+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3d8z | ||||||
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Title | RNase A- 5'-Deoxy-5'-N-pyrrolidinothymidine complex | ||||||
Components | Ribonuclease pancreatic | ||||||
Keywords | HYDROLASE / RIBONUCLEASE / LIGAND BINDING / Endonuclease / Glycation / Glycoprotein / Nuclease / Secreted | ||||||
Function / homology | Function and homology information pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bos taurus (cattle) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.98 Å | ||||||
Authors | Leonidas, D.D. / Zographos, S.E. / Oikonomakos, N.G. | ||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2009 Title: Morpholino, piperidino, and pyrrolidino derivatives of pyrimidine nucleosides as inhibitors of ribonuclease A: synthesis, biochemical, and crystallographic evaluation Authors: Samanta, A. / Leonidas, D.D. / Dasgupta, S. / Pathak, T. / Zographos, S.E. / Oikonomakos, N.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3d8z.cif.gz | 65.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3d8z.ent.gz | 48.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3d8z.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3d8z_validation.pdf.gz | 745.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3d8z_full_validation.pdf.gz | 750.9 KB | Display | |
Data in XML | 3d8z_validation.xml.gz | 14.7 KB | Display | |
Data in CIF | 3d8z_validation.cif.gz | 19.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/3d8z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/3d8z | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3d6oC 3d6pC 3d6qC 3d7bC 3d8yC 2g8qS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13708.326 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / Tissue: Pancreas / References: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5 #2: Chemical | ChemComp-TXS / | #3: Chemical | ChemComp-FLC / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 43.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: PEG 4000, SODIUM CITRATE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SRS / Beamline: PX9.6 / Wavelength: 0.92 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Nov 8, 2006 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.92 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.98→30 Å / Num. all: 16850 / Num. obs: 16481 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 8.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.98→2.03 Å / Redundancy: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 852 / Rsym value: 0.435 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: PDB entry 2G8Q Resolution: 1.98→28.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 7.784 / SU ML: 0.117 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.179 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.096 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.207 Å / Luzzati d res low obs: 0.179 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.98→28.6 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.977→2.028 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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