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- PDB-4ifw: Crystal structure of Treponema pallidum TP0796 Flavin trafficking... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ifw | ||||||
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Title | Crystal structure of Treponema pallidum TP0796 Flavin trafficking protein, ADP inhibited form | ||||||
![]() | Thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / hydrolase / bimetal center / fad pyrophosphatase / flavin turnover / Treponema pallidum / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() FAD:protein FMN transferase / transferase activity / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tomchick, D.R. / Brautigam, C.A. / Deka, R.K. / Norgard, M.V. | ||||||
![]() | ![]() Title: The TP0796 Lipoprotein of Treponema pallidum Is a Bimetal-dependent FAD Pyrophosphatase with a Potential Role in Flavin Homeostasis. Authors: Deka, R.K. / Brautigam, C.A. / Liu, W.Z. / Tomchick, D.R. / Norgard, M.V. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 194.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 155.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 775.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 778.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 21.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4ifuSC ![]() 4ifxC ![]() 4ifzC ![]() 4ig1C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 36742.984 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: Nichols / Gene: apbE, tp0796, TP_0796 / Production host: ![]() ![]() | ||
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#2: Chemical | ChemComp-ADP / | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 41.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: hanging-drop vapor diffusion / pH: 6.5 Details: 0.1 M MES, 0.8 M sodium acetate, 0.1 M NaCl, 20% (w/v) ethylene glycol;, pH 6.5, hanging-drop vapor diffusion, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 18, 2011 / Details: monochromator | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. all: 13766 / Num. obs: 13766 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 7.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4IFU Resolution: 2.3001→29.654 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.83 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.36 / Phase error: 24.14 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.1165 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3001→29.654 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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