+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3vvp | ||||||
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Title | Crystal structure of MATE in complex with Br-NRF | ||||||
Components | Putative uncharacterized protein | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / MATE / multidrug transporter / ligand-bound | ||||||
Function / homology | : / : / Multi antimicrobial extrusion protein / MatE / antiporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / plasma membrane / Chem-BNU / MATE family efflux transporter Function and homology information | ||||||
Biological species | Pyrococcus furiosus (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.91 Å | ||||||
Authors | Tanaka, Y. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2013 Title: Structural basis for the drug extrusion mechanism by a MATE multidrug transporter. Authors: Tanaka, Y. / Hipolito, C.J. / Maturana, A.D. / Ito, K. / Kuroda, T. / Higuchi, T. / Katoh, T. / Kato, H.E. / Hattori, M. / Kumazaki, K. / Tsukazaki, T. / Ishitani, R. / Suga, H. / Nureki, O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3vvp.cif.gz | 299.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3vvp.ent.gz | 245.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3vvp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3vvp_validation.pdf.gz | 714.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3vvp_full_validation.pdf.gz | 719.9 KB | Display | |
Data in XML | 3vvp_validation.xml.gz | 17.2 KB | Display | |
Data in CIF | 3vvp_validation.cif.gz | 25.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/3vvp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/3vvp | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3vvnSC 3vvoC 3vvrC 3vvsC 3w4tC 3wbnC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 49276.258 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pyrococcus furiosus (archaea) / Strain: JCM 8422 / Gene: PF0708 / Plasmid: pET11a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): C41(DE3) / References: UniProt: Q8U2X0 #2: Chemical | ChemComp-BNU / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.19 % / Mosaicity: 0.608 ° |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: lipdic cubic phase / pH: 8 Details: 28% PEG 550MME, 100mM Tris-HCl, 100mM Li2SO4, pH 8.0, lipdic cubic phase, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL32XU / Wavelength: 0.91 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: May 16, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: liquid nitrogen cooled double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.9→50 Å / Num. all: 20596 / Num. obs: 20596 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 21.1 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Χ2: 2.533 / Net I/σ(I): 3.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3VVN Resolution: 2.91→48.951 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7121 / SU ML: 0.53 / σ(F): 1.37 / Phase error: 35.39 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 468.64 Å2 / Biso mean: 51.6823 Å2 / Biso min: 0 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.91→48.951 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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