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- PDB-1qnh: Plasmodium falciparum Cyclophilin (double mutant) complexed with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qnh
タイトルPlasmodium falciparum Cyclophilin (double mutant) complexed with Cyclosporin A
要素
  • CYCLOSPORIN A
  • PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE
キーワードISOMERASE/IMMUNOSUPPRESSANT / ISOMERASE-IMMUNOSUPPRESSANT COMPLEX / CYCLOPHILIN-CYCLOSPORIN COMPLEX / CYCLOSPORIN A / IMMUNOSUPPRESSANT / CYCLOPHILIN
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / intracellular membrane-bounded organelle / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclosporin A / : / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
TOLYPOCLADIUM INFLATUM (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Peterson, M.R. / Hall, D.R. / Hunter, W.N.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: The Three-Dimensional Structure of a Plasmodium Falciparum Cyclophilin in Complex with the Potent Anti-Malarial Cyclosporin A
著者: Peterson, M.R. / Hall, D.R. / Berriman, M. / Leonard, G.A. / Fairlamb, A.H. / Hunter, W.N.
#1: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1998
タイトル: Detailed Characterization of a Cyclophilin from the Human Malaria Parasite Plasmodium Falciparum
著者: Berriman, M. / Fairlamb, A.H.
履歴
登録1999年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年11月30日Group: Other
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE
B: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE
C: CYCLOSPORIN A
D: CYCLOSPORIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2104
ポリマ－40,2104
非ポリマー00
水3,837213
1
A: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE
C: CYCLOSPORIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1052
ポリマ－20,1052
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-8.2 kcal/mol
Surface area9520 Å2
手法PQS
2
B: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE
D: CYCLOSPORIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1052
ポリマ－20,1052
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-8.4 kcal/mol
Surface area9470 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)92.110, 115.120, 39.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.16335, -0.98606, 0.03182), (0.96489, -0.1664, -0.20321), (0.20567, -0.0025, 0.97862)
ベクター: 63.67295, 72.66035, 11.18299)

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要素

#1: タンパク質 PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE / PPIASE / ROTAMASE / CYCLOPHILIN A


分子量: 18884.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q25756, peptidylprolyl isomerase
#2: タンパク質・ペプチド CYCLOSPORIN A / CYCLOSPORINE / CICLOSPORIN / CICLOSPORINE


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 免疫抑制剤 / 分子量: 1220.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: CYCLOSPORIN IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. CYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI.
由来: (合成) TOLYPOCLADIUM INFLATUM (菌類) / 参照: NOR: NOR00033, Cyclosporin A
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CYCLOSPORIN IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. HERE, CYCLOSPORIN A IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES) ...CYCLOSPORIN IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. HERE, CYCLOSPORIN A IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES) GROUP: 1 NAME: CYCLOSPORIN A CHAIN: C, D COMPONENT_1: PEPTIDE LIKE SEQUENCE RESIDUES 1 TO 11 DESCRIPTION: CYCLOSPORIN IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. CYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化pH: 7.7 / 詳細: pH 7.70
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
18 mg/mlprotein/drug complex1drop
235 mMHEPES1drop
315 %(w/v)PEG15001drop
430 %(w/v)PEG15001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.98
検出器タイプ: FUJI BAS-2000 IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→24 Å / Num. obs: 24606 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 34.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.213 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 92.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CWA

1cwa


解像度: 2.1→24 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: REFINEMENT AT EARLY STAGES UTILISED X-PLOR AND REFMAC AND NCS RESTRAINTS WERE RELEASED AT THE FINAL STAGES OF REFINEMENT THE SIDE CHAINS OF THE FOLLOWING RESIDUES ARE DISORDERED ASN A 15, LYS ...詳細: REFINEMENT AT EARLY STAGES UTILISED X-PLOR AND REFMAC AND NCS RESTRAINTS WERE RELEASED AT THE FINAL STAGES OF REFINEMENT THE SIDE CHAINS OF THE FOLLOWING RESIDUES ARE DISORDERED ASN A 15, LYS A 51, LYS A 155, ARG B 49, LYS B 51, ARG B 88, LYS B 155, LYS B 160 SER A 2 IS DISORDERED AND NOT OBSERVED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 2471 10 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.17 24606 98.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2775 0 0 213 2988
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.9171.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.3452
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.5482
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.0212.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.11 Å / Total num. of bins used: 49 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 53 10 %
Rwork0.227 390 -
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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