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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1y94 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the G16S/N17T/P19A/S20A/N67D Variant Of Bovine seminal Ribonuclease | ||||||
要素 | Seminal ribonuclease | ||||||
キーワード | HYDROLASE / nuclease | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Picone, D. / Di Fiore, A. / Ercole, C. / Franzese, M. / Sica, F. / Tomaselli, S. / Mazzarella, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005 タイトル: The Role of the Hinge Loop in Domain Swapping: THE SPECIAL CASE OF BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE. 著者: Picone, D. / Di Fiore, A. / Ercole, C. / Franzese, M. / Sica, F. / Tomaselli, S. / Mazzarella, L. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993 タイトル: Bovine seminal ribonuclease: structure at 1.9 resolution 著者: Mazzarella, L. / Capasso, S. / Demasi, D. / Di Lorenzo, G. / Mattia, C.A. / Zagari, A. #2: ジャーナル: Biopolymers / 年: 2004 タイトル: Population shift vs induced fit: the case of bovine seminal ribonuclease swapping dimer. 著者: Merlino, A. / Vitagliano, L. / Sica, F. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: Structure and stability of the non-covalent swapped dimer of bovine seminal ribonuclease: an enzyme tailored to evade ribonuclease protein inhibitor. 著者: Sica, F. / Di Fiore, A. / Merlino, A. / Mazzarella, L. #4: ジャーナル: Proteins / 年: 2003 タイトル: The unswapped chain of bovine seminal ribonuclease: Crystal structure of the free and liganded monomeric derivative. 著者: Sica, F. / Di Fiore, A. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: A potential allosteric subsite generated by domain swapping in bovine seminal ribonuclease. 著者: Vitagliano, L. / Adinolfi, S. / Sica, F. / Merlino, A. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #6: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998 タイトル: Binding of a substrate analog to a domain swapping protein: X-ray structure of the complex of bovine seminal ribonuclease with uridylyl(2',5')adenosine. 著者: Vitagliano, L. / Adinolfi, S. / Riccio, A. / Sica, F. / Zagari, A. / Mazzarella, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1y94.cif.gz | 60.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1y94.ent.gz | 44.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1y94.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1y94_validation.pdf.gz | 428.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1y94_full_validation.pdf.gz | 433.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1y94_validation.xml.gz | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1y94_validation.cif.gz | 16.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/1y94 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/1y94 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13608.614 Da / 分子数: 2 / 変異: G16S, N17T, P19A, S20A, N67D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: SRN / プラスミド: pET-24b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00669, EC: 3.1.27.5 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.88 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 4000, TRIS-HCL, SODIUM ACETATE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2004年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 12548 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 25.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.246 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique all: 823 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1R5D 解像度: 2.2→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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