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- PDB-1mcp: PHOSPHOCHOLINE BINDING IMMUNOGLOBULIN FAB MC/PC603. AN X-RAY DIFF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mcp
タイトルPHOSPHOCHOLINE BINDING IMMUNOGLOBULIN FAB MC/PC603. AN X-RAY DIFFRACTION STUDY AT 2.7 ANGSTROMS
要素
  • IGA-KAPPA MCPC603 FAB (HEAVY CHAIN)
  • IGA-KAPPA MCPC603 FAB (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNOGLOBULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ig heavy chain V region M603
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Satow, Y. / Cohen, G.H. / Padlan, E.A. / Davies, D.R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986
タイトル: Phosphocholine binding immunoglobulin Fab McPC603. An X-ray diffraction study at 2.7 A.
著者: Satow, Y. / Cohen, G.H. / Padlan, E.A. / Davies, D.R.
#1: ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 1981
タイトル: Kappa Chain Structure from a Crystallized Murine Fab(Prime). Role of Joining Segment in Hapten Binding
著者: Rudikoff, S. / Satow, Y. / Padlan, E. / Davies, D. / Potter, M.
#2: ジャーナル: Contemp.Top.Mol.Immunol. / 年: 1975
タイトル: Immunoglobulin Structures at High Resolution
著者: Davies, D.R. / Padlan, E.A. / Segal, D.M.
#3: ジャーナル: The Immune System. Genes,Receptors,Signals. Proceedings of the 1974 I.C.N.-U.C.L.A. Symposium on Molecular Biology
年: 1974
タイトル: The Three-Dimensional Structure of the Antigen Binding Site of Mc/Pc 603 Protein
著者: Padlan, E.A. / Segal, D.M. / Cohen, G.H. / Davies, D.R. / Rudikoff, S. / Potter, M.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1974
タイトル: The Three-Dimensional Structure of a Phosphorylcholine-Binding Mouse Immunoglobulin Fab and the Nature of the Antigen Binding Site
著者: Segal, D.M. / Padlan, E.A. / Cohen, G.H. / Rudikoff, S. / Potter, M. / Davies, D.R.
#5: ジャーナル: Nature New Biol. / 年: 1973
タイトル: Structure at 4.5 Angstroms Resolution of a Phosphorylcholine-Binding Fab
著者: Padlan, E.A. / Segal, D.M. / Spande, T.F. / Davies, D.R. / Rudikoff, S. / Potter, M.
#6: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1972
タイトル: Crystals of Phosphorylcholine-Binding Fab-Fragments from Mouse Myeloma Proteins. Preparation and X-Ray Analysis
著者: Rudikoff, S. / Potter, M. / Segal, D.M. / Padlan, E.A. / Davies, D.R.
履歴
登録1984年7月9日処理サイト: BNL
改定 1.01985年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02023年7月26日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_database_status / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_validate_main_chain_plane.improper_torsion_angle / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
詳細: Coordinates and associated ncs operations (if present) transformed into standard crystal frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IGA-KAPPA MCPC603 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGA-KAPPA MCPC603 FAB (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5293
ポリマ－48,4332
非ポリマー961
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area19700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.531, 162.531, 60.719
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Atom site foot note1: FOR RESIDUES 28-37 AND 162-163 OF THE LIGHT CHAIN AND RESIDUE 202 OF THE HEAVY CHAIN, THE DENSITY WAS POOR. THESE RESIDUES WERE BUILT MAINLY BY STEREOCHEMISTRY.
2: RESIDUES PRO L 8, PRO L 101, PRO L 147, PRO H 143, PRO H 155 ARE CIS PROLINES.

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要素

#1: 抗体 IGA-KAPPA MCPC603 FAB (LIGHT CHAIN)


分子量: 24113.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 208622
#2: 抗体 IGA-KAPPA MCPC603 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量: 24319.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01789
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.25 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
243 %satammonium sulfate1reservior
1protein1drop

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 24235 / Num. measured all: 147706

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解析

精密化Rfactor Rwork: 0.225 / 最高解像度: 2.7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3401 0 5 138 3544
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg3.5
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 23737 / Rfactor obs: 0.225
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d3.5
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_planar_d0.037
X-RAY DIFFRACTIONo_plane_restr0.027
X-RAY DIFFRACTIONo_chiral_restr0.257
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it0.5
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it0.4
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it1
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it0.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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