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- PDB-1waq: Crystal structure of human Growth and Differentiation Factor 5 (GDF-5) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1waq
タイトルCrystal structure of human Growth and Differentiation Factor 5 (GDF-5)
要素GROWTH/DIFFERENTIATION FACTOR 5
キーワードGROWTH FACTOR / TGF-BETA SUPERFAMILY / CYTOKINE
機能・相同性
機能・相同性情報


ossification involved in bone remodeling / forelimb morphogenesis / BMP binding / chondroblast differentiation / hindlimb morphogenesis / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / positive regulation of chondrocyte differentiation / mesenchymal cell apoptotic process / positive regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of chondrocyte differentiation ...ossification involved in bone remodeling / forelimb morphogenesis / BMP binding / chondroblast differentiation / hindlimb morphogenesis / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / positive regulation of chondrocyte differentiation / mesenchymal cell apoptotic process / positive regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of chondrocyte differentiation / embryonic limb morphogenesis / Molecules associated with elastic fibres / positive regulation of SMAD protein signal transduction / regulation of multicellular organism growth / chondrocyte differentiation / BMP signaling pathway / response to mechanical stimulus / positive regulation of neuron differentiation / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cytokine activity / growth factor activity / negative regulation of epithelial cell proliferation / cell-cell signaling / negative regulation of neuron apoptotic process / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B ...TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth/differentiation factor 5
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Mueller, T.D. / Nickel, J. / Sebald, W.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: A Single Residue of Gdf-5 Defines Binding Specificity to Bmp Receptor Ib.
著者: Nickel, J. / Kotzsch, A. / Sebald, W. / Mueller, T.D.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Molecular Recognition of Bmp-2 and Bmp Receptor Ia
著者: Keller, S. / Nickel, J. / Sebald, W. / Mueller, T.D.
履歴
登録2004年10月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GROWTH/DIFFERENTIATION FACTOR 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7604
ポリマ－13,4051
非ポリマー3553
水41423
1
A: GROWTH/DIFFERENTIATION FACTOR 5
ヘテロ分子

A: GROWTH/DIFFERENTIATION FACTOR 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5208
ポリマ－26,8112
非ポリマー7096
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_679x-y+1,-y+2,-z+13/31
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)97.771, 97.771, 43.325
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 GROWTH/DIFFERENTIATION FACTOR 5 / GDF-5 / CARTILAGE-DERIVED MORPHOGENETIC PROTEIN 1 / CDMP-1


分子量: 13405.481 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 387-501 (RESIDUES 6-120 OF MATURE GDF-5) / 由来タイプ: 組換発現
詳細: DIMERIC CONNECTED THROUGH INTERMOLECULAR DISULFIDE BOND BETWEEN CYS 84
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: FIBROBLAST / プラスミド: RBSIIN25X/O / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P43026
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細COULD BE INVOLVED IN BONE FORMATION. HOMODIMER; DISULFIDE-LINKED (BY SIMILARITY). DEFECTS IN GDF5 ...COULD BE INVOLVED IN BONE FORMATION. HOMODIMER; DISULFIDE-LINKED (BY SIMILARITY). DEFECTS IN GDF5 ARE THE CAUSE OF CHONDRODYSPLASIA GREBE.
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUES 6 TO 120 OF MATURE GDF-5 WERE EXPRESSED WITH AN N- TERMINAL EXTENSION MET-LYS FROM THE ...RESIDUES 6 TO 120 OF MATURE GDF-5 WERE EXPRESSED WITH AN N- TERMINAL EXTENSION MET-LYS FROM THE EXPRESSION VECTOR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 %
結晶化詳細: 25% 2-METHLY-2,4-PENTANEDIOL, 0.1M SODIUM CITRATE PH 4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9183
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月16日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→84.52 Å / Num. obs: 11084 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.28→2.39 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BMP

1bmp


解像度: 2.28→17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 5.508 / SU ML: 0.134 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 6 TO 16 OF THE MATURE PART OF GDF-5 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 546 5 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.223 10300 98.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20.05 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数825 0 24 23 872
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.021877
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4121.9711197
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4575103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2130
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02659
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.3337
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.552
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2660.344
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.58
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.0141.5525
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.0612858
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it14.1253352
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it17.9544.5339
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.34 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.297 35
Rwork0.289 645
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 96.007 Å / Origin y: 92.403 Å / Origin z: 88.654 Å
111213212223313233
T0.1577 Å20.0177 Å2-0.024 Å2-0.0609 Å20.0226 Å2--0.0145 Å2
L1.5191 °24.9477 °2-0.8447 °2-21.7989 °2-2.1301 °2--1.1117 °2
S-0.1208 Å °0.0873 Å °0.1941 Å °-1.2863 Å °0.1412 Å °0.7956 Å °0.0089 Å °-0.01 Å °-0.0204 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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