[日本語] English
万見
- PDB-1lqb: Crystal structure of a hydroxylated HIF-1 alpha peptide bound to ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lqb
タイトルCrystal structure of a hydroxylated HIF-1 alpha peptide bound to the pVHL/elongin-C/elongin-B complex
要素
  • Elongin B
  • Elongin C
  • Hypoxia-inducible factor 1 ALPHA
  • von hippel-lindau disease tumor supressor
キーワードGENE REGULATION / protein-peptide complex / tumor suppressor / cancer / proteosomal degradation / ubiquitin / prolyl hydroxylation
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / neural fold elevation formation / intestinal epithelial cell maturation / iris morphogenesis / : / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / elastin metabolic process / regulation of transforming growth factor beta2 production / glandular epithelial cell maturation ...epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / neural fold elevation formation / intestinal epithelial cell maturation / iris morphogenesis / : / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / elastin metabolic process / regulation of transforming growth factor beta2 production / glandular epithelial cell maturation / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / cardiac ventricle morphogenesis / hemoglobin biosynthetic process / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of hormone biosynthetic process / negative regulation of growth / Cellular response to hypoxia / retina vasculature development in camera-type eye / mesenchymal cell apoptotic process / PTK6 Expression / B-1 B cell homeostasis / negative regulation of bone mineralization / collagen metabolic process / regulation of protein neddylation / vascular endothelial growth factor production / regulation of cellular response to hypoxia / intracellular oxygen homeostasis / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / RHOBTB3 ATPase cycle / dopaminergic neuron differentiation / negative regulation of thymocyte apoptotic process / transcription regulator activator activity / lactate metabolic process / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / target-directed miRNA degradation / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / elongin complex / motile cilium / negative regulation of TOR signaling / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Replication of the SARS-CoV-1 genome / transcription elongation factor activity / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / response to iron ion / embryonic hemopoiesis / regulation of glycolytic process / DNA-binding transcription repressor activity / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / neural crest cell migration / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / PTK6 promotes HIF1A stabilization / positive regulation of neuroblast proliferation / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / DNA-binding transcription activator activity / digestive tract morphogenesis / muscle cell cellular homeostasis / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / response to muscle activity / axonal transport of mitochondrion / heart looping / bone mineralization / E-box binding / outflow tract morphogenesis / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of macroautophagy / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / neuroblast proliferation / TOR signaling / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / cellular response to interleukin-1 / chondrocyte differentiation / embryonic placenta development / negative regulation of signal transduction / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / positive regulation of chemokine production / lactation / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of endothelial cell proliferation / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / axon cytoplasm / positive regulation of erythrocyte differentiation / negative regulation of miRNA transcription / intracellular glucose homeostasis / ciliary tip
類似検索 - 分子機能
Hypoxia-inducible factor-1 alpha / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / PAS fold-3 ...Hypoxia-inducible factor-1 alpha / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / PAS fold-3 / PAS fold / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Elongin-C / Elongin B / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / PAS domain / PAS repeat profile. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / PAS domain / PAS domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B / Hypoxia-inducible factor 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hon, W.C. / Wilson, M.I. / Harlos, K. / Claridge, T.D. / Schofield, C.J. / Pugh, C.W. / Maxwell, P.H. / Ratcliffe, P.J. / Stuart, D.I. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2002
タイトル: Structural basis for the recognition of hydroxyproline in HIF-1 alpha by pVHL.
著者: Hon, W.C. / Wilson, M.I. / Harlos, K. / Claridge, T.D. / Schofield, C.J. / Pugh, C.W. / Maxwell, P.H. / Ratcliffe, P.J. / Stuart, D.I. / Jones, E.Y.
履歴
登録2002年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Elongin B
B: Elongin C
C: von hippel-lindau disease tumor supressor
D: Hypoxia-inducible factor 1 ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7695
ポリマ－46,6734
非ポリマー961
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6830 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area18010 Å2
手法PISA
2
A: Elongin B
B: Elongin C
C: von hippel-lindau disease tumor supressor
D: Hypoxia-inducible factor 1 ALPHA
ヘテロ分子

A: Elongin B
B: Elongin C
C: von hippel-lindau disease tumor supressor
D: Hypoxia-inducible factor 1 ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,53810
ポリマ－93,3468
非ポリマー1922
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_775-y+2,-x+2,-z+1/21
Buried area17380 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area32310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.940, 58.940, 243.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Elongin B / transcription elongation factor B / polypeptide 2


分子量: 13147.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質 Elongin C / transcription elongation factor B (sIII) / polypeptide 1


分子量: 10843.420 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 17-112 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質 von hippel-lindau disease tumor supressor / PVHL / G7 protein


分子量: 18702.291 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 52-213 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40337

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 D

#4: タンパク質・ペプチド Hypoxia-inducible factor 1 ALPHA / HIF-1 ALPHA


分子量: 3979.335 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 549-582 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was synthesized with a biotin tag at the N-terminus and with P564 as a 4(R)hydroxyproline. The sequence of the peptide is naturally found in homo sapiens (human).
参照: UniProt: Q16665

-
非ポリマー , 2種, 85分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: HEPES, PEG2000 monomethylester, ammonium sulfate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
18 mg/mlprotein1drop
2100 mMHEPES1reservoirpH7.4
340 %PEG2000MME1reservoir
4200 mMammonium sulfate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月30日
放射モノクロメーター: Diamond [111] and Ge crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 24245 / % possible obs: 76 % / 冗長度: 18.5 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Rsym value: 0.49 / % possible all: 30
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 76 % / Num. measured all: 448657 / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / % possible obs: 30 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EPMR位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VCB.pdb

1vcb


解像度: 2→29.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1108 4.8 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.225 23019 76.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.5116 Å2 / ksol: 0.341289 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.35 Å / Luzzati sigma a free: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2905 0 5 84 2994
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 102 4.9 %
Rwork0.289 1978 -
obs-1546 42.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_HYP.PARWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMPROTEIN_HYP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 30 Å / Rfactor obs: 0.225 / Rfactor Rfree: 0.278 / Rfactor Rwork: 0.226
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.91
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.07 Å / Rfactor Rfree: 0.352 / Rfactor Rwork: 0.289

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る