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万見
- PDB-1uyu: Xenon COMPLEX OF wildtype P450CAM FROM PSEUDOMONAS PUTIDA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uyu
タイトルXenon COMPLEX OF wildtype P450CAM FROM PSEUDOMONAS PUTIDA
要素CYTOCHROME P450-CAM
キーワードOXIDOREDUCTASE / MONO-OXYGENASE / HEME / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


camphor 5-monooxygenase / camphor 5-monooxygenase activity / (+)-camphor catabolic process / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CAMPHOR / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / XENON / Camphor 5-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wade, R.C. / Winn, P.J. / Schlichting, I. / Sudarko, X.
引用
ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2004
タイトル: A Survey of Active Site Access Channels in Cytochromes P450
著者: Wade, R.C. / Winn, P.J. / Schlichting, I.
#1: ジャーナル: Annu.Rev.Biochem. / 年: 2004
タイトル: Structural Aspects of Ligand Binding to and Electron Transfer in Bacterial and Fungal P450S
著者: Pylypenko, O. / Schlichting, I.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: High-Resolution Crystal Structure of Cytochrome P450Cam
著者: Poulos, T.L. / Finzel, B.C. / Howard, A.J.
履歴
登録2004年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月22日Group: Database references / Other ...Database references / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME P450-CAM
B: CYTOCHROME P450-CAM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,88117
ポリマ－93,1762
非ポリマー2,70515
水8,143452
1
A: CYTOCHROME P450-CAM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9218
ポリマ－46,5881
非ポリマー1,3337
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CYTOCHROME P450-CAM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9609
ポリマ－46,5881
非ポリマー1,3728
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)67.200, 62.300, 95.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CYTOCHROME P450-CAM


分子量: 46587.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HEME ATTACHED VIA CYS357, XENON BOUND IN CAVITIES / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P00183

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非ポリマー , 5種, 467分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CAM / CAMPHOR / (+)-カンファ-


分子量: 152.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16O
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-XE / XENON / キセノン


分子量: 131.293 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.55 %
解説: A CRYOCOOLED, LOOP MOUNTED P450 CRYSTAL CONTAINING CAMPHOR AND HEME-BOUND CYANIDE (NO CYANIDE IN THE CRYOPROTECTANT CONTAINING 20% GLYCEROL) WAS WARMED UP QUICKLY AND MOUNTED IN A HOME-BUILT ...解説: A CRYOCOOLED, LOOP MOUNTED P450 CRYSTAL CONTAINING CAMPHOR AND HEME-BOUND CYANIDE (NO CYANIDE IN THE CRYOPROTECTANT CONTAINING 20% GLYCEROL) WAS WARMED UP QUICKLY AND MOUNTED IN A HOME-BUILT PRESSURE CELL. THE CRYSTAL WAS EXPOSED FOR 3 MIN. TO 7 BAR XENON AT 2 DEG. C SUBSEQUENTLY, THE CRYSTAL WAS FLASH COOLED IN LIQUID NITROGEN.
結晶化温度: 275 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: CRYSTALS WERE GROWN USING THE SITTING DROP GEOMETRY AT 2 DEG. C. 5 UL OF 30 MG/ML P450 IN 50 MM TRIS HCL, 250 MM KCL, 0.5 MM CAMPHOR WERE MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF THE RESERVOIR SOLUTION ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN USING THE SITTING DROP GEOMETRY AT 2 DEG. C. 5 UL OF 30 MG/ML P450 IN 50 MM TRIS HCL, 250 MM KCL, 0.5 MM CAMPHOR WERE MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF THE RESERVOIR SOLUTION (27-30% PEG 4000, 100 MM DTE, SAME BUFFER AS PROTEIN)., pH 7.40

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / タイプ: ESRF / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MONO / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19 Å / Num. obs: 53282 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.82 % / Biso Wilson estimate: 32.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DZ8

1dz8


解像度: 2→19.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 4.249 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. N-TERMINUS IS DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 2663 5 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.19 50618 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20 Å20.77 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6406 0 119 452 6977
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0216756
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026118
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4212.0019225
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.971314302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6715813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2985
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027482
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021320
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.21530
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2320.27316
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.23729
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1960.2418
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.20.29
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1370.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2710.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.220.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6371.54081
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23726629
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.90532675
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1844.52586
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.268 193
Rwork0.21 3666

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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