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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5kkz | ||||||
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Title | Rhodobacter sphaeroides bc1 with famoxadone | ||||||
![]() |
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![]() | OXIDOREDUCTASE / Mitochondrial respiratory chain complex / cytochrome bc1 / inhibitors / electron transfer | ||||||
Function / homology | ![]() respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / : / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xia, D. / Esser, L. / Zhou, F. / Tang, W.K. / Yu, C.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Hydrogen Bonding to the Substrate Is Not Required for Rieske Iron-Sulfur Protein Docking to the Quinol Oxidation Site of Complex III. Authors: Esser, L. / Zhou, F. / Zhou, Y. / Xiao, Y. / Tang, W.K. / Yu, C.A. / Qin, Z. / Xia, D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.9 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1.7 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5kliC ![]() 5klvC ![]() 2qjyS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 3 types, 12 molecules AEKOBFLPCGMQ
#1: Protein | Mass: 50087.422 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 29589.158 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 19928.375 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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-Sugars , 2 types, 8 molecules ![](data/chem/img/ASC.gif)
![](data/chem/img/BOG.gif)
![](data/chem/img/BOG.gif)
#6: Sugar | ChemComp-ASC / #10: Sugar | ChemComp-BOG / |
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-Non-polymers , 7 types, 34 molecules ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/FMX.gif)
![](data/chem/img/SR.gif)
![](data/chem/img/LOP.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FMX.gif)
![](data/chem/img/SR.gif)
![](data/chem/img/LOP.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-HEM / #5: Chemical | ChemComp-FMX / #7: Chemical | ChemComp-SR / #8: Chemical | ChemComp-LOP / ( #9: Chemical | ChemComp-HEC / #11: Chemical | ChemComp-FES / #12: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.91 Å3/Da / Density % sol: 68.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 7% PEG400, 200 mM histidine, 150 mM NaCl, 10 mM sodium ascorbate, famoxadone, b-OG, sucrose mono caparate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Apr 4, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.97→50 Å / Num. obs: 122242 / % possible obs: 96.3 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 59.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 6.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.97→3.03 Å / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.558 / % possible all: 82.5 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2QJY chains A, B and C only Resolution: 2.97→29.981 Å / SU ML: 0.44 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.16 / Phase error: 29.48 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.97→29.981 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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