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- PDB-1k3v: Porcine Parvovirus Capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k3v
タイトルPorcine Parvovirus Capsid
要素capsid protein VP2
キーワードVIRUS / capsid / icosahadral / beta sheet / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=1 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Empty Capsid Viral Protein 2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Porcine parvovirus (ブタパルボウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Simpson, A.A. / Hebert, B. / Sullivan, G.M. / Parrish, C.R. / Zadori, Z. / Tijssen, P. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: The structure of porcine parvovirus: comparison with related viruses.
著者: Simpson, A.A. / Hebert, B. / Sullivan, G.M. / Parrish, C.R. / Zadori, Z. / Tijssen, P. / Rossmann, M.G.
履歴
登録2001年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: capsid protein VP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4111
ポリマ－64,4111
非ポリマー00
水00
1
A: capsid protein VP2
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,864,67960
ポリマ－3,864,67960
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: capsid protein VP2
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 322 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)322,0575
ポリマ－322,0575
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: capsid protein VP2
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 386 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)386,4686
ポリマ－386,4686
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: capsid protein VP2
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 3.86 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,864,67960
ポリマ－3,864,67960
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)442.49, 443.05, 251.31
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
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48generate(0.82149882, 0.35961565, -0.44251132), (0.55713882, -0.34100652, 0.75717295), (0.121392, -0.86855693, -0.4804923)11.11884, 27.49841, 170.01887
49generate(0.83669622, -0.54610174, -0.04138025), (0.2697631, 0.34519572, 0.89892591), (-0.47662072, -0.76329077, 0.43614205)74.17686, -20.55389, 162.09045
50generate(0.30968264, -0.5184767, 0.79704365), (0.48202114, 0.80816114, 0.33842456), (-0.81960495, 0.27938768, 0.50019021)71.72407, -52.56531, 89.1696
51generate(-0.26064311, 0.46001717, -0.84879289), (-0.95647023, -0.24257516, 0.16224056), (-0.13126263, 0.85413201, 0.50321827)139.2987, 212.70935, -39.70795
52generate(0.02979316, -0.48683154, -0.87298764), (-0.88670684, 0.39025671, -0.24789249), (0.46137117, 0.78146961, -0.42004987)205.49645, 168.73104, -34.05434
53generate(-0.33501846, -0.939544, -0.07084987), (-0.46398194, 0.22995514, -0.85547729), (0.82005085, -0.25372763, -0.51297066)236.64081, 180.31395, 38.36156
54generate(-0.85092072, -0.27248697, 0.44909328), (-0.27248697, -0.50194855, -0.8208523), (0.44909328, -0.8208523, 0.35286927)189.69132, 231.4509, 77.46344
55generate(-0.80495422, 0.5924894, -0.03170195), (-0.57686147, -0.79398834, -0.19186808), (-0.13885078, -0.13615739, 0.98090857)129.53059, 251.47236, 29.21382
56generate(-0.49856057, -0.60539827, -0.62042751), (0.66830951, 0.18739482, -0.71989275), (0.55208673, -0.77354775, 0.31116575)255.68168, 58.66505, 64.77483
57generate(-0.80495422, -0.57686147, -0.13885078), (0.5924894, -0.79398834, -0.13615739), (-0.03170195, -0.19186808, 0.98090857)253.38727, 126.89829, 23.6998
58generate(-0.99574981, -0.04111985, -0.08241038), (-0.04111985, -0.6021725, 0.79730636), (-0.08241038, 0.79730636, 0.59792231)215.90495, 112.90976, -45.20299
59generate(-0.80727432, 0.26144989, -0.52910503), (-0.35689178, 0.49775936, 0.79048332), (0.47003876, 0.82697012, -0.30851903)195.03401, 36.03113, -46.71222
60generate(-0.49999447, -0.08729335, -0.8616179), (0.08155968, 0.9857388, -0.1471973), (0.86217953, -0.14387111, -0.48574433)219.61738, 2.50606, 21.2578

-
要素

#1: タンパク質 capsid protein VP2 / COAT PROTEIN VP2


分子量: 64411.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porcine parvovirus (ブタパルボウイルス)
属: Parvovirus / 遺伝子: VP2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): High Five / 参照: UniProt: P18546

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20mM Hepes-NaOH 8mM CaCl, .05% sodium azide, 1-1.5% PEG8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein11
220 mMHEPES-NaOH12pH6.5
38 mM12CaCl2
40.05 %(w/v)sodium azide12
51PEG800012or 1.5%

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月20日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→30 Å / Num. all: 254870 / Num. obs: 254870 / % possible obs: 41.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.46 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Net I/σ(I): 1.8
反射 シェル解像度: 3.5→3.62 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.574 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique all: 17511 / % possible all: 28.6
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.5 Å / % possible obs: 28.6 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE+ DM位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Feline Panleukopenia virus

解像度: 3.5→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 3847 -RANDOM
Rwork0.286 ---
all0.394 254870 --
obs0.283 194195 31.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4306 0 0 0 4306
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.67
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.14
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.52 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3872 28
Rwork0.3863 -
obs-1921
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.5 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 1 / Rfactor obs: 0.275
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.14
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.5 Å / Rfactor obs: 0.377

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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