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- PDB-1k6q: Crystal structure of antibody Fab fragment D3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k6q
タイトルCrystal structure of antibody Fab fragment D3
要素
  • immunoglobulin Fab D3, heavy chain
  • immunoglobulin Fab D3, light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antigen-antibody recognition / blood coagulation / tissue factor
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / :
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Faelber, K. / Kelley, R.F. / Kirchhofer, D. / Muller, Y.A.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of murine Fab D3 at 2.4 A resolution in comparison with the humanised Fab D3h44 (1.85A) provides structural insight into the humanisation process of the D3 anti-tissue factor antibody
著者: Faelber, K. / Kelley, R.F. / Kirchhofer, D. / Muller, Y.A.
#1: ジャーナル: THROMB.HAEMOST. / 年: 2000
タイトル: Epitope location on tissue factor determines the anticoagulant potency of monoclonal anti-tissue factor antibodies
著者: Kirchhofer, D. / Moran, P. / Chiang, N. / Kim, J. / Riederer, M.A. / Eigenbrot, C. / Kelley, R.F.
履歴
登録2001年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: immunoglobulin Fab D3, light chain
H: immunoglobulin Fab D3, heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4462
ポリマ－46,4462
非ポリマー00
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.17, 77.48, 75.19
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.75, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 immunoglobulin Fab D3, light chain


分子量: 23121.465 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pEMX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9R1A5
#2: 抗体 immunoglobulin Fab D3, heavy chain


分子量: 23325.008 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pEMX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.6
詳細: lithium sulphate, sodium acetate, pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.835 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: triangular monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.835 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→40 Å / Num. all: 16837 / Num. obs: 16837 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 40.9 Å2 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.39→2.58 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 3144 / Rsym value: 0.239 / % possible all: 84.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
XDSデータ削減
AMoRE位相決定
CNS1精密化
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: humanised Fab D3h44

解像度: 2.4→19.6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 1214 7.22 %RANDOM
Rwork0.225 ---
all-16820 --
obs-16820 97.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.54 Å20 Å2-8.02 Å2
2---1.46 Å20 Å2
3----5.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3200 0 0 175 3375
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.68
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.029
Rfactor反射数%反射
Rfree0.413 203 -
Rwork0.318 --
obs-2650 93.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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