PDB-5jkb: Crystal structure of human JUNO (crystal form 2)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jkb

タイトル

Crystal structure of human JUNO (crystal form 2)

要素

Sperm-egg fusion protein Juno

キーワード

CELL ADHESION / fertilization / IZUMO1 / JUNO

機能・相同性

機能・相同性情報

sperm-egg recognition / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / microvillus membrane / single fertilization / signaling receptor activity / cell adhesion / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.23 Å

データ登録者

Ohto, U. / Ishida, H. / Shimizu, T.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structure of IZUMO1-JUNO reveals sperm-oocyte recognition during mammalian fertilization
著者: Ohto, U. / Ishida, H. / Krayukhina, E. / Uchiyama, S. / Inoue, N. / Shimizu, T.

履歴

登録	2016年4月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月29日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月19日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jkb.cif.gz	330.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jkb.ent.gz	271.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jkb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jkb_validation.pdf.gz	452.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jkb_full_validation.pdf.gz	457.3 KB	表示
XML形式データ	5jkb_validation.xml.gz	28.3 KB	表示
CIF形式データ	5jkb_validation.cif.gz	37.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/5jkb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/5jkb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jk9C 5jkaSC 5jkcC 5jkdC 5jkeC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5u88-2 7ccj-1 1rin-3 7cc9-1 2ipx-d 6qlm-2 4axm-6 5f4q-2 4d7u-1 6ycc-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sperm-egg fusion protein Juno

B: Sperm-egg fusion protein Juno

C: Sperm-egg fusion protein Juno

D: Sperm-egg fusion protein Juno

ヘテロ分子

102 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sperm-egg fusion protein Juno

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Sperm-egg fusion protein Juno

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Sperm-egg fusion protein Juno

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Sperm-egg fusion protein Juno

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	96.770, 88.579, 108.132
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.88, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	GLU	GLU	A	A	18 - 229	3 - 214
2	1	PRO	PRO	GLU	GLU	B	B	18 - 229	3 - 214
1	2	GLY	GLY	SER	SER	A	A	20 - 228	5 - 213
2	2	GLY	GLY	SER	SER	C	C	20 - 228	5 - 213
1	3	GLY	GLY	SER	SER	A	A	20 - 228	5 - 213
2	3	GLY	GLY	SER	SER	D	D	20 - 228	5 - 213
1	4	GLY	GLY	SER	SER	B	B	20 - 228	5 - 213
2	4	GLY	GLY	SER	SER	C	C	20 - 228	5 - 213
1	5	GLY	GLY	SER	SER	B	B	20 - 228	5 - 213
2	5	GLY	GLY	SER	SER	D	D	20 - 228	5 - 213
1	6	GLY	GLY	GLU	GLU	C	C	20 - 229	5 - 214
2	6	GLY	GLY	GLU	GLU	D	D	20 - 229	5 - 214

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Sperm-egg fusion protein Juno / Folate receptor 4 / Folate receptor delta / FR-delta / IZUMO1 receptor protein JUNO 分子量: 25428.842 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IZUMO1R, FOLR4, JUNO / 発現宿主: Drosophila (ハエ) / 参照: UniProt: A6ND01
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 3% (w/v) PEG4000, 5% 2-propanol, 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.23→44.3 Å / Num. obs: 14574 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5JKA

5jka

解像度: 3.23→44.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.909 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.885 / SU B: 64.762 / SU ML: 0.464 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.54 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24053	730	5 %	RANDOM
R_work	0.21649	-	-	-
obs	0.21773	13842	99.16 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.264 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.72 Å²	-0 Å²	1.49 Å²
2-	-	0.76 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.23→44.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6410	0	4	0	6414

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	6664
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	5874
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.443	1.923	9080
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.223	3	13606
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.937	5	784
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.056	23.879	330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.662	15	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.188	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	880
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	7552
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.351	5.003	3160
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.343	5.002	3159
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.007	7.498	3936
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.006	7.499	3937
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.598	5.279	3504
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.594	5.277	3502
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.442	7.798	5144
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.94	47.393	27715
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.94	47.393	27715
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	23228	0.06
1	2	B	23228	0.06
2	1	A	23048	0.04
2	2	C	23048	0.04
3	1	A	23026	0.04
3	2	D	23026	0.04
4	1	B	23080	0.05
4	2	C	23080	0.05
5	1	B	23060	0.05
5	2	D	23060	0.05
6	1	C	23324	0.01
6	2	D	23324	0.01

LS精密化シェル

解像度: 3.23→3.314 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.386	44	-
R_work	0.323	1026	-
obs	-	-	99.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5422	0.3951	0.6199	0.5493	0.8568	2.3692	0.0955	0.1493	0.0493	0.0785	-0.1265	0.0798	-0.046	0.0437	0.0311	0.1233	0.0203	-0.0293	0.2116	-0.062	0.0776	34.1167	-0.4528	1.8659
2	2.2906	-0.0508	-0.9375	0.6138	-0.7702	2.0823	-0.0471	0.2021	0.0037	-0.0079	0.0882	-0.1218	0.0368	-0.136	-0.0411	0.1457	-0.0084	0.0073	0.3011	-0.0618	0.0824	10.278	-32.5205	-10.0961
3	2.0471	-0.7263	-1.1279	2.4723	-0.7023	1.501	-0.1646	-0.1742	-0.2077	-0.0763	0.0062	-0.1012	-0.0199	0.0364	0.1584	0.1202	0.0258	0.0849	0.1846	-0.1288	0.2136	39.9338	-41.7631	-18.0474
4	3.4095	0.1407	-0.7291	2.2427	1.2322	0.9134	0.178	-0.1879	0.1195	-0.0611	-0.0493	-0.0157	-0.0598	0.0556	-0.1286	0.0913	-0.0012	0.0136	0.1531	-0.1216	0.2153	65.1092	-35.8969	-32.2426

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	18 - 229
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	18 - 229
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	20 - 229
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	20 - 229

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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