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万見
- PDB-1qbg: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN DT-DIAPHORASE (NAD(P)H OXIDOREDUCTASE) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qbg
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN DT-DIAPHORASE (NAD(P)H OXIDOREDUCTASE)
要素NAD(P)H DEHYDROGENASE [QUINONE] 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / QUINONE / FAD / DT-DIAPHORASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquinone metabolic process / vitamin E metabolic process / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H / vitamin K metabolic process / NADH dehydrogenase (quinone) (non-electrogenic) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / synaptic transmission, cholinergic / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) ...ubiquinone metabolic process / vitamin E metabolic process / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H / vitamin K metabolic process / NADH dehydrogenase (quinone) (non-electrogenic) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / synaptic transmission, cholinergic / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / negative regulation of ferroptosis / nitric oxide biosynthetic process / xenobiotic metabolic process / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / protein catabolic process / negative regulation of protein catabolic process / response to toxic substance / protein polyubiquitination / cellular response to oxidative stress / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / innate immune response / synapse / RNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Skelly, J.V. / Sanderson, M.R. / Suter, D.A. / Baumann, U. / Gregory, D.S. / Bennett, M. / Hobbs, S.M. / Neidle, S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of human DT-diaphorase: a model for interaction with the cytotoxic prodrug 5-(aziridin-1-yl)-2,4-dinitrobenzamide (CB1954).
著者: Skelly, J.V. / Sanderson, M.R. / Suter, D.A. / Baumann, U. / Read, M.A. / Gregory, D.S. / Bennett, M. / Hobbs, S.M. / Neidle, S.
履歴
登録1999年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD(P)H DEHYDROGENASE [QUINONE] 1
B: NAD(P)H DEHYDROGENASE [QUINONE] 1
C: NAD(P)H DEHYDROGENASE [QUINONE] 1
D: NAD(P)H DEHYDROGENASE [QUINONE] 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,0208
ポリマ－122,8774
非ポリマー3,1424
水00
1
A: NAD(P)H DEHYDROGENASE [QUINONE] 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5052
ポリマ－30,7191
非ポリマー7861
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NAD(P)H DEHYDROGENASE [QUINONE] 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5052
ポリマ－30,7191
非ポリマー7861
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: NAD(P)H DEHYDROGENASE [QUINONE] 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5052
ポリマ－30,7191
非ポリマー7861
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: NAD(P)H DEHYDROGENASE [QUINONE] 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5052
ポリマ－30,7191
非ポリマー7861
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
C: NAD(P)H DEHYDROGENASE [QUINONE] 1
D: NAD(P)H DEHYDROGENASE [QUINONE] 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0104
ポリマ－61,4392
非ポリマー1,5712
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8190 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area21500 Å2
手法PISA, PQS
6
A: NAD(P)H DEHYDROGENASE [QUINONE] 1
B: NAD(P)H DEHYDROGENASE [QUINONE] 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0104
ポリマ－61,4392
非ポリマー1,5712
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8290 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area21370 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)55.88, 57.49, 98.77
Angle α, β, γ (deg.)77.1, 76.2, 86.9
Int Tables number1
Cell settingtriclinic
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
NAD(P)H DEHYDROGENASE [QUINONE] 1 / E.C.1.6.99.2 / DT-DIAPHORASE (NAD(P)H OXIDOREDUCTASE (QUINONE) / QUINONE REDUCTASE / DT-DIAPHORASE / DTD / NAD(P)H ...DT-DIAPHORASE (NAD(P)H OXIDOREDUCTASE (QUINONE) / QUINONE REDUCTASE / DT-DIAPHORASE / DTD / NAD(P)H menadione oxidoreductase 1 / dioxin-inducible


分子量: 30719.365 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15559, EC: 1.6.99.2
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.66 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Sitting drop, PEG4000, CYMAL-3 detergent, sodium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 47 %
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
19.7 mg/mlprotein1drop
2100 mMsodium phosphate1drop
325 %(w/v)PEG40001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. all: 47496 / Num. obs: 43746 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 4.98
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.6 / Num. unique all: 4439 / % possible all: 70
反射
*PLUS
% possible obs: 81.5 % / Num. measured all: 193332

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.3→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: used x-plor procedure
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 1867 4.3 %random
all0.238 47496 --
obs0.232 43746 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8669 0 212 0 8881
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 40 Å / % reflection Rfree: 4.3 % / Rfactor Rfree: 0.28 / Rfactor Rwork: 0.232
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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