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- PDB-1qkp: HIGH RESOLUTION X-RAY STRUCTURE OF AN EARLY INTERMEDIATE IN THE B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qkp
タイトルHIGH RESOLUTION X-RAY STRUCTURE OF AN EARLY INTERMEDIATE IN THE BACTERIORHODOPSIN PHOTOCYCLE
要素BACTERIORHODOPSIN
キーワードPHOTORECEPTOR / PROTON PUMP / MEMBRANE PROTEIN / RETINAL PROTEIN / INTERMEDIATE STATE / PHOTOCYCLE / LIPIDIC CUBIC PHASES
機能・相同性
機能・相同性情報


light-driven active monoatomic ion transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RETINAL / Bacteriorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種HALOBACTERIUM SALINARIUM (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Edman, K. / Nollert, P. / Royant, A. / Belrhali, H. / Pebay-Peyroula, E. / Hajdu, J. / Neutze, R. / Landau, E.M.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1999
タイトル: High-resolution X-ray structure of an early intermediate in the bacteriorhodopsin photocycle.
著者: Edman, K. / Nollert, P. / Royant, A. / Belrhali, H. / Pebay-Peyroula, E. / Hajdu, J. / Neutze, R. / Landau, E.M.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: Protein, Lipid and Water Organization in Bacteriorhodopsin: A Molecular View of the Purple Membrane at 1.9 Angstrom Resolution
著者: Belrhali, H. / Nollert, P. / Royant, A. / Menzel, C. / Rosenbusch, J.P. / Landau, E.M. / Pebay-Peyroula, E.
履歴
登録1999年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.01999年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_last / _citation.title
改定 1.42019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.02019年5月22日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.pdbx_auth_atom_name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: DSSP
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BACTERIORHODOPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0992
ポリマ－26,8141
非ポリマー2841
水48627
1
A: BACTERIORHODOPSIN
ヘテロ分子

A: BACTERIORHODOPSIN
ヘテロ分子

A: BACTERIORHODOPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2976
ポリマ－80,4433
非ポリマー8533
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)61.060, 61.060, 110.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
詳細A XRAY OBSERVED TRIMERIC BIO- ASSEMBLY CAN BE BUILTBY SPACE GROUP SYMMETRY EXPANSION OF THECONTENTS OF THE ASYMMETRIC UNIT

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要素

#1: タンパク質 BACTERIORHODOPSIN


分子量: 26814.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RETINAL LINKED TO LYS 216 VIA A SCHIFF BASE / 由来: (天然) HALOBACTERIUM SALINARIUM (好塩性) / 細胞内の位置: PLASMA MEMBRANE / 株: S9 / 参照: UniProt: P02945
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
解説: THE CRYSTAL FORM WAS THE SAME AS FOR 1QHJ, THEREFORE 1QHJ WAS DIRECTLY USED FOR THE INITIAL PHASING
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.6
詳細: PROTEIN FROM THE PURPLE MEMBRANE WAS DELIPIDATED AND SOLUBILIZED IN OCTYL GLUCOSIDE. PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 60 - 70% (W/W) MONOOLEIN, 0.7 - 4.0 M NA/K - PHOSPHATE IN A PHOSPHATE BUFFER ...詳細: PROTEIN FROM THE PURPLE MEMBRANE WAS DELIPIDATED AND SOLUBILIZED IN OCTYL GLUCOSIDE. PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 60 - 70% (W/W) MONOOLEIN, 0.7 - 4.0 M NA/K - PHOSPHATE IN A PHOSPHATE BUFFER AT PH 5.6, AT 20C AND IN THE DARK. THE MIXTURE WAS CENTRIFUGED AT 10000G FOR 150 MN PRIOR TO CRYSTALLISATION.
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: unknown
詳細: Landau, E.M., (1996) Proc.Natl.Acad.Sci.USA., 93, 14532.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
13.3 Msodium potassium Pi11
23.5 mg/mlprotein11
30.05 %methylpentandiol11
41.2 %beta-octylglycopyranoside11

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.936
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.936 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→38 Å / Num. obs: 13653 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.37 / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 67437 / Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.6 % / Rmerge(I) obs: 0.37

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.5精密化
DENZOデータ削減
CCP4データスケーリング
CNS0.5位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QHJ

1qhj


解像度: 2.1→38 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
詳細: THIS STRUCTURE WAS REFINED FROM AN ILLUMINATED CRYSTAL AND REPRESENTS A MIXTURE OF THE GROUND STATE AND THE LOW TEMPERATURE K STATE OF BACTERIORHODOPSIN. DURING THE DATA COLLECTION, THE ...詳細: THIS STRUCTURE WAS REFINED FROM AN ILLUMINATED CRYSTAL AND REPRESENTS A MIXTURE OF THE GROUND STATE AND THE LOW TEMPERATURE K STATE OF BACTERIORHODOPSIN. DURING THE DATA COLLECTION, THE CRYSTAL WAS MAINTAINED AT 110 K AND CONTINUOUSLY ILLUMINATED WITH A DIODE LASER AT 532 NM. THREE DATA SETS FROM ILLUMINATED CRYSTALS WERE COLLECTED. FROM THE 3 EXPERIMENTAL DIFFERENCE MAPS , FEXC-FGROUND (DATA IN R1QHJSF), 9 RESIDUES SHOWED SIGNIFICANT CHANGES IN THE EXCITED STATE. A FIRST REFINEMENT ON THE REMAINING RESIDUES WAS PERFORMED, FIXING THE 9 RESIDUES. THEN THESE 9 RESIDUES WERE REFINED WITH ALTERNATE CONFORMATIONS FIXING THE REMAINING STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 642 5 %THE SAME TEST SET AS FOR THE REFINEMENT OF 1QHJ WAS USED
Rwork0.2222 ---
obs0.2222 13628 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 90 Å2 / ksol: 0.399 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.566 Å20.292 Å20 Å2
2--4.566 Å20 Å2
3----9.132 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.01 Å0.01 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1751 0 20 27 1798
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0091
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1637
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.2305
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7917
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.0811.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.4222
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7692
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.0232.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2739 59 5 %
Rwork0.2239 1307 -
obs--99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3RETFIN.PARRETFIN.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.255
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0091
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1637
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.2305
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.7917

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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