+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3w9g | ||||||
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Title | Crystal structure of the ankyrin repeat domain of chicken TRPV4 | ||||||
Components | Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / ankyrin repeat domain / ARD | ||||||
Function / homology | Function and homology information osmosensory signaling pathway / monoatomic cation channel activity / adherens junction / calcium channel activity / intracellular calcium ion homeostasis / calmodulin binding / apical plasma membrane / lipid binding / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Gallus gallus (chicken) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Itoh, Y. / Hamada-nakahara, S. / Suetsugu, S. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2014 Title: TRPV4 channel activity is modulated by direct interaction of the ankyrin domain to PI(4,5)P2 Authors: Takahashi, N. / Hamada-Nakahara, S. / Itoh, Y. / Takemura, K. / Shimada, A. / Ueda, Y. / Kitamata, M. / Matsuoka, R. / Hanawa-Suetsugu, K. / Senju, Y. / Mori, M.X. / Kiyonaka, S. / Kohda, D. ...Authors: Takahashi, N. / Hamada-Nakahara, S. / Itoh, Y. / Takemura, K. / Shimada, A. / Ueda, Y. / Kitamata, M. / Matsuoka, R. / Hanawa-Suetsugu, K. / Senju, Y. / Mori, M.X. / Kiyonaka, S. / Kohda, D. / Kitao, A. / Mori, Y. / Suetsugu, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3w9g.cif.gz | 420.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3w9g.ent.gz | 349.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3w9g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/3w9g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/3w9g | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3w9fC 3jxiS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29478.891 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 133-382 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Gene: TRPV4, VR-OAC / Plasmid: pET22b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta 2(DE3) / References: UniProt: Q9DFS3, UniProt: A0A1D5PXA5*PLUS #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.82 Å3/Da / Density % sol: 56.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 110-120mM sodium MES-HCl buffer pH 6.5, 1-2% PEG4000, 11-12% MPD, 55-60mM KH2PO4, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 90 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: AR-NW12A / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Jun 8, 2012 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. all: 89777 / Num. obs: 89687 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 26.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 17.6 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.07 Å / Redundancy: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.644 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 8903 / Rsym value: 0.644 / % possible all: 99.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3JXI Resolution: 2→37.569 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.41 / FOM work R set: 0.8516 / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / Phase error: 21.95 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 254.32 Å2 / Biso mean: 48.4734 Å2 / Biso min: 9.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→37.569 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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