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Yorodumi- PDB-4zfo: J22.9-xi: chimeric mouse/human antibody against human BCMA (CD269) -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4zfo | ||||||
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Title | J22.9-xi: chimeric mouse/human antibody against human BCMA (CD269) | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / antibody Fab-ligand complex anti-BCMA anti-tumor | ||||||
Function / homology | Function and homology information lymphocyte homeostasis / TNFs bind their physiological receptors / endomembrane system / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / signaling receptor activity / adaptive immune response / signal transduction / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.895 Å | ||||||
Authors | Marino, S.F. / Daumke, O. / Olal, D. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Mol Oncol / Year: 2015 Title: Potent anti-tumor response by targeting B cell maturation antigen (BCMA) in a mouse model of multiple myeloma. Authors: Oden, F. / Marino, S.F. / Brand, J. / Scheu, S. / Kriegel, C. / Olal, D. / Takvorian, A. / Westermann, J. / Yilmaz, B. / Hinz, M. / Daumke, O. / Hopken, U.E. / Muller, G. / Lipp, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4zfo.cif.gz | 215 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4zfo.ent.gz | 168.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4zfo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/4zfo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/4zfo | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3eo9S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules FK
#1: Protein | Mass: 5903.708 Da / Num. of mol.: 2 Fragment: Extracellular (N-terminal) domain, UNP residues 1-54 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TNFRSF17, BCM, BCMA / Plasmid: pGEX6p-1 Details (production host): N-terminal glutathione-S-transferase (GST) fusion Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): Rosetta2 / References: UniProt: Q02223 |
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-Antibody , 3 types, 4 molecules LHAB
#2: Antibody | Mass: 23542.135 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Fab Light Chain fragment of anti-BCMA antibody J22.9-xi Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Plasmid: pTT5 / Details (production host): 6x EBNA protein binding sites / Cell line (production host): HEK293_6E / Production host: Homo sapiens (human) | ||
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#3: Antibody | Mass: 23641.453 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Fab Heavy Chain fragment of anti-BCMA antibody J22.9-xi Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Plasmid: pTT5 / Details (production host): 6x EBNA protein binding sites / Cell line (production host): HEK293_6E / Production host: Homo sapiens (human) #4: Antibody | | Mass: 23471.057 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Fab Light Chain fragment of anti-BCMA antibody J22.9-xi Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Plasmid: pTT5 / Details (production host): 6x EBNA protein binding sites / Cell line (production host): HEK293_6E / Production host: Homo sapiens (human) |
-Non-polymers , 3 types, 774 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 52.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 1 microliter of the complex at 8 mg/ml with 2 microliters of 21% PEG 3350, 0.1 M BisTris pH 6.5 and 5 mM CuCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.91841 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 9, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.895→42.268 Å / Num. obs: 87925 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 10.46 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2.01 Å / Redundancy: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / % possible all: 98 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3EO9 Resolution: 1.895→42.258 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / Phase error: 19.75 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.895→42.258 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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