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Yorodumi- PDB-3tgq: Crystal structure of unliganded HIV-1 clade B strain YU2 gp120 core -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3tgq | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of unliganded HIV-1 clade B strain YU2 gp120 core | ||||||
Components | HIV-1 YU2 gp120 | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / HIV-1 gp120 / unliganded structure | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationDectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() Human immunodeficiency virus 1 | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.4 Å | ||||||
Authors | Kwon, Y.D. / Kwong, P.D. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2012Title: Unliganded HIV-1 gp120 core structures assume the CD4-bound conformation with regulation by quaternary interactions and variable loops. Authors: Kwon, Y.D. / Finzi, A. / Wu, X. / Dogo-Isonagie, C. / Lee, L.K. / Moore, L.R. / Schmidt, S.D. / Stuckey, J. / Yang, Y. / Zhou, T. / Zhu, J. / Vicic, D.A. / Debnath, A.K. / Shapiro, L. / ...Authors: Kwon, Y.D. / Finzi, A. / Wu, X. / Dogo-Isonagie, C. / Lee, L.K. / Moore, L.R. / Schmidt, S.D. / Stuckey, J. / Yang, Y. / Zhou, T. / Zhu, J. / Vicic, D.A. / Debnath, A.K. / Shapiro, L. / Bewley, C.A. / Mascola, J.R. / Sodroski, J.G. / Kwong, P.D. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3tgq.cif.gz | 549.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3tgq.ent.gz | 462.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3tgq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3tgq_validation.pdf.gz | 490.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3tgq_full_validation.pdf.gz | 513.6 KB | Display | |
| Data in XML | 3tgq_validation.xml.gz | 53 KB | Display | |
| Data in CIF | 3tgq_validation.cif.gz | 68.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/3tgq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/3tgq | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3tgrC ![]() 3tgsC ![]() 3tgtC ![]() 3tihC ![]() 1rzkS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
| #1: Protein | Mass: 39223.344 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Human immunodeficiency virus 1 / Gene: HIV-1 env / Plasmid: pVRC8400 / Cell line (production host): HEK 293 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P35961*PLUS#2: Sugar | ChemComp-NAG / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.96 Å3/Da / Density % sol: 68.9 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 16% PEG 3350, 0.1M CaCl2, 0.1M Tris-HCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 7.5 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: MAR scanner 300 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Nov 7, 2008 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection twin | Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.29 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.77→48.27 Å / Num. all: 63180 / Num. obs: 39993 / % possible obs: 63.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 14.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: pdb entry 1rzk Resolution: 3.4→48.27 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / σ(F): 0 / Phase error: 41.51 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 4.874 Å2 / ksol: 0.23 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters |
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.4→48.27 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
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Human immunodeficiency virus 1
X-RAY DIFFRACTION
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