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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tij | ||||||
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タイトル | 3D Domain-swapped human cystatin C with amyloid-like intermolecular beta-sheets | ||||||
![]() | Cystatin C | ||||||
![]() | HYDROLASE INHIBITOR / HUMAN CYSTATIN C DIMER / 3D DOMAIN SWAPPING / AMYLOID FORMATION / INHIBITOR OF C1 AND C13 CYSTEINE PROTEASES / AMYLOID ANGIOPATHY / CEREBRAL HEMORRHAGE | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of collagen catabolic process / negative regulation of elastin catabolic process / negative regulation of blood vessel remodeling / negative regulation of peptidase activity / peptidase inhibitor activity / negative regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of tissue remodeling / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase inhibitor activity / supramolecular fiber organization ...negative regulation of collagen catabolic process / negative regulation of elastin catabolic process / negative regulation of blood vessel remodeling / negative regulation of peptidase activity / peptidase inhibitor activity / negative regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of tissue remodeling / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase inhibitor activity / supramolecular fiber organization / negative regulation of proteolysis / Post-translational protein phosphorylation / defense response / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / tertiary granule lumen / amyloid-beta binding / protease binding / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Janowski, R. / Kozak, M. / Abrahamson, M. / Grubb, A. / Jaskolski, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: 3D domain-swapped human cystatin C with amyloidlike intermolecular beta-sheets. 著者: Janowski, R. / Kozak, M. / Abrahamson, M. / Grubb, A. / Jaskolski, M. #1: ![]() タイトル: Human cystatin C, an amyloidogenic protein, dimerizes through three-dimensional domain swapping 著者: Janowski, R. / Kozak, M. / Jankowska, E. / Grzonka, Z. / Grubb, A. / Abrahamson, M. / Jaskolski, M. #2: ![]() タイトル: 3D domain swapping in n-truncated human cystatin C 著者: Janowski, R. / Abrahamson, M. / Grubb, A. / Jaskolski, M. #3: ![]() タイトル: Expression of selenomethionyl derivative and preliminary crystallographic studies of human cystatin C 著者: Kozak, M. / Jankowska, E. / Janowski, R. / Grzonka, Z. / Grubb, A. / Alvarez Fernandez, M. / Abrahamson, M. / Jaskolski, M. #4: ![]() タイトル: NMR structural studies of human cystatin C dimers and monomers 著者: Ekiel, I. / Abrahamson, M. / Fulton, D.B. / Lindahl, P. / Storer, A.C. / Levadoux, W. / Lafrance, M. / Labelle, S. / Pomerleau, Y. / Groleau, D. / Lesauter, L. / Gehring, K. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAINS ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAINS INTERTWINED TO FORM A 3D DOMAIN SWAPPED DIMER. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 53.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1g96S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | THIS ENTRY CORRESPONDS TO THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF TWO CHAINS, A AND B, INTERTWINED INTO A 3D DOMAIN-SWAPPED DIMER |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13365.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.9 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 100mM sodium acetate, 20mM CaCl2, 40-45% MPD, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年12月10日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8885 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.03→40 Å / Num. all: 12273 / Num. obs: 12273 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 57.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 3.03→3.08 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.409 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 599 / % possible all: 97.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: ONE HALF OF HUMAN CYSTATIN C CRYSTALLOGRAPHIC DIMER WITH SWAPPED DOMAINS (PDB ENTRY 1G96) 解像度: 3.03→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 77294.26 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Bulk solvent correction used
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.969 Å2 / ksol: 0.271825 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.03→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.03→3.22 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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