)A1001
4X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 34 through 295 or resseq 1001 or resseq 1002)A1002
5X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 296 through 405 )A296 - 405
6X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 406 through 432 )A406 - 432
7X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and resid 1003A1003
8X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 46 )B1 - 46
9X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 47 through 183 )B47 - 183
10X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 184 through 256 )B184 - 256
11X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 13 through 51 )C13 - 51
12X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 52 through 187 or resid 1001)C52 - 187
13X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 52 through 187 or resid 1001)C1001
14X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 3 through 33 )E3 - 33
15X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 34 through 118 )E34 - 118
16X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 119 through 269 or resseq 1001 or resseq 1002)E119 - 269
17X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 119 through 269 or resseq 1001 or resseq 1002)E1001
18X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 119 through 269 or resseq 1001 or resseq 1002)E1002
19X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 270 through 327 )E270 - 327
20X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 328 through 405 )E328 - 405
21X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 406 through 432 )E406 - 432
22X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and resid 1003E1003
23X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 1 through 46 )F1 - 46
24X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 47 through 222 )F47 - 222
25X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 223 through 256 )F223 - 256
26X-RAY DIFFRACTION21chain 'G' and (resid 13 through 51 )G13 - 51
27X-RAY DIFFRACTION22chain 'G' and (resid 52 through 187 or resid 1001)G52 - 187
28X-RAY DIFFRACTION22chain 'G' and (resid 52 through 187 or resid 1001)G1001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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