PDB-1zkz: Crystal Structure of BMP9

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zkz

タイトル

Crystal Structure of BMP9

要素

Growth/differentiation factor 2

キーワード

HORMONE/GROWTH FACTOR / glycoprotein / growth factor / cytokine / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of epithelial cell differentiation / positive regulation of cartilage development / positive regulation of endothelial cell differentiation / cellular response to BMP stimulus / Signaling by BMP / activin receptor signaling pathway / positive regulation of bicellular tight junction assembly / positive regulation of BMP signaling pathway / cartilage development / blood vessel morphogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.33 Å

データ登録者

Brown, M.A. / Zhao, Q. / Baker, K.A. / Naik, C. / Chen, C. / Pukac, L. / Singh, M. / Tsareva, T. / Parice, Y. / Mahoney, A. ...

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of BMP-9 and functional interactions with pro-region and receptors
著者: Brown, M.A. / Zhao, Q. / Baker, K.A. / Naik, C. / Chen, C. / Pukac, L. / Singh, M. / Tsareva, T. / Parice, Y. / Mahoney, A. / Roschke, V. / Sanyal, I. / Choe, S.

履歴

登録	2005年5月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zkz.cif.gz	57.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zkz.ent.gz	42.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zkz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1zkz_validation.pdf.gz	410.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1zkz_full_validation.pdf.gz	413 KB	表示
XML形式データ	1zkz_validation.xml.gz	7.2 KB	表示
CIF形式データ	1zkz_validation.cif.gz	8.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/1zkz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/1zkz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bmpS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3w9g-4 2ezb-d 2r53-d 1waq-1 1gwb-2 5wbf-3 5wbf-1 2qcq-d 4qjd-2 4n1d-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Growth/differentiation factor 2

12.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Growth/differentiation factor 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.234, 71.234, 144.897
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

詳細

The biological assembly is a homodimer.

#1: タンパク質	Growth/differentiation factor 2 / GDF-2 / Bone morphogenetic protein 9 / BMP-9 分子量: 12102.971 Da / 分子数: 1 / 断片: Growth/differentiation factor 2, residues 320-429 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GDF2, BMP9 / プラスミド: pC4 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 株 (発現宿主): CHO-DG44 / 組織 (発現宿主): ovary cells / 参照: UniProt: Q9UK05
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.6 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1-1.2 M Sodium Chloride, 7-10 mM Hexadecyltrimethylammonium Bromide 10 mM Magnesium Chloride, pH 7.5, temperature 296K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月21日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.32→23.8 Å / Num. all: 8346 / Num. obs: 8142 / 冗長度: 13.5 % / R_merge(I) obs: 0.077

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID
2.32-2.4	11.3	0.357	1
2.4-2.5	12.7	0.328	1
2.5-2.61	13.7	0.27	1
2.61-2.75	14.1	0.192	1
2.75-2.92	14.3	0.145	1
2.92-3.15	14.2	0.099	1
3.15-3.47	14.2	0.082	1
3.47-3.97	13.9	0.08	1
3.97-5	13.5	0.07	1
5-50	12.6	0.045	1

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Translation	2.5 Å	25.152 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1.6	データ抽出
HKL-2000		データ削減
CCP4	(TRUNCATE)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BMP

3bmp

解像度: 2.33→23.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.801 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27181	392	4.7 %	RANDOM
R_work	0.23074	-	-	-
obs	0.23254	7954	99.52 %	-
all	-	8346	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.434 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.45 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.33→23.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	831	0	0	40	871

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	857
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.866	1.962	1165
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.234	5	106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.911	24.062	32
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.338	15	143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.867	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.02	0.02	638
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	329
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	565
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.173	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.366	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.465	1.5	534
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.403	2	866
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.06	3	323
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.439	4.5	299
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.33→2.387 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	25	-
R_work	0.239	574	-
obs	-	-	96.77 %

精密化 TLS

L11: 0 °² / L12: 0 °² / L13: 0 °² / L22: 0 °² / L23: 0 °² / L33: 0 °² / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / T11: 0 Å² / T12: 0 Å² / T13: 0 Å² / T22: 0 Å² / T23: 0 Å² / T33: 0 Å² / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5969	13.2237	-31.0303745
2	12.2603	12.9723	-10.0131
3	21.5955	17.8092	-9.55
4	6.9016	1.7012	-35.5279

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 34	4 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	35 - 54	35 - 54
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	55 - 78	55 - 78
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	79 - 108	79 - 108

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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