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Yorodumi- PDB-4ifx: Crystal structure of Treponema pallidum TP0796 Flavin trafficking... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ifx | ||||||
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Title | Crystal structure of Treponema pallidum TP0796 Flavin trafficking protein, FAD substrate bound form | ||||||
Components | Thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE | ||||||
Keywords | HYDROLASE / bimetal center / FAD pyrophosphatase / flavin turnover / Treponema pallidum | ||||||
Function / homology | Function and homology information FAD:protein FMN transferase / transferase activity / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Treponema pallidum subsp. pallidum (syphilis treponeme) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.452 Å | ||||||
Authors | Tomchick, D.R. / Brautigam, C.A. / Deka, R.K. / Norgard, M.V. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2013 Title: The TP0796 Lipoprotein of Treponema pallidum Is a Bimetal-dependent FAD Pyrophosphatase with a Potential Role in Flavin Homeostasis. Authors: Deka, R.K. / Brautigam, C.A. / Liu, W.Z. / Tomchick, D.R. / Norgard, M.V. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ifx.cif.gz | 150.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ifx.ent.gz | 117.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ifx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4ifx_validation.pdf.gz | 795.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4ifx_full_validation.pdf.gz | 801.8 KB | Display | |
Data in XML | 4ifx_validation.xml.gz | 17.8 KB | Display | |
Data in CIF | 4ifx_validation.cif.gz | 25.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/4ifx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/4ifx | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4ifuSC 4ifwC 4ifzC 4ig1C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 36742.984 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Treponema pallidum subsp. pallidum (syphilis treponeme) Strain: Nichols / Gene: apbE, tp0796, TP_0796 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: O83774 | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-FAD / | ||||
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: hanging-drop vapor diffusion / pH: 6.5 Details: 0.1 M MES, 0.8 M sodium acetate, 0.1 M NaCl, 20% (w/v) ethylene glycol, pH 6.5, hanging-drop vapor diffusion, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 18, 2011 / Details: monochromator | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.45→50 Å / Num. all: 53215 / Num. obs: 53215 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 13.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: PDB ENTRY 4IFU Resolution: 1.452→28.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / SU B: 2.554 / SU ML: 0.05 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.073 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.954 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.452→28.58 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.452→1.49 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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