PDB-1xf4: Structure of ligand-free Fab DNA-1 in space group P321 solved fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xf4

タイトル

Structure of ligand-free Fab DNA-1 in space group P321 solved from crystals with perfect hemihedral twinning

要素

Fab heavy chain
Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody / Fab / immunoglobulin / anti-DNA / anti-ssDNA / autoantibody / twinning

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : / :

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Schuermann, J.P. / Prewitt, S.P. / Deutscher, S.L. / Tanner, J.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Evidence for Structural Plasticity of Heavy Chain Complementarity-determining Region 3 in Antibody-ssDNA Recognition
著者: Schuermann, J.P. / Prewitt, S.P. / Davies, C. / Deutscher, S.L. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2004年9月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xf4.cif.gz	171.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xf4.ent.gz	134.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xf4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1xf4_validation.pdf.gz	459.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1xf4_full_validation.pdf.gz	473.9 KB	表示
XML形式データ	1xf4_validation.xml.gz	29.8 KB	表示
CIF形式データ	1xf4_validation.cif.gz	41.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/1xf4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/1xf4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xf2C 1xf3C 1i8mS 1p7k S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5tdo-2 6bi2-2 1bfo-1 6pxg-3 5tdp-1 4kka-2 5d1z-5 1nd0-4 6c6x-2 3ojd-d 4kkl-2 3ejz-3 5mv3-5 5tdp-2 5b4m-2 6dwa-1 1ngz-d 5cp7-4 5ye4-2 4x80-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Fab light chain

H: Fab heavy chain

A: Fab light chain

B: Fab heavy chain

ヘテロ分子

97.5 kDa, 4 ポリマー
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1

L: Fab light chain

H: Fab heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.8 kDa, 2 ポリマー
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2

A: Fab light chain

B: Fab heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.7 kDa, 2 ポリマー
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3

L: Fab light chain

H: Fab heavy chain

ヘテロ分子

L: Fab light chain

H: Fab heavy chain

ヘテロ分子

L: Fab light chain

H: Fab heavy chain

ヘテロ分子

A: Fab light chain

B: Fab heavy chain

ヘテロ分子

A: Fab light chain

B: Fab heavy chain

ヘテロ分子

A: Fab light chain

B: Fab heavy chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
292 kDa, 12 ポリマー
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タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_655	-y+1,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_665	-x+y+1,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	1_554	x,y,z-1	1
crystal symmetry operation	2_654	-y+1,x-y,z-1	1
crystal symmetry operation	3_664	-x+y+1,-x+1,z-1	1

4

A: Fab light chain

B: Fab heavy chain

ヘテロ分子

A: Fab light chain

B: Fab heavy chain

ヘテロ分子

A: Fab light chain

B: Fab heavy chain

ヘテロ分子

L: Fab light chain

H: Fab heavy chain

ヘテロ分子

L: Fab light chain

H: Fab heavy chain

ヘテロ分子

L: Fab light chain

H: Fab heavy chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
292 kDa, 12 ポリマー
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タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_655	-y+1,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_665	-x+y+1,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	1_556	x,y,z+1	1
crystal symmetry operation	2_656	-y+1,x-y,z+1	1
crystal symmetry operation	3_666	-x+y+1,-x+1,z+1	1

5

L: Fab light chain

H: Fab heavy chain

ヘテロ分子

L: Fab light chain

H: Fab heavy chain

ヘテロ分子

L: Fab light chain

H: Fab heavy chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
146 kDa, 6 ポリマー
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6

A: Fab light chain

B: Fab heavy chain

ヘテロ分子

A: Fab light chain

B: Fab heavy chain

ヘテロ分子

A: Fab light chain

B: Fab heavy chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
146 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	179.179, 179.179, 91.985
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	L-301- SO4
2	1	L-301- SO4
3	1	L-302- SO4
4	1	L-302- SO4
5	1	A-303- SO4
6	1	A-303- SO4

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	L
2	1	A
1	2	L
2	2	A
1	3	H
2	3	B
1	4	H
2	4	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	ARG	ARG	L	A	1 - 108	1 - 108
2	1	GLU	GLU	ARG	ARG	A	C	1 - 108	1 - 108
1	2	ALA	ALA	GLU	GLU	L	A	109 - 213	109 - 213
2	2	ALA	ALA	GLU	GLU	A	C	109 - 213	109 - 213
1	3	GLN	GLN	SER	SER	H	B	1 - 113	1 - 120
2	3	GLN	GLN	SER	SER	B	D	1 - 113	1 - 120
1	4	ALA	ALA	ARG	ARG	H	B	114 - 213	121 - 220
2	4	ALA	ALA	ARG	ARG	B	D	114 - 213	121 - 220

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

詳細

The biological assembly is the Fab, which has one light chain and one heavy chain

#1: 抗体	Fab light chain 分子量: 23616.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 498315
#2: 抗体	Fab heavy chain 分子量: 24982.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 3399661
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 72 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.9 詳細: ammonium sulfate, sodium acetate, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.072 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月23日
放射	モノクロメーター: beamline optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→49.5 Å / Num. all: 54454 / Num. obs: 54454 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.09 / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / R_merge(I) obs: 0.511 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / R_sym value: 0.511 / % possible all: 81

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1I8M

1i8m

解像度: 2.5→49.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 7.709 / SU ML: 0.175 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.327 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22398	4384	9.6 %	RANDOM
R_work	0.18303	-	-	-
all	0.18696	51454	-	-
obs	0.18696	41498	77.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.847 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.29 Å²	-0.15 Å²	0 Å²
2-	-	-0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.44 Å²

Refine analyze

Luzzati sigma a free: 0.18 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6360	0	15	35	6410

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	6537
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.511	1.949	8916
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.066	5	846
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4873
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	2716
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	268
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.265	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.238	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.53	1.5	4240
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.973	2	6851
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.512	3	2297
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.315	4.5	2065
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 2 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	787	medium positional	0.12	0.5
2	A	820	medium positional	0.14	0.5
3	B	869	medium positional	0.4	0.5
4	B	683	medium positional	0.13	0.5
1	A	787	medium thermal	0.67	2
2	A	820	medium thermal	0.61	2
3	B	869	medium thermal	0.59	2
4	B	683	medium thermal	0.64	2

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.261	264
R_work	0.21	2621

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2299	-0.5265	0.2584	1.7648	0.5712	4.0387	-0.0623	-0.4467	0.0647	0.3015	0.0825	-0.0293	0.0589	0.1151	-0.0202	0.0138	0.0274	0.0231	0.1038	0.0234	0.113	81.751	64.731	18.126
2	1.3792	0.0699	0.5724	1.48	0.5437	4.6317	0.0545	0.4505	0.0107	-0.3499	-0.0117	-0.0292	0.1778	0.1624	-0.0427	0.0346	0.0502	0.023	0.0731	0.0307	0.0991	74.349	52.679	70.028
3	2.6152	-2.2544	0.3037	4.7414	-0.1922	1.2062	0.1925	0.4219	0.6171	-0.3	-0.1737	-0.4312	-0.4912	0.0142	-0.0188	0.119	0.0222	0.0927	0.1083	0.0623	0.2252	76.396	86.334	-12.604
4	6.4218	-0.3389	-0.2807	1.4641	0.3904	0.6414	-0.193	-0.5888	-0.6454	0.2337	0.1649	0.3794	0.2606	-0.3874	0.0281	0.0719	0.0148	0.0234	0.1713	0.0987	0.1936	52.774	47.274	100.702
5	2.4797	0.5887	-1.279	2.2199	-1.2112	4.9529	-0.0854	-0.1721	0.0627	0.2954	0.0527	-0.0133	-0.2013	-0.1235	0.0326	0.1117	0.06	0.0024	0.2173	-0.0212	0.1273	67.382	79.332	27.441
6	1.3559	0.1925	-0.2908	3.2407	-1.7773	5.3876	0.0194	0.3247	-0.0046	-0.1526	0.0519	0.0028	0.017	-0.3769	-0.0714	0.102	0.0514	-0.0235	0.2418	0.0236	0.1054	54.864	58.67	60.869
7	2.0825	-0.2682	-0.4359	2.436	0.9869	3.5133	0.0388	0.2448	0.0648	-0.253	0.0077	0.0124	-0.3164	-0.1466	-0.0465	0.0431	0.0521	0.0359	0.1447	0.0555	0.1632	61.624	83.621	-5.936
8	2.635	-0.0364	-0.0494	2.2908	0.3586	4.3593	-0.0174	-0.0994	0.2055	0.0971	-0.0611	0.0367	-0.0554	-0.6148	0.0785	0.0672	0.1012	0.017	0.2076	0.0468	0.1639	48.255	61.87	93.978

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	A	1 - 108	1 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	C	1 - 108	1 - 108
3	X-RAY DIFFRACTION	3	L	A	109 - 213	109 - 213
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	C	109 - 213	109 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	5	H	B	1 - 113	1 - 120
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	D	1 - 113	1 - 120
7	X-RAY DIFFRACTION	7	H	B	114 - 213	121 - 220
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	D	114 - 213	121 - 220

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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