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万見
- PDB-1q0y: Anti-Morphine Antibody 9B1 Complexed with Morphine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q0y
タイトルAnti-Morphine Antibody 9B1 Complexed with Morphine
要素
  • Fab 9B1, Heavy chain
  • Fab 9B1, Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTI-MORPHINE ANTIBODY / FAB
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / blood microparticle / adaptive immune response / immune response / extracellular space
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MOI / Ig lambda-1 chain V regions MOPC 104E/RPC20/J558/S104 / Anti-MOG Z12 variable gamma 2a / Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pozharski, E. / Wilson, M.A. / Hewagama, A. / Shanafelt, A.B. / Petsko, G. / Ringe, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Anchoring a cationic ligand: the structure of the Fab fragment of the anti-morphine antibody 9B1 and its complex with morphine
著者: Pozharski, E. / Wilson, M.A. / Hewagama, A. / Shanafelt, A.B. / Petsko, G. / Ringe, D.
履歴
登録2003年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999AUTHOR STATES NO DBREF AVAILABLE The author has stated that a database reference sequence is ...AUTHOR STATES NO DBREF AVAILABLE The author has stated that a database reference sequence is unavailable for either chain in this structure. UNKNOWN SEQUENCE Residues 129-134 have been listed in the SEQRES as unknown (UNK) by author's request.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab 9B1, Light chain
H: Fab 9B1, Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4435
ポリマ－45,9652
非ポリマー4773
水5,350297
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area19050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.118, 60.024, 115.263
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-512-

HOH

21H-611-

HOH

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要素

#1: 抗体 Fab 9B1, Light chain


分子量: 22525.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01724
#2: 抗体 Fab 9B1, Heavy chain


分子量: 23440.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8VDC9, UniProt: Q9D9B8*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MOI / (7R,7AS,12BS)-3-METHYL-2,3,4,4A,7,7A-HEXAHYDRO-1H-4,12-METHANO[1]BENZOFURO[3,2-E]ISOQUINOLINE-7,9-DIOL / MORPHINE / (5A,6A)-7,8-DIDEHYDRO-4,5-EPOXY-17-METHYLMORPHINIAN-3,6-DIOL / MORPHIUM / MORPHIA / DOLCONTIN / DUROMORPH / MORPHINA / NEPENTHE / モルヒネ


分子量: 285.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.67 %
結晶化温度: 298 K / pH: 4.6
詳細: 22% PEG MME 2000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K, pH 4.60

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年10月16日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→33 Å / Num. obs: 25462 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 38.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 15C8 (CONSTANT DOMAIN) + PDB ENTRY 1E4X (VARIABLE DOMAIN)

15c8

1e4x


解像度: 2→33 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: BULK SOLVENT MASK CORRECTED TO EXCLUDE INTERNAL CAVITIES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 1228 4.7 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.194 25462 97.8 %-
all-25462 --
溶媒の処理Bsol: 31.8 Å2 / ksol: 0.307 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.573 Å20 Å21.881 Å2
2---1.703 Å20 Å2
3---0.131 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3196 0 31 297 3524
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.34
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.941.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.812
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.052
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.12.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 118 4.5 %
Rwork0.27 2345 -
obs--94.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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