+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5klv | ||||||
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Title | Structure of bos taurus cytochrome bc1 with fenamidone inhibited | ||||||
Components |
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Keywords | OXIDOREDUCTASE / mitochondrial respiratory chain / cytochrome bc1 complex / fenamidone / electron transfer | ||||||
Function / homology | Function and homology information mitochondrial respiratory chain complex III assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III / mitochondrial respiratory chain complex IV / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / ubiquinone binding / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / respiratory electron transport chain ...mitochondrial respiratory chain complex III assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III / mitochondrial respiratory chain complex IV / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / ubiquinone binding / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metalloendopeptidase activity / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / heme binding / mitochondrion / proteolysis / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bos taurus (cattle) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.652 Å | ||||||
Authors | Xia, D. / Esser, L. / Zhou, F. / Zhou, Y. / Xiao, Y. / Tang, W.K. / Yu, C.A. / Qin, Z. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2016 Title: Hydrogen Bonding to the Substrate Is Not Required for Rieske Iron-Sulfur Protein Docking to the Quinol Oxidation Site of Complex III. Authors: Esser, L. / Zhou, F. / Zhou, Y. / Xiao, Y. / Tang, W.K. / Yu, C.A. / Qin, Z. / Xia, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5klv.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5klv.ent.gz | 1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5klv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/5klv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/5klv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5kkzC 5kliC 1sqxS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 9 types, 9 molecules ABEFGHIJK
#1: Protein | Mass: 49266.254 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P31800 |
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#2: Protein | Mass: 46575.469 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P23004 |
#5: Protein | Mass: 21640.580 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase |
#6: Protein | Mass: 13370.206 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P00129 |
#7: Protein | Mass: 9448.833 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P13271 |
#8: Protein | Mass: 9189.116 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P00126 |
#9: Protein | Mass: 7964.259 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase |
#10: Protein | Mass: 7338.425 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P00130 |
#11: Protein | Mass: 6396.408 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P07552 |
-Protein , 2 types, 2 molecules CD
#3: Protein | Mass: 42620.340 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P00157 |
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#4: Protein | Mass: 27323.277 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P00125 |
-Non-polymers , 12 types, 67 molecules
#12: Chemical | #13: Chemical | #14: Chemical | #15: Chemical | #16: Chemical | ChemComp-FNM / ( | #17: Chemical | ChemComp-8PE / ( | #18: Chemical | ChemComp-CL / | #19: Chemical | ChemComp-HEC / | #20: Chemical | ChemComp-PEF / | #21: Chemical | ChemComp-FES / | #22: Chemical | ChemComp-PX4 / | #23: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.64 Å3/Da / Density % sol: 66.23 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.2 Details: 50 mM MOPS 7.2 pH, 20 mM Ammonium acetate, 20% glycerol. Incubation with 2-5 mol excess of Fenamidone. Precipitant 12% PEG4000, 0.5 M KCl, 0.1% DHPC; Protein:PPT ratio 1:0.57 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: AREA DETECTOR / Date: Aug 21, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.65→50 Å / Num. obs: 103188 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 64.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Net I/σ(I): 7.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.65→2.7 Å / Redundancy: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 1.684 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 1SQX Resolution: 2.652→34.676 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 29.19 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.652→34.676 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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