+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qa0 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | BOVINE TRYPSIN 2-AMINOBENZIMIDAZOLE COMPLEX | ||||||
要素 | TRYPSIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE / PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX / S1 POCKET / SERINE PROTEASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Whitlow, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999 タイトル: Crystallographic analysis of potent and selective factor Xa inhibitors complexed to bovine trypsin. 著者: Whitlow, M. / Arnaiz, D.O. / Buckman, B.O. / Davey, D.D. / Griedel, B. / Guilford, W.J. / Koovakkat, S.K. / Liang, A. / Mohan, R. / Phillips, G.B. / Seto, M. / Shaw, K.J. / Xu, W. / Zhao, Z. ...著者: Whitlow, M. / Arnaiz, D.O. / Buckman, B.O. / Davey, D.D. / Griedel, B. / Guilford, W.J. / Koovakkat, S.K. / Liang, A. / Mohan, R. / Phillips, G.B. / Seto, M. / Shaw, K.J. / Xu, W. / Zhao, Z. / Light, D.R. / Morrissey, M.M. #1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1978 タイトル: Crystal Structure Analysis and Refinement of Two Variants of Trigonal Trypsinogen 著者: Bode, W. / Huber, R. #2: ジャーナル: Methods (San Diego) / 年: 1990 タイトル: ANALYTICAL AND PRODUCTION SEEDING TECHNIQUES 著者: Stura, E.A. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qa0.cif.gz | 57.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1qa0.ent.gz | 40.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qa0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qa0_validation.pdf.gz | 379.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1qa0_full_validation.pdf.gz | 382.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1qa0_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qa0_validation.cif.gz | 10.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/1qa0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/1qa0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 断片: BOVINE TRYPSIN / 変異: NONE / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: BOVINE PANCREAS / 参照: UniProt: P00760, trypsin |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-270 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.82 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: MICROCRYSTALS WERE INITIALLY GROWN USING THE HANGING DROP METHOD IN LINBRO CULTURE PLATES. CRYSTALLIZATION RESERVOIRS CONTAIN 1.8 - 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 50 MM TRIS HCL, 10 MM CACL2, PH 7.4. ...詳細: MICROCRYSTALS WERE INITIALLY GROWN USING THE HANGING DROP METHOD IN LINBRO CULTURE PLATES. CRYSTALLIZATION RESERVOIRS CONTAIN 1.8 - 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 50 MM TRIS HCL, 10 MM CACL2, PH 7.4. SIX UL OF 15 MG/ML BOVINE TRYPSIN IN 20 MM 2-AMINOBENZIMIDAZOLE WAS ADDED TO 6 UL OF RESERVOIR. MACROSEEDING WAS USED TO GROW LARGE CRYSTALS (REF 2). SINGLE CRYSTALS WERE WASHED IN 0.8 M AMMONIUM SULFATE, 50 MM TRIS HCL, 10 MM CACL2, PH 7.4. THE WASHED CRYSTALS WERE PLACED IN A 18 HOUR OLD HANGING., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年10月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→10 Å / Num. all: 16893 / Num. obs: 16893 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.022 / % possible all: 78.5 |
反射 | *PLUS |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.9 Å / % possible obs: 78.5 % / Rmerge(I) obs: 0.0262 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 2 / 詳細: USED RESTRAINED LEAST SQUARES /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: PROFFT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|