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- PDB-4xdr: Crystal structure of Treponema pallidum TP0796 Flavin trafficking... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xdr | ||||||
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Title | Crystal structure of Treponema pallidum TP0796 Flavin trafficking protein, a bifunctional FMN transferase/FAD pyrophosphatase, D284A mutant, ADN bound form | ||||||
![]() | FAD:protein FMN transferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / FMN TRANSFERASE / FAD PYROPHOSPHATASE / HYDROLASE / BIMETAL CENTER / FLAVIN TURNOVER / TREPONEMA PALLIDUM | ||||||
Function / homology | ![]() FAD:protein FMN transferase / transferase activity / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tomchick, D.R. / Brautigam, C.A. / Deka, R.K. / Norgard, M.V. | ||||||
![]() | ![]() Title: Evidence for Posttranslational Protein Flavinylation in the Syphilis Spirochete Treponema pallidum: Structural and Biochemical Insights from the Catalytic Core of a Periplasmic Flavin-Trafficking Protein. Authors: Deka, R.K. / Brautigam, C.A. / Liu, W.Z. / Tomchick, D.R. / Norgard, M.V. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 206.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 167.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 16.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 23.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4xdtC ![]() 4xduC ![]() 4ifuS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | The biological unit is a monomer. There is 1 biological unit in the asymmetric unit. |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 36698.977 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: D284A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: Nichols / Gene: apbE, TP_0796 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 207 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADN.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ADN.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-MG / | ||||
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#3: Chemical | ChemComp-ADN / | ||||
#4: Chemical | ChemComp-ACT / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M MES, 0.7 M sodium acetate, 0.1 M NaCl, 20% (v/v) ethylene glycol; |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 24, 2012 / Details: monochromator | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.4→50 Å / Num. obs: 59272 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 15.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Χ2: 1.082 / Net I/av σ(I): 25.984 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 230801 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4IFU Resolution: 1.4→28.163 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 18.97 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 103.32 Å2 / Biso mean: 26.4153 Å2 / Biso min: 7.46 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.4→28.163 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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