PDB-2qcq: Crystal structure of Bone Morphogenetic Protein-3 (BMP-3)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qcq

タイトル

Crystal structure of Bone Morphogenetic Protein-3 (BMP-3)

要素

Bone morphogenetic protein 3

キーワード

SIGNALING PROTEIN / BMP / TGF-beta

機能・相同性

機能・相同性情報

BMP receptor binding / negative regulation of ossification / cartilage development / cytokine activity / skeletal system development / growth factor activity / osteoblast differentiation / cell-cell signaling / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Allendorph, G.P.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: BMP-3 and BMP-6 Structures Illuminate the Nature of Binding Specificity with Receptors.
著者: Allendorph, G.P. / Isaacs, M.J. / Kawakami, Y. / Belmonte, J.C. / Choe, S.

履歴

登録	2007年6月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qcq.cif.gz	55.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qcq.ent.gz	40.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qcq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/2qcq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/2qcq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qcwC 2gooS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1reu-1 4n1d-1 1y94-d 3djp-d 4i0c-2 1r3m-d 2etc-1 1em8-1 4i0c-1 4ekx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bone morphogenetic protein 3

B: Bone morphogenetic protein 3

24.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.850, 96.850, 101.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

詳細

The biologically relevant molecule is a dimer, which is found in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	Bone morphogenetic protein 3 / BMP-3 / Osteogenin / BMP-3A 分子量: 12418.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BMP3 / プラスミド: pET21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P12645
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.62 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 26% tert-butanol and 0.1 M Na Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月23日
放射	モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→43.46 Å / Num. obs: 17488 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 37.9
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique all: 1662 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: BMP-2 ligand monomer from PDB entry 2goo

2goo

解像度: 2.21→27.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 16.667 / SU ML: 0.189 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2572	880	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22817	-	-	-
obs	0.22956	16423	96.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.7 Å²	0.35 Å²	0 Å²
2-	-	0.7 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.21→27.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1682	0	0	98	1780

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	1733
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.327	1.97	2358
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.761	5	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.876	23.529	68
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.456	15	287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.928	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	255
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	643
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.173	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.197	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.663	1.5	1114
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.168	2	1774
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.512	3	713
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.339	4.5	584
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.205→2.262 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.485	64	-
R_work	0.456	1133	-
obs	-	-	90.34 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.5573	1.3132	2.7476	1.1636	1.0517	2.1215	0.052	0.0921	-0.7197	0.0004	0.1299	-0.1947	0.0613	0.2374	-0.182	-0.113	0.0056	-0.0287	-0.1477	-0.0315	-0.1501	-20.1054	23.1098	13.8629
2	4.0695	3.7153	2.3535	5.5241	1.7155	2.1897	0.1666	-0.0702	-0.5602	0.0837	0.087	-0.5415	0.2655	-0.0671	-0.2536	-0.1355	0.0169	-0.0298	-0.1306	-0.0195	-0.148	-9.9684	28.7933	26.8509

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 110	4 - 110
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	3 - 110	3 - 110

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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