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- PDB-4xdt: Crystal structure of Treponema pallidum TP0796 Flavin trafficking... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xdt
タイトルCrystal structure of Treponema pallidum TP0796 Flavin trafficking protein, a bifunctional FMN transferase/FAD pyrophosphatase, N55Y mutant, FAD bound form
要素FAD:protein FMN transferase
キーワードTRANSFERASE / FMN TRANSFERASE / FAD PYROPHOSPHATASE / HYDROLASE / BIMETAL CENTER / FLAVIN TURNOVER / TREPONEMA PALLIDUM
機能・相同性
機能・相同性情報


FAD:protein FMN transferase / transferase activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
T-fold / ApbE-like domains / Flavin transferase ApbE / ApbE family / ApbE-like superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD:protein FMN transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Treponema pallidum (梅毒トレポネーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.452 Å
データ登録者Tomchick, D.R. / Brautigam, C.A. / Deka, R.K. / Norgard, M.V.
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2015
タイトル: Evidence for Posttranslational Protein Flavinylation in the Syphilis Spirochete Treponema pallidum: Structural and Biochemical Insights from the Catalytic Core of a Periplasmic Flavin-Trafficking Protein.
著者: Deka, R.K. / Brautigam, C.A. / Liu, W.Z. / Tomchick, D.R. / Norgard, M.V.
履歴
登録2014年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAD:protein FMN transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,21915
ポリマ－36,7921
非ポリマー1,42714
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.777, 46.992, 57.566
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.210, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-535-

HOH

21A-599-

HOH

詳細The biological unit is a monomer. There is 1 biological unit in the asymmetric unit.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 FAD:protein FMN transferase / Flavin transferase


分子量: 36792.055 Da / 分子数: 1 / 変異: N55Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Treponema pallidum (strain Nichols) (梅毒トレポネーマ)
株: Nichols / 遺伝子: apbE, TP_0796 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O83774, FAD:protein FMN transferase

-
非ポリマー , 6種, 222分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES, 0.7 M sodium acetate, 0.1 M NaCl, 20% (v/v) ethylene glycol;

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月14日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 53283 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 15.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 1.118 / Net I/av σ(I): 24.306 / Net I/σ(I): 15.8 / Num. measured all: 224769
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.45-1.4830.5323831.05989.4
1.48-1.53.30.49425711.11696.4
1.5-1.533.70.44526491.15198.5
1.53-1.5640.41726601.10199.8
1.56-1.64.30.38626721.14799.9
1.6-1.634.40.33726781.152100
1.63-1.674.40.27826661.196100
1.67-1.724.50.24126981.208100
1.72-1.774.50.19626751.199100
1.77-1.834.40.1526711.233100
1.83-1.894.40.11326921.184100
1.89-1.974.50.08826911.225100
1.97-2.064.50.06827031.102100
2.06-2.174.50.05826821.007100
2.17-2.34.40.05227011.028100
2.3-2.484.40.05226911.1399.9
2.48-2.734.30.04927121.175100
2.73-3.124.20.0427010.998100
3.12-3.944.20.02727241.01199.8
3.94-504.30.02526630.88695.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 4IFU

4ifu


解像度: 1.452→28.534 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1967 2701 5.07 %random
Rwork0.1673 50562 --
obs0.1687 53263 98.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 98.24 Å2 / Biso mean: 27.1384 Å2 / Biso min: 8.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.452→28.534 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2525 0 166 208 2899
Biso mean--40.29 31.67 -
残基数----330
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0242724
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3143672
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078422
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006469
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.065978
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4523-1.47870.27241270.2632258238584
1.4787-1.50710.28191430.24992579272296
1.5071-1.53790.24331470.22262615276299
1.5379-1.57130.23021630.209826542817100
1.5713-1.60790.22941300.197427092839100
1.6079-1.64810.23881500.193126592809100
1.6481-1.69260.2311430.178127102853100
1.6926-1.74250.21211530.176126832836100
1.7425-1.79870.24421250.179326962821100
1.7987-1.8630.23881460.171826922838100
1.863-1.93750.18691490.166226472796100
1.9375-2.02570.16791350.153727172852100
2.0257-2.13250.21551400.154326972837100
2.1325-2.2660.16951490.152426792828100
2.266-2.44090.17091400.146726992839100
2.4409-2.68640.17061570.157926942851100
2.6864-3.07470.19141240.164127572881100
3.0747-3.87220.19581400.16127372877100
3.8722-28.53960.18381400.16322680282096
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.16780.28210.02441.528-0.43593.42270.05740.02950.0404-0.0354-0.07530.02750.04150.22650.0620.07160.0039-0.00710.16920.00940.118353.62647.0098-0.4713
21.30750.417-0.82530.8054-0.60111.52890.2022-0.14550.13380.3472-0.08170.0689-0.33490.043-0.07110.23060.00870.0250.1399-0.01250.155438.773350.021816.7279
30.5482-0.2399-0.26151.1676-0.06670.9267-0.0724-0.1361-0.00880.29020.04060.09360.0488-0.02580.0260.14680.00030.00870.1376-0.0080.11635.607841.859819.5535
41.15970.2032-0.01732.4185-1.06122.39890.0773-0.0812-0.0583-0.0823-0.0848-0.11580.2030.26540.05120.13890.0054-0.01720.1664-0.01240.153146.568431.77550.1861
51.0677-0.3737-0.55252.08620.31650.8477-0.0136-0.0134-0.09860.0996-0.02550.12730.09740.01820.0370.1246-0.0051-0.01310.11680.00430.153437.428725.112410.1296
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 30 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 31 through 92 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 93 through 195 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 196 through 244 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 245 through 340 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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