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- PDB-3w9f: Crystal structure of the ankyrin repeat domain of chicken TRPV4 i... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3w9f | ||||||
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Title | Crystal structure of the ankyrin repeat domain of chicken TRPV4 in complex with IP3 | ||||||
![]() | Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / ankyrin repeat domain / ARD | ||||||
Function / homology | ![]() osmosensory signaling pathway / calcium ion import across plasma membrane / monoatomic cation channel activity / phosphatidylinositol binding / actin filament organization / adherens junction / calcium channel activity / cilium / SH3 domain binding / intracellular calcium ion homeostasis ...osmosensory signaling pathway / calcium ion import across plasma membrane / monoatomic cation channel activity / phosphatidylinositol binding / actin filament organization / adherens junction / calcium channel activity / cilium / SH3 domain binding / intracellular calcium ion homeostasis / calmodulin binding / apical plasma membrane / lipid binding / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Itoh, Y. / Hamada-nakahara, S. / Suetsugu, S. | ||||||
![]() | ![]() Title: TRPV4 channel activity is modulated by direct interaction of the ankyrin domain to PI(4,5)P2 Authors: Takahashi, N. / Hamada-Nakahara, S. / Itoh, Y. / Takemura, K. / Shimada, A. / Ueda, Y. / Kitamata, M. / Matsuoka, R. / Hanawa-Suetsugu, K. / Senju, Y. / Mori, M.X. / Kiyonaka, S. / Kohda, D. ...Authors: Takahashi, N. / Hamada-Nakahara, S. / Itoh, Y. / Takemura, K. / Shimada, A. / Ueda, Y. / Kitamata, M. / Matsuoka, R. / Hanawa-Suetsugu, K. / Senju, Y. / Mori, M.X. / Kiyonaka, S. / Kohda, D. / Kitao, A. / Mori, Y. / Suetsugu, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in CIF | ![]() | 60.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3w9gC ![]() 3jxiS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 29478.891 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 133-382 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-I3P / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 110-120 mM sodium MES-HCl buffer pH 6.5, 1-2% PEG 4000, 11-12% MPD, 55-60 mM KH2PO4, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 90 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Jun 8, 2012 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. all: 103603 / Num. obs: 100702 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 26.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 18.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.97 Å / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.619 / Mean I/σ(I) obs: 2.37 / Num. unique all: 10249 / Rsym value: 0.619 / % possible all: 93.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3JXI Resolution: 1.9→32.807 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.06 / FOM work R set: 0.7707 / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.35 / Phase error: 29.24 / Stereochemistry target values: ML Details: THE I3P OMIT FO-FC MAP SHOWS CLEAR POSITIVE PEAKS CORRESPONDING TO THE I3P PHOSPHATE GROUPS.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 181.82 Å2 / Biso mean: 64.4097 Å2 / Biso min: 11 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→32.807 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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