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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5f4q | ||||||
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Title | Crystal structure of the human egg surface protein Juno | ||||||
![]() | Sperm-egg fusion protein Juno | ||||||
![]() | CELL ADHESION / glycoprotein / membrane-bound / cysteine-rich / receptor | ||||||
Function / homology | ![]() sperm-egg recognition / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / microvillus membrane / single fertilization / signaling receptor activity / cell adhesion / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / extracellular region / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Aydin, H. / Sultana, A. / Lee, J.E. | ||||||
![]() | ![]() Title: Molecular architecture of the human sperm IZUMO1 and egg JUNO fertilization complex. Authors: Aydin, H. / Sultana, A. / Li, S. / Thavalingam, A. / Lee, J.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 470.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 393.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5f4eSC ![]() 5f4tC ![]() 5f4vC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 24575.932 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 20-228 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Sugar | ChemComp-NAG / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.02 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES sodium salt [pH 7.5], 22% (w/v) Polyacrylic acid 5100 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 92 / Detector: CCD / Date: Jul 28, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: k,h,-l / Fraction: 0.5 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→43.68 Å / Num. obs: 79079 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 8.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 17.5 / Num. measured all: 640808 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5F4E Resolution: 1.8→43.68 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 30.45 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→43.68 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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