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万見
- PDB-2qjy: Crystal structure of rhodobacter sphaeroides double mutant with s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qjy
タイトルCrystal structure of rhodobacter sphaeroides double mutant with stigmatellin and UQ2
要素
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1
  • Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome B / 8 TM helixces Cytochrome C1 / 1 c-term TM helix Rieske / 1 N-term TM helix
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / respirasome / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ubiquitinol-cytochrome C reductase, Fe-S subunit, TAT signal / Ubiquitinol-cytochrome C reductase Fe-S subunit TAT signal / Single helix bin / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Cytochrome b ...Ubiquitinol-cytochrome C reductase, Fe-S subunit, TAT signal / Ubiquitinol-cytochrome C reductase Fe-S subunit TAT signal / Single helix bin / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Cytochrome b / : / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-LOP / STIGMATELLIN A / STRONTIUM ION / UBIQUINONE-2 / Cytochrome c1 / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Cytochrome c1
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Esser, L. / Xia, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Inhibitor-complexed Structures of the Cytochrome bc1 from the Photosynthetic Bacterium Rhodobacter sphaeroides.
著者: Esser, L. / Elberry, M. / Zhou, F. / Yu, C.A. / Yu, L. / Xia, D.
履歴
登録2007年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome b
B: Cytochrome c1
C: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
D: Cytochrome b
E: Cytochrome c1
F: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
G: Cytochrome b
H: Cytochrome c1
I: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
J: Cytochrome b
K: Cytochrome c1
L: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
M: Cytochrome b
N: Cytochrome c1
O: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
P: Cytochrome b
Q: Cytochrome c1
R: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)620,44578
ポリマ－596,68718
非ポリマー23,75860
水12,574698
1
A: Cytochrome b
B: Cytochrome c1
C: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
D: Cytochrome b
E: Cytochrome c1
F: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,78425
ポリマ－198,8966
非ポリマー7,88819
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35820 Å2
ΔGint-432 kcal/mol
Surface area69660 Å2
手法PISA, PQS
2
G: Cytochrome b
H: Cytochrome c1
I: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
J: Cytochrome b
K: Cytochrome c1
L: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,81926
ポリマ－198,8966
非ポリマー7,92420
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35780 Å2
ΔGint-441 kcal/mol
Surface area69930 Å2
手法PISA, PQS
3
M: Cytochrome b
N: Cytochrome c1
O: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
P: Cytochrome b
Q: Cytochrome c1
R: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,84227
ポリマ－198,8966
非ポリマー7,94621
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35830 Å2
ΔGint-441 kcal/mol
Surface area69690 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)351.891, 147.042, 161.312
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.25, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 3種, 18分子 ADGJMPBEHKNQCFILOR

#1: タンパク質
Cytochrome b


分子量: 50157.539 Da / 分子数: 6 / 変異: S287R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: petB, fbcB / プラスミド: pRKD418 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02761
#2: タンパク質
Cytochrome c1


分子量: 29373.953 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: fbcC / プラスミド: pRKD418 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3IY11, UniProt: Q02760*PLUS
#3: タンパク質
Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Rieske iron-sulfur protein / RISP


分子量: 19916.322 Da / 分子数: 6 / 変異: V135S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: petA, fbcF / プラスミド: pRKD418 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pRKD418 / 参照: UniProt: Q02762, quinol-cytochrome-c reductase

-
糖 , 1種, 6分子

#9: 糖
ChemComp-BGL / 2-O-octyl-beta-D-glucopyranose / 2-O-octyl-beta-D-glucose / 2-O-octyl-D-glucose / 2-O-octyl-glucose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-D-Glcp2octylIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 9種, 752分子

#4: 化合物
ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#5: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#6: 化合物
ChemComp-SMA / STIGMATELLIN A


分子量: 514.650 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H42O7
#7: 化合物
ChemComp-LOP / (1R)-2-{[(R)-(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(DODECANOYLOXY)METHYL]ETHYL (9Z)-OCTADEC-9-ENOATE / LAURYL OLEYL PHOSPHATIDYL ETHANOLAMINE


分子量: 661.890 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H68NO8P / コメント: リン脂質*YM
#8: 化合物
ChemComp-UQ2 / UBIQUINONE-2 / ユビキノン2


分子量: 318.407 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H26O4
#10: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#11: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#12: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 698 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.69 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 50 mM BisTris 7.2pH, 0.5% beta-octylglucoside, 0.1% sucrose mono caprate, 7% PEG400, 5-10 mM Sr nitrate, 105 Glycerol, 200 mM NaCl, 5 mM NaN3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.75 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: silicon 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.75 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 295863 / Num. obs: 293559 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 14.32
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.577 / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique all: 23288 / Rsym value: 0.577 / % possible all: 74.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FYN

2fyn


解像度: 2.4→18 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 6986056.85 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Complex NCS restraints (89)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 4924 1.7 %SHELLS
Rwork0.226 ---
all0.237 290327 --
obs0.226 290127 93.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.972 Å2 / ksol: 0.341076 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 70.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.67 Å20 Å2-13.83 Å2
2---7.17 Å20 Å2
3---14.83 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数40398 0 1560 698 42656
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.68
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.11
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.971.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.162
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.92
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.092.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINED
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 613 1.5 %
Rwork0.344 39198 -
obs--77.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep_MET.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3Ligand.parLigand.top
X-RAY DIFFRACTION4cis_peptide.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION5water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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