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万見
- PDB-1q9w: S45-18 Fab pentasaccharide bisphosphate complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q9w
タイトルS45-18 Fab pentasaccharide bisphosphate complex
要素(S45-18 Fab (IgG1k) ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / antigen-binding fragment / Fab / anti-cabohydrate / anti-LPS / antibody / immunoglobulin / Kdo / protein-carbohydrate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Igh protein / ENSMUSG00000076577 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Nguyen, H.P. / Seto, N.O. / MacKenzie, C.R. / Brade, L. / Kosma, P. / Brade, H. / Evans, S.V.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Germline antibody recognition of distinct carbohydrate epitopes.
著者: Nguyen, H.P. / Seto, N.O. / MacKenzie, C.R. / Brade, L. / Kosma, P. / Brade, H. / Evans, S.V.
履歴
登録2003年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
Remark 999SEQUENCE The sequence of the protein was not deposited into any sequence database. Chains E and F ...SEQUENCE The sequence of the protein was not deposited into any sequence database. Chains E and F are bound ligands pentasaccharide bisphosphate alphaKdo-(2-4)-alphaKdo-(2-4)-alphaKdo -(2-6)-betaGlcN-4P-(1-6)-alphaGlcN-1P to Fab2. For the chain F only Kdo trisaccharide visible.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S45-18 Fab (IgG1k) light chain
B: S45-18 Fab (IgG1k) heavy chain
C: S45-18 Fab (IgG1k) light chain
D: S45-18 Fab (IgG1k) heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,46411
ポリマ－97,5034
非ポリマー1,9617
水13,818767
1
A: S45-18 Fab (IgG1k) light chain
B: S45-18 Fab (IgG1k) heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9856
ポリマ－48,7512
非ポリマー1,2344
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5920 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area19660 Å2
手法PISA
2
C: S45-18 Fab (IgG1k) light chain
D: S45-18 Fab (IgG1k) heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4795
ポリマ－48,7512
非ポリマー7273
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area19380 Å2
手法PISA
3
A: S45-18 Fab (IgG1k) light chain
B: S45-18 Fab (IgG1k) heavy chain
ヘテロ分子

C: S45-18 Fab (IgG1k) light chain
D: S45-18 Fab (IgG1k) heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,46411
ポリマ－97,5034
非ポリマー1,9617
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+3/2,-y+2,z+1/21
Buried area12630 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area37750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.200, 113.900, 133.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 ACBD

#1: 抗体 S45-18 Fab (IgG1k) light chain


分子量: 24306.039 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab1 Light chain kappa / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q52L64*PLUS
#2: 抗体 S45-18 Fab (IgG1k) heavy chain


分子量: 24445.398 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab1 Heavy chain g1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: I6L985*PLUS

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糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic ...3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1160.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1a_1-5_1*OPO/3O/3=O_2*N][a2122h-1a_1-5_2*N_4*OPO/3O/3=O][Aad1122h-2a_2-6]/1-2-3-3-3/a6-b1_b6-c2_c4-d2_d4-e2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][P]{[(0+1)][a-D-GlcpN]{[(6+1)][b-D-GlcpN]{[(4+0)][P]{}[(6+2)][a-D-Kdop]{[(4+2)][a-D-Kdop]{[(4+2)][a-D-Kdop]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic ...3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 678.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DKdopa2-4DKdopa2-4DKdopa2-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[Aad1122h-2a_2-6]/1-1-1/a4-b2_b4-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Kdop]{[(4+2)][a-D-Kdop]{[(4+2)][a-D-Kdop]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 772分子

#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 767 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: pentasaccharide, magnesium chloride, PEG 4000, tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Nguyen, H.P., (2001) Acta Cryst., D57, 1872.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
19 mg/mlFab1dropwith pentasaccharide bisphosphate antigen
20.13 M1dropMgCl2
313 %(w/v)PEG40001drop
467 mMTris1droppH8.5
50.2 M1reservoirMgCl2
620 %(w/v)PEG40001reservoir
70.1 MTris1reservoirpH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.15 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年7月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.15 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→19.9 Å / Num. all: 106072 / Num. obs: 99720 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 22.4 Å2 / Limit h max: 39 / Limit h min: 0 / Limit k max: 65 / Limit k min: 0 / Limit l max: 76 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 450248.69 / Observed criterion F min: 0.32
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / % possible all: 93.1
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 106111 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Num. measured all: 406104 / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.1 % / Num. unique obs: 10237 / Rmerge(I) obs: 0.396 / Mean I/σ(I) obs: 2.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1q9o, S45-18 Fab unliganded

1q9o


解像度: 1.75→19.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 9994 10 %random
Rwork0.212 ---
obs-99720 90.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 53.4188 Å2 / ksol: 0.362688 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 79.03 Å2 / Biso mean: 30.56 Å2 / Biso min: 12.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.24 Å20 Å20 Å2
2---4.3 Å20 Å2
3---7.54 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.18 Å
Luzzati d res high-1.75
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6850 0 127 767 7744
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_deg26.8
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_impr_deg1.04
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.75-1.810.33687810.40.30975770.01110945845577.2
1.81-1.880.318860100.28777110.01110927857178.4
1.88-1.970.2829319.80.23685600.00910960949186.6
1.97-2.070.2559799.90.2288680.00810925984790.1
2.07-2.20.257104810.20.21692600.008109701030894
2.2-2.370.252110210.40.21395060.008110031060896.4
2.37-2.610.265109910.30.22595820.008109831068197.3
2.61-2.990.26410359.60.22597020.008110571073797.1
2.99-3.760.2410529.80.20896290.007111291068196
3.76-19.90.21110109.80.18293310.007114711034190.1
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION5kdo6.parkdo6.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.009

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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