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万見
- PDB-1riu: Anti-Cocaine Antibody M82G2 Complexed With Norbenzoylecgonine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1riu
タイトルAnti-Cocaine Antibody M82G2 Complexed With Norbenzoylecgonine
要素
  • Fab M82G2, Heavy Chain
  • Fab M82G2, Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTI-COCAINE ANTIBODY / FAB
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-RBE
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pozharski, E. / Hewagama, A. / Shanafelt, A. / Petsko, G. / Ringe, D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Carving a Binding Site: Structural Study of an Anti-Cocaine Antibody in Complex with Three Cocaine Analogs
著者: Pozharski, E. / Hewagama, A. / Shanafelt, A. / Petsko, G. / Ringe, D.
履歴
登録2003年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab M82G2, Light Chain
H: Fab M82G2, Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6793
ポリマ－47,4042
非ポリマー2751
水3,495194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.700, 75.700, 153.21
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-222-

HOH

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要素

#1: 抗体 Fab M82G2, Light Chain


分子量: 23884.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Fab M82G2, Heavy Chain


分子量: 23519.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-RBE / 3-(BENZOYLOXY)-8-AZA-BICYCLO[3.2.1]OCTANE-2-CARBOXYLIC ACID / NOR-BENZOYLECGONINE / ベンゾイルノルエクゴニン


分子量: 275.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H17NO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
解説: CRYSTALS WERE TRANSFERRED STEPWISE INTO 70% SATURATED SODIUM MALONATE, PH 7.2, AND SUBSEQUENTLY SOAKED OVERNIGHT IN THE SODIUM MALONATE SOLUTION CONTAINING 300 MICROMOLAR NORBENZOYLECGONINE-HCL
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 2M AMMONIUM SULFATE, 5% ISO-PROPANOL, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年8月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. all: 35109 / Num. obs: 35109 / % possible obs: 99.96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 38.4 Å2 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 8.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / Num. unique all: 3437 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AR3 (CONSTANT DOMAIN) + PDB ENTRY 1AXT (VARIABLE DOMAIN)

1ar3
PDB 未公開エントリ

1axt


解像度: 2→40 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: BULK SOLVENT MASK CORRECTED TO EXCLUDE INTERNAL CAVITIES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 1740 5 %random
Rwork0.183 ---
all0.184 35109 --
obs0.184 35109 99.96 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.511 Å2-0.972 Å20 Å2
2---0.511 Å20 Å2
3---1.022 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3339 0 20 194 3553
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.121.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.042
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.362
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.622.5
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.58
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 156 4.6 %
Rwork0.388 3430 -
obs-3430 98.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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