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万見
- PDB-5jk9: Crystal structure of human IZUMO1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jk9
タイトルCrystal structure of human IZUMO1
要素Izumo sperm-egg fusion protein 1
キーワードCELL ADHESION / fertilization / IZUMO1 / JUNO
機能・相同性
機能・相同性情報


Acrosome Reaction and Sperm:Oocyte Membrane Binding / protein complex involved in cell-cell adhesion / syncytium formation by plasma membrane fusion / sperm-egg recognition / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / acrosomal membrane / binding of sperm to zona pellucida / heterotypic cell-cell adhesion / acrosomal vesicle ...Acrosome Reaction and Sperm:Oocyte Membrane Binding / protein complex involved in cell-cell adhesion / syncytium formation by plasma membrane fusion / sperm-egg recognition / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / acrosomal membrane / binding of sperm to zona pellucida / heterotypic cell-cell adhesion / acrosomal vesicle / cell adhesion / receptor ligand activity / signaling receptor binding / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Izumo sperm-egg fusion protein / Izumo protein, immunoglobulin domain / Izumo sperm-egg fusion protein 1 / Izumo sperm-egg fusion, Ig domain-associated / Izumo-like Immunoglobulin domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Izumo sperm-egg fusion protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ohto, U. / Ishida, H. / Shimizu, T.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structure of IZUMO1-JUNO reveals sperm-oocyte recognition during mammalian fertilization
著者: Ohto, U. / Ishida, H. / Krayukhina, E. / Uchiyama, S. / Inoue, N. / Shimizu, T.
履歴
登録2016年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Database references
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD ..._chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Izumo sperm-egg fusion protein 1
B: Izumo sperm-egg fusion protein 1
C: Izumo sperm-egg fusion protein 1
D: Izumo sperm-egg fusion protein 1
E: Izumo sperm-egg fusion protein 1
F: Izumo sperm-egg fusion protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,30712
ポリマ－168,9806
非ポリマー1,3276
水9,674537
1
A: Izumo sperm-egg fusion protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3852
ポリマ－28,1631
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Izumo sperm-egg fusion protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3852
ポリマ－28,1631
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Izumo sperm-egg fusion protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3852
ポリマ－28,1631
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Izumo sperm-egg fusion protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3852
ポリマ－28,1631
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Izumo sperm-egg fusion protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3852
ポリマ－28,1631
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Izumo sperm-egg fusion protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3852
ポリマ－28,1631
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.936, 75.067, 108.885
Angle α, β, γ (deg.)77.65, 79.11, 70.66
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Izumo sperm-egg fusion protein 1 / Oocyte binding/fusion factor / OBF / Sperm-specific protein izumo


分子量: 28163.326 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 22-255 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IZUMO1 / 発現宿主: Drosophila (ハエ) / 参照: UniProt: Q8IYV9
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 12-15% (w/v) PEG6000, 0.1 M sodium citrate pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 106951 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 21.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 9.503 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.169 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23057 5249 4.9 %RANDOM
Rwork0.19431 ---
obs0.19615 101240 97.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 48.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å21.63 Å2-1.38 Å2
2--0.32 Å20.7 Å2
3---0.81 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11088 0 84 537 11709
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01911462
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210778
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6151.96115519
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97324951
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.05451382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.85724.892511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.861152063
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5341546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21707
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212674
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022504
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.433.5765552
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.4293.5765551
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.955.3366923
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.9495.3366924
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.1834.3435910
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.1824.3435911
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.0096.2258596
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.83534.45646557
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.83934.41646245
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.103→2.157 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 371 -
Rwork0.28 7007 -
obs--91.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7608-0.28590.49630.2538-0.17280.3260.0182-0.0102-0.0063-0.0297-0.0167-0.03630.0045-0.019-0.00150.04820.01550.0420.1116-0.01390.0479-0.37730.6094-0.314
20.8259-0.6755-0.16270.69710.06780.0649-0.0056-0.0921-0.05290.00740.02670.0672-0.00720.0411-0.02110.0148-0.00140.02140.0976-0.03160.0969-21.0974-5.27034.1644
30.5828-0.46680.42390.402-0.26630.58790.01820.01080.0353-0.0015-0.0136-0.0635-0.0414-0.0424-0.00460.0899-0.0084-0.05130.0381-0.00980.084916.911322.477636.5357
40.8087-0.50740.36660.3841-0.33170.43430.02190.0550.0892-0.02670.0194-0.0196-0.02870.0055-0.04130.1039-0.0145-0.00050.09010.01750.04128.1843-32.8963-18.5843
50.4571-0.82750.07252.235-0.58610.2948-0.0662-0.0481-0.0522-0.03970.1520.21720.0561-0.0516-0.08580.1865-0.0395-0.10070.01930.03510.0728.031512.681653.0843
60.2299-0.12910.18850.365-0.55210.8822-0.07240.0170.0576-0.0511-0.135-0.13180.07780.14130.20740.05550.0183-0.00330.11290.04260.0793-12.8761-17.110852.9774
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A18 - 258
2X-RAY DIFFRACTION2B19 - 255
3X-RAY DIFFRACTION3C18 - 254
4X-RAY DIFFRACTION4D18 - 250
5X-RAY DIFFRACTION5E19 - 254
6X-RAY DIFFRACTION6F19 - 256

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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