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- PDB-4d7u: The structure of the catalytic domain of NcLPMO9C from the filame... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d7u
タイトルThe structure of the catalytic domain of NcLPMO9C from the filamentous fungus Neurospora crassa
要素ENDOGLUCANASE II
キーワードOXIDOREDUCTASE / LYTIC MONOOXYGENASE / HEMICELLULOSE ACTIVE / AA9
機能・相同性
機能・相同性情報


lytic cellulose monooxygenase (C4-dehydrogenating) / cellulose binding / cellulose catabolic process / monooxygenase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #70 / Auxiliary Activity family 9 / : / Auxiliary Activity family 9 (formerly GH61) / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain ...Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #70 / Auxiliary Activity family 9 / : / Auxiliary Activity family 9 (formerly GH61) / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / AA9 family lytic polysaccharide monooxygenase C
類似検索 - 構成要素
生物種NEUROSPORA CRASSA (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Borisova, A.S. / Isaksen, T. / Mathiesen, G. / Sorlie, M. / Sandgren, M. / Eijsink, V.G.H. / Dimarogona, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural and Functional Characterization of a Lytic Polysaccharide Monooxygenase with Broad Substrate Specificity
著者: Borisova, A.S. / Isaksen, T. / Dimarogona, M. / Kognole, A.A. / Mathiesen, G. / Varnai, A. / Rohr, A.K. / Payne, C. / Sorlie, M. / Sandgren, M. / Eijsink, V.G.H. / Sorlie, M.
履歴
登録2014年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月29日Group: Database references
改定 1.22015年10月7日Group: Database references
改定 1.32018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDOGLUCANASE II
B: ENDOGLUCANASE II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2789
ポリマ－46,6902
非ポリマー5887
水10,052558
1
A: ENDOGLUCANASE II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5934
ポリマ－23,3451
非ポリマー2483
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ENDOGLUCANASE II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6855
ポリマ－23,3451
非ポリマー3404
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.258, 66.755, 66.077
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ENDOGLUCANASE II / NCLPMO9C-N


分子量: 23345.139 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 17-243 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) NEUROSPORA CRASSA (菌類) / 株: OR74A / プラスミド: PPINK-GAPHC / 発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): PICHIAPINK STRAIN4 / 参照: UniProt: Q7SHI8
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 558 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.1 / 詳細: 0.2M AMMONIUM CITRATE, 20% PEG 3350, PH 5.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→64.81 Å / Num. obs: 49150 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 12.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.56→1.59 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 29.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4EIR

4eir


解像度: 1.56→64.805 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.764 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1876 2423 5.02 %RANDOM
Rwork0.1563 ---
obs0.158 48932 91.057 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 13.496 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.209 Å20 Å2-0.206 Å2
2--2.347 Å20 Å2
3----0.978 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→64.805 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3280 0 32 558 3870
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0193511
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023238
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1581.9384794
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7183.0027480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2315482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.9825.878131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.48915503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.067154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2522
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214181
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02783
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.21236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1550.271
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.21765
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0930.291
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0490.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.050.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6161.2651892
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6161.2641891
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1081.8952386
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6071.2651619
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0061.8762408
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.56→1.601 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 71 -
Rwork0.248 1462 -
obs--38.566 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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