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- PDB-3mlw: Crystal structure of anti-HIV-1 V3 Fab 1006-15D in complex with a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mlw
タイトルCrystal structure of anti-HIV-1 V3 Fab 1006-15D in complex with an MN V3 peptide
要素
  • HIV-1 gp120 third variable region (V3) crown
  • Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 1006-15D Fab heavy chain
  • Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 1006-15D Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / human monoclonal antibody / Fab / HIV-1 / gp120 / third variable loop / antibody-antigen interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
HIV-1 M:B_MN (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kong, X.-P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Conserved structural elements in the V3 crown of HIV-1 gp120.
著者: Jiang, X. / Burke, V. / Totrov, M. / Williams, C. / Cardozo, T. / Gorny, M.K. / Zolla-Pazner, S. / Kong, X.P.
履歴
登録2010年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 1006-15D Fab light chain
H: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 1006-15D Fab heavy chain
P: HIV-1 gp120 third variable region (V3) crown
M: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 1006-15D Fab light chain
I: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 1006-15D Fab heavy chain
Q: HIV-1 gp120 third variable region (V3) crown
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,21212
ポリマ－100,6426
非ポリマー5706
水2,900161
1
L: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 1006-15D Fab light chain
H: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 1006-15D Fab heavy chain
P: HIV-1 gp120 third variable region (V3) crown
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6066
ポリマ－50,3213
非ポリマー2853
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6070 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area20830 Å2
手法PISA
2
M: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 1006-15D Fab light chain
I: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 1006-15D Fab heavy chain
Q: HIV-1 gp120 third variable region (V3) crown
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6066
ポリマ－50,3213
非ポリマー2853
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6220 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area21040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.924, 82.312, 149.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.350, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 1006-15D Fab light chain


分子量: 23035.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 1006-15D Fab heavy chain


分子量: 24574.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド HIV-1 gp120 third variable region (V3) crown


分子量: 2711.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) HIV-1 M:B_MN (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P05877
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE FAB WERE MADE BY ENZYME DIGESTION, THEREFORE THE REAL ENDINGS OF THE CHAINS ...AUTHORS STATE THAT THE FAB WERE MADE BY ENZYME DIGESTION, THEREFORE THE REAL ENDINGS OF THE CHAINS ARE UNKNOWN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.71 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350, K dihydrogen phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年11月8日
詳細: Bent single Si (111) crystal monochromator (horizontal focusing and deflection) with vertical focusing mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 29061 / % possible obs: 94 % / Rmerge(I) obs: 0.156 / Χ2: 0.825 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.7-2.80.36322000.4371.2
2.8-2.910.34624620.43880
2.91-3.040.31327610.50290.3
3.04-3.20.28930280.60298.4
3.2-3.40.24130820.702100
3.4-3.660.19530600.923100
3.66-4.030.17131041.148100
4.03-4.620.14230891.291100
4.62-5.810.12831181.003100
5.81-500.09531570.71699.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0091精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→42.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 15.659 / SU ML: 0.322 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.418 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 1473 5.1 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.218 29059 93.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 112.98 Å2 / Biso mean: 48.043 Å2 / Biso min: 9.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0.01 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→42.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6979 0 30 161 7170
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0227189
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2871.9549796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.65914
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.89423.846273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.466151123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1921532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21078
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215420
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4881.54576
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.91427406
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.02432613
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8254.52390
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.771 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 82 -
Rwork0.244 1380 -
all-1462 -
obs--64.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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