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- PDB-6gmr: pVHL:EloB:EloC in complex with (4-(1H-pyrrol-1-yl)phenyl)methanol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gmr
タイトルpVHL:EloB:EloC in complex with (4-(1H-pyrrol-1-yl)phenyl)methanol
要素
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • Hypoxia inducible factor 1alpha, residues 559-577
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードLIGASE / E3 ubiquitin ligase / von Hippel Lindau tumor supressor / PROTOC / Fragment-based drug discovery
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / neural fold elevation formation / iris morphogenesis / intestinal epithelial cell maturation / : / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / elastin metabolic process / regulation of transforming growth factor beta2 production / glandular epithelial cell maturation ...epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / neural fold elevation formation / iris morphogenesis / intestinal epithelial cell maturation / : / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / elastin metabolic process / regulation of transforming growth factor beta2 production / glandular epithelial cell maturation / hemoglobin biosynthetic process / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / cardiac ventricle morphogenesis / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of growth / positive regulation of hormone biosynthetic process / Cellular response to hypoxia / retina vasculature development in camera-type eye / mesenchymal cell apoptotic process / regulation of protein neddylation / negative regulation of bone mineralization / PTK6 Expression / intracellular oxygen homeostasis / B-1 B cell homeostasis / collagen metabolic process / regulation of cellular response to hypoxia / vascular endothelial growth factor production / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / dopaminergic neuron differentiation / transcription regulator activator activity / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / lactate metabolic process / negative regulation of thymocyte apoptotic process / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of TOR signaling / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Replication of the SARS-CoV-1 genome / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / response to iron ion / neural crest cell migration / VCB complex / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / embryonic hemopoiesis / regulation of glycolytic process / motile cilium / DNA-binding transcription repressor activity / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle / PTK6 promotes HIF1A stabilization / DNA-binding transcription activator activity / digestive tract morphogenesis / muscle cell cellular homeostasis / positive regulation of neuroblast proliferation / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / axonal transport of mitochondrion / response to muscle activity / heart looping / bone mineralization / E-box binding / intracellular glucose homeostasis / TOR signaling / outflow tract morphogenesis / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of epithelial cell migration / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / cellular response to interleukin-1 / epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / neuroblast proliferation / chondrocyte differentiation / embryonic placenta development / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / negative regulation of signal transduction / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase II Transcription Elongation / positive regulation of chemokine production / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / lactation / positive regulation of endothelial cell proliferation / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / axon cytoplasm / negative regulation of autophagy / negative regulation of miRNA transcription / protein serine/threonine kinase binding
類似検索 - 分子機能
Hypoxia-inducible factor-1 alpha / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / PAS fold-3 ...Hypoxia-inducible factor-1 alpha / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / PAS fold-3 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / PAS fold / Elongin-C / Elongin B / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(4-pyrrol-1-ylphenyl)methanol / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B / Hypoxia-inducible factor 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Van Molle, I. / Lucas, X. / Ciulli, A.
資金援助 英国, 5件
組織認可番号国
European Research CouncilERC-2012-StG-311460
European CommissionH2020-MSCA-IF-2015-806323
European CommissionEC PIEF-GA-2010-275683
welcome trust 100476/Z/12/Z 英国
welcome trust 094090/Z/10/Z 英国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Surface Probing by Fragment-Based Screening and Computational Methods Identifies Ligandable Pockets on the von Hippel-Lindau (VHL) E3 Ubiquitin Ligase.
著者: Lucas, X. / Van Molle, I. / Ciulli, A.
履歴
登録2018年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Elongin-B
C: Elongin-C
H: Hypoxia inducible factor 1alpha, residues 559-577
V: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5857
ポリマ－45,2234
非ポリマー3613
水6,197344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7010 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area17640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.880, 59.880, 246.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 BCV

#1: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 13147.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: extra M inserted at the N-terminus by cloning / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#4: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18840.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 H

#3: タンパク質・ペプチド Hypoxia inducible factor 1alpha, residues 559-577


分子量: 2260.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: residues 559-577 Hyp564 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16665*PLUS

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非ポリマー , 4種, 347分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-F4K / (4-pyrrol-1-ylphenyl)methanol


分子量: 173.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H11NO
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.58 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M K phosphate pH 6.6, 0.2 M AS, 20% PEG MME 5000, 5% DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.07169 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07169 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 45106 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 12.1 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 28.69
反射 シェル解像度: 1.75→1.85 Å / 冗長度: 12.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.48 / CC1/2: 0.865 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
BUSTER-TNT位相決定
精密化解像度: 1.75→33.843 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.92 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2355 2227 5.05 %
Rwork0.211 --
obs0.2122 44124 94.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→33.843 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2852 0 24 344 3220
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062974
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8444039
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.592322
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056451
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005526
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7501-1.78810.29131620.27112680X-RAY DIFFRACTION100
1.7881-1.82970.27461220.26242720X-RAY DIFFRACTION100
1.8297-1.87550.28211410.25712729X-RAY DIFFRACTION100
1.8755-1.92620.4712920.40461540X-RAY DIFFRACTION58
1.9262-1.98280.37341130.30972213X-RAY DIFFRACTION82
1.9828-2.04680.2391530.22992706X-RAY DIFFRACTION100
2.0468-2.120.23741370.22042743X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.20480.26741400.23512732X-RAY DIFFRACTION100
2.2048-2.30520.3491230.31532102X-RAY DIFFRACTION77
2.3052-2.42670.24361310.2252745X-RAY DIFFRACTION100
2.4267-2.57860.291630.21442728X-RAY DIFFRACTION100
2.5786-2.77770.25061260.20962772X-RAY DIFFRACTION100
2.7777-3.0570.23241320.20792807X-RAY DIFFRACTION100
3.057-3.4990.21011740.19422795X-RAY DIFFRACTION100
3.499-4.40680.17931610.18122834X-RAY DIFFRACTION100
4.4068-33.84930.2291570.19073051X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.0565 Å / Origin y: -25.4192 Å / Origin z: -5.7195 Å
111213212223313233
T0.2483 Å2-0.0653 Å20.037 Å2-0.2103 Å20.0137 Å2--0.1845 Å2
L1.0932 °2-0.2756 °20.1584 °2-1.115 °20.3527 °2--1.4299 °2
S0.1073 Å °-0.0412 Å °-0.0597 Å °-0.0654 Å °-0.0168 Å °0.0358 Å °-0.0677 Å °-0.0708 Å °-0.0958 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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