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- PDB-5ado: Crystal structure of the paraoxon-modified A.17 antibody FAB frag... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ado
タイトルCrystal structure of the paraoxon-modified A.17 antibody FAB fragment - Light chain S35R mutant
要素(FAB A.17) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / ENZYME REPROGRAMMING / ANTIBODIES / IG SUPERFAMILY / IN SILICO ANTIBODY MATURATION
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DIETHYL PHOSPHONATE
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Chatziefthimiou, S.D. / Smirnov, I.V. / Golovin, A.V. / Stepanova, A.V. / Peng, Y. / Zolotareva, O.I. / Belogurov, A.A. / Ponomarenko, N.A. / Blackburn, G.M. / Gabibov, A.A. ...Chatziefthimiou, S.D. / Smirnov, I.V. / Golovin, A.V. / Stepanova, A.V. / Peng, Y. / Zolotareva, O.I. / Belogurov, A.A. / Ponomarenko, N.A. / Blackburn, G.M. / Gabibov, A.A. / Lerner, R. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: Sci.Adv. / 年: 2016
タイトル: Robotic Qm/Mm-Driven Maturation of Antibody Combining Sites.
著者: Smirnov, I.V. / Golovin, A.V. / Chatziefthimiou, S.D. / Stepanova, A.V. / Peng, Y. / Zolotareva, O.I. / Belogurov, A.A. / Kurkova, I.N. / Ponomarenko, N.A. / Wilmanns, M. / Blackburn, G.M. / ...著者: Smirnov, I.V. / Golovin, A.V. / Chatziefthimiou, S.D. / Stepanova, A.V. / Peng, Y. / Zolotareva, O.I. / Belogurov, A.A. / Kurkova, I.N. / Ponomarenko, N.A. / Wilmanns, M. / Blackburn, G.M. / Gabibov, A.G. / Lerner, R.A.
履歴
登録2015年8月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: FAB A.17
L: FAB A.17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2163
ポリマ－54,0782
非ポリマー1381
水8,899494
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-13.2 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.661, 67.075, 66.698
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 FAB A.17


分子量: 27417.242 Da / 分子数: 1 / 断片: HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PPICZALPHA JK1 / 発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): GS115
#2: 抗体 FAB A.17


分子量: 26660.377 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PPICZALPHA JK1 / 発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): GS115
#3: 化合物 ChemComp-DEP / DIETHYL PHOSPHONATE / ジエトキシホスフィニルラジカル


分子量: 138.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H11O3P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細DIETHYL PHOSPHONATE (DEP): 1-ETHOXYPHOSPHONOYLOXYETHANE
配列の詳細CHAIN L HAS MUTATION S35R

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.18 M MGCL2 16% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 6000 0.1 M N-(2-ACETAMIDO) IMINODIACETIC ACID (ADA) PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.8266
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(III) CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8266 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→40 Å / Num. obs: 64020 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 23.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.93 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XZA

2xza


解像度: 1.55→40 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 2 / 位相誤差: 21.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.199 3246 5.1 %
Rwork0.168 --
obs0.17 60774 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3174 0 8 494 3676
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.57320.36151400.28132554X-RAY DIFFRACTION100
1.5732-1.59770.31751470.25752662X-RAY DIFFRACTION100
1.5977-1.62390.25681210.24532623X-RAY DIFFRACTION100
1.6239-1.65190.26761360.23652640X-RAY DIFFRACTION100
1.6519-1.6820.28361500.22772634X-RAY DIFFRACTION100
1.682-1.71430.27111350.2222681X-RAY DIFFRACTION100
1.7143-1.74930.25611530.20992613X-RAY DIFFRACTION100
1.7493-1.78740.23691460.19922629X-RAY DIFFRACTION100
1.7874-1.82890.22841380.19592623X-RAY DIFFRACTION100
1.8289-1.87470.2341460.17782629X-RAY DIFFRACTION100
1.8747-1.92540.23291260.17642673X-RAY DIFFRACTION100
1.9254-1.9820.22121570.18522608X-RAY DIFFRACTION100
1.982-2.0460.21291400.17592659X-RAY DIFFRACTION100
2.046-2.11910.21441430.18472610X-RAY DIFFRACTION100
2.1191-2.20390.20071460.17492671X-RAY DIFFRACTION100
2.2039-2.30420.24431270.17942681X-RAY DIFFRACTION100
2.3042-2.42570.20481270.17662623X-RAY DIFFRACTION100
2.4257-2.57770.23891300.18262683X-RAY DIFFRACTION100
2.5777-2.77660.19211420.17892653X-RAY DIFFRACTION100
2.7766-3.0560.19621610.17312634X-RAY DIFFRACTION100
3.056-3.4980.18641620.1652631X-RAY DIFFRACTION100
3.498-4.40620.18531460.13382628X-RAY DIFFRACTION98
4.4062-40.21340.12971270.13572712X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.047-0.22791.47052.7946-0.67964.7330.11240.6218-0.4155-0.3269-0.11290.09870.507-0.20450.02890.2345-0.0020.02370.362-0.07260.20851.0434-2.5708-2.6536
21.32810.01170.041.227-0.75322.19330.014-0.0086-0.08070.068-0.02150.07020.1368-0.05090.02680.1606-0.02350.00790.10150.00190.1748.7633-7.488524.4737
33.9316-0.035-2.1071.4757-0.25135.00840.12330.22750.1197-0.00820.04380.0834-0.1878-0.0538-0.15480.12920.02710.01960.1574-0.00040.1963-17.49074.573410.1825
46.13690.13531.29610.8264-0.07561.9008-0.0799-0.21350.06480.10550.04320.0749-0.0636-0.14970.02890.18430.00120.02010.11780.01060.15437.99354.41737.6108
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN H AND RESID 2:99)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN H AND RESID 100:222)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN L AND RESID 4:108)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN L AND RESID 109:216)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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