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- PDB-1rfd: ANTI-COCAINE ANTIBODY M82G2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rfd
タイトルANTI-COCAINE ANTIBODY M82G2
要素
  • Fab M82G2, Heavy Chain
  • Fab M82G2, Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTI-COCAINE ANTIBODY / FAB
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Pozharski, E. / Hewagama, A. / Shanafelt, A.B. / Petsko, G.A. / Ringe, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Diversity in hapten recognition: structural study of an anti-cocaine antibody M82G2.
著者: Pozharski, E. / Moulin, A. / Hewagama, A. / Shanafelt, A.B. / Petsko, G.A. / Ringe, D.
履歴
登録2003年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE NO DATABASE REFERENCE SEQUENCE WAS FOUND FOR EITHER PROTEIN IN THIS STRUCTURE AT THE TIME ...SEQUENCE NO DATABASE REFERENCE SEQUENCE WAS FOUND FOR EITHER PROTEIN IN THIS STRUCTURE AT THE TIME OF PROCESSING.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab M82G2, Light Chain
H: Fab M82G2, Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4042
ポリマ－47,4042
非ポリマー00
水4,270237
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.916, 74.916, 151.268
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-223-

HOH

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要素

#1: 抗体 Fab M82G2, Light Chain


分子量: 23884.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Fab M82G2, Heavy Chain


分子量: 23519.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 2M AMMONIUM SULFATE, 5% ISO-PROPANOL, pH 5.20, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→30 Å / Num. all: 26932 / Num. obs: 26932 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 38.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 2.09→2.16 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 2603 / % possible all: 88.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QYG

1qyg


解像度: 2.09→30 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: BULK SOLVENT MASK CORRECTED TO EXCLUDE INTERNAL CAVITIES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 1311 4 %random
Rwork0.183 ---
all0.185 26932 --
obs0.185 26932 90.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 0.303 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.313 Å20.856 Å20 Å2
2--0.313 Å20 Å2
3----0.625 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3339 0 0 237 3576
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.71
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.955
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.111.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.052
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.172
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.242.5
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.16 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 125 4.2 %
Rwork0.211 2535 -
obs-2494 84.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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