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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zfo | ||||||
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タイトル | J22.9-xi: chimeric mouse/human antibody against human BCMA (CD269) | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / antibody Fab-ligand complex anti-BCMA anti-tumor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lymphocyte homeostasis / TNFs bind their physiological receptors / 細胞内膜系 / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / signaling receptor activity / 獲得免疫系 / シグナル伝達 / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.895 Å | ||||||
データ登録者 | Marino, S.F. / Daumke, O. / Olal, D. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Oncol / 年: 2015 タイトル: Potent anti-tumor response by targeting B cell maturation antigen (BCMA) in a mouse model of multiple myeloma. 著者: Oden, F. / Marino, S.F. / Brand, J. / Scheu, S. / Kriegel, C. / Olal, D. / Takvorian, A. / Westermann, J. / Yilmaz, B. / Hinz, M. / Daumke, O. / Hopken, U.E. / Muller, G. / Lipp, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4zfo.cif.gz | 215 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4zfo.ent.gz | 168.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4zfo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/4zfo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/4zfo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3eo9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 FK
#1: タンパク質 | 分子量: 5903.708 Da / 分子数: 2 断片: Extracellular (N-terminal) domain, UNP residues 1-54 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF17, BCM, BCMA / プラスミド: pGEX6p-1 詳細 (発現宿主): N-terminal glutathione-S-transferase (GST) fusion 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q02223 |
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-抗体 , 3種, 4分子 LHAB
#2: 抗体 | 分子量: 23542.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Fab Light Chain fragment of anti-BCMA antibody J22.9-xi 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pTT5 / 詳細 (発現宿主): 6x EBNA protein binding sites / 細胞株 (発現宿主): HEK293_6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) | ||
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#3: 抗体 | 分子量: 23641.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Fab Heavy Chain fragment of anti-BCMA antibody J22.9-xi 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pTT5 / 詳細 (発現宿主): 6x EBNA protein binding sites / 細胞株 (発現宿主): HEK293_6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 抗体 | | 分子量: 23471.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Fab Light Chain fragment of anti-BCMA antibody J22.9-xi 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pTT5 / 詳細 (発現宿主): 6x EBNA protein binding sites / 細胞株 (発現宿主): HEK293_6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
-非ポリマー , 3種, 774分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.99 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1 microliter of the complex at 8 mg/ml with 2 microliters of 21% PEG 3350, 0.1 M BisTris pH 6.5 and 5 mM CuCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.895→42.268 Å / Num. obs: 87925 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 10.46 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / % possible all: 98 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3EO9 解像度: 1.895→42.258 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.75 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.895→42.258 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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