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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5kli | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Rhodobacter sphaeroides bc1 with stigmatellin and antimycin | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Mitochondrial respiratory chain complex / cytochrome bc1 / inhibitors / electron transfer | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationrespiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Rhodobacter sphaeroides (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.996 Å | ||||||
Authors | Xia, D. / Esser, L. / Zhou, F. / Tang, W.K. / Yu, C.A. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2016Title: Hydrogen Bonding to the Substrate Is Not Required for Rieske Iron-Sulfur Protein Docking to the Quinol Oxidation Site of Complex III. Authors: Esser, L. / Zhou, F. / Zhou, Y. / Xiao, Y. / Tang, W.K. / Yu, C.A. / Qin, Z. / Xia, D. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5kli.cif.gz | 1.9 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5kli.ent.gz | 1.7 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5kli.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5kli_validation.pdf.gz | 6.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5kli_full_validation.pdf.gz | 6.9 MB | Display | |
| Data in XML | 5kli_validation.xml.gz | 119.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 5kli_validation.cif.gz | 157.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/5kli ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/5kli | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5kkzC ![]() 5klvC ![]() 2qjyS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 3 types, 12 molecules AEKOBFLPCGMQ
| #1: Protein | Mass: 50087.422 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodobacter sphaeroides (bacteria) / Gene: petB, fbcB / Production host: Rhodobacter sp. (bacteria) / References: UniProt: Q02761#2: Protein | Mass: 29589.158 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodobacter sphaeroides (bacteria) / Gene: petC, fbcC / Production host: Rhodobacter sp. (bacteria) / References: UniProt: Q02760#3: Protein | Mass: 19928.375 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodobacter sphaeroides (bacteria) / Gene: petA, fbcF / Production host: Rhodobacter sp. (bacteria) / References: UniProt: Q02762, quinol-cytochrome-c reductase |
|---|
-Non-polymers , 7 types, 34 molecules 












| #4: Chemical | ChemComp-HEM / #5: Chemical | ChemComp-SMA / #6: Chemical | ChemComp-ANJ / ( #7: Chemical | ChemComp-SR / #8: Chemical | ChemComp-LOP / ( #9: Chemical | ChemComp-HEC / #10: Chemical | ChemComp-FES / |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.78 Å3/Da / Density % sol: 67.43 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 9% PEG400, 10 mM Sr(NO3)2, 0.06% sucrose mono caprate, 200 mM histidine, 150 mM NaCl, stigmatellin, antimycin |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Aug 21, 2005 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.996→50 Å / Num. obs: 112899 / % possible obs: 92.7 % / Redundancy: 2.5 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 6.04 |
| Reflection shell | Resolution: 2.996→3.07 Å / Redundancy: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.492 / Rpim(I) all: 0.464 |
-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement |
|---|
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 2qjy Resolution: 2.996→37.744 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.94 / Phase error: 28.97 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.996→37.744 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Rhodobacter sphaeroides (bacteria)
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