[日本語] English
万見
- PDB-1tij: 3D Domain-swapped human cystatin C with amyloid-like intermolecul... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tij
タイトル3D Domain-swapped human cystatin C with amyloid-like intermolecular beta-sheets
要素Cystatin C
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / HUMAN CYSTATIN C DIMER / 3D DOMAIN SWAPPING / AMYLOID FORMATION / INHIBITOR OF C1 AND C13 CYSTEINE PROTEASES / AMYLOID ANGIOPATHY / CEREBRAL HEMORRHAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of collagen catabolic process / negative regulation of elastin catabolic process / negative regulation of blood vessel remodeling / negative regulation of peptidase activity / peptidase inhibitor activity / negative regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of tissue remodeling / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase inhibitor activity / supramolecular fiber organization ...negative regulation of collagen catabolic process / negative regulation of elastin catabolic process / negative regulation of blood vessel remodeling / negative regulation of peptidase activity / peptidase inhibitor activity / negative regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of tissue remodeling / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase inhibitor activity / supramolecular fiber organization / negative regulation of proteolysis / Post-translational protein phosphorylation / defense response / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / tertiary granule lumen / amyloid-beta binding / protease binding / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I25, cystatin, conserved site / Cysteine proteases inhibitors signature. / Cystatin domain / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Cystatin superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Janowski, R. / Kozak, M. / Abrahamson, M. / Grubb, A. / Jaskolski, M.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: 3D domain-swapped human cystatin C with amyloidlike intermolecular beta-sheets.
著者: Janowski, R. / Kozak, M. / Abrahamson, M. / Grubb, A. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Human cystatin C, an amyloidogenic protein, dimerizes through three-dimensional domain swapping
著者: Janowski, R. / Kozak, M. / Jankowska, E. / Grzonka, Z. / Grubb, A. / Abrahamson, M. / Jaskolski, M.
#2: ジャーナル: To be Published
タイトル: 3D domain swapping in n-truncated human cystatin C
著者: Janowski, R. / Abrahamson, M. / Grubb, A. / Jaskolski, M.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Expression of selenomethionyl derivative and preliminary crystallographic studies of human cystatin C
著者: Kozak, M. / Jankowska, E. / Janowski, R. / Grzonka, Z. / Grubb, A. / Alvarez Fernandez, M. / Abrahamson, M. / Jaskolski, M.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: NMR structural studies of human cystatin C dimers and monomers
著者: Ekiel, I. / Abrahamson, M. / Fulton, D.B. / Lindahl, P. / Storer, A.C. / Levadoux, W. / Lafrance, M. / Labelle, S. / Pomerleau, Y. / Groleau, D. / Lesauter, L. / Gehring, K.
履歴
登録2004年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
Remark 300BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAINS ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAINS INTERTWINED TO FORM A 3D DOMAIN SWAPPED DIMER.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cystatin C
B: Cystatin C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7302
ポリマ－26,7302
非ポリマー00
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6190 Å2
ΔGint-39.2 kcal/mol
Surface area13360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.49, 91.49, 144.45
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細THIS ENTRY CORRESPONDS TO THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF TWO CHAINS, A AND B, INTERTWINED INTO A 3D DOMAIN-SWAPPED DIMER

-
要素

#1: タンパク質 Cystatin C / Gamma-trace / Post-gamma-globulin


分子量: 13365.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CST3 / プラスミド: PHD 313 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061 / 参照: UniProt: P01034
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 100mM sodium acetate, 20mM CaCl2, 40-45% MPD, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.8885 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年12月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8885 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.03→40 Å / Num. all: 12273 / Num. obs: 12273 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 57.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 3.03→3.08 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.409 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 599 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ONE HALF OF HUMAN CYSTATIN C CRYSTALLOGRAPHIC DIMER WITH SWAPPED DOMAINS (PDB ENTRY 1G96)

1g96


解像度: 3.03→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 77294.26 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Bulk solvent correction used
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 1070 9 %RANDOM
Rwork0.217 ---
all0.223 11902 --
obs0.217 11902 96.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.969 Å2 / ksol: 0.271825 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.32 Å20 Å20 Å2
2--4.32 Å20 Å2
3----8.65 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.62 Å0.54 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.03→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1776 0 0 22 1798
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.2
LS精密化 シェル解像度: 3.03→3.22 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 157 8.2 %
Rwork0.31 1754 -
obs-1754 95 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る