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- PDB-1ijs: CPV (STRAIN D) mutant A300D, complex (VIRAL COAT/DNA), VP2, PH=7.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ijs
タイトルCPV (STRAIN D) mutant A300D, complex (VIRAL COAT/DNA), VP2, PH=7.5, T=4 DEGREES C
要素
  • DNA (5'-D(*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*CP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*A)-3')
  • PROTEIN (PARVOVIRUS COAT PROTEIN)
キーワードVirus/DNA / MUTANT A300D / VIRAL COAT PROTEIN / COMPLEX (PARVOVIRUS COAT PROTEIN-DNA) / Icosahedral virus / Virus-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / T=1 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Empty Capsid Viral Protein 2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Capsid protein VP1 / Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Canine parvovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Llamas-Saiz, A.L. / Agbandje-McKenna, M. / Parker, J.S.L. / Wahid, A.T.M. / Parrish, C.R. / Rossmann, M.G.
引用
ジャーナル: Virology / 年: 1996
タイトル: Structural analysis of a mutation in canine parvovirus which controls antigenicity and host range.
著者: Llamas-Saiz, A.L. / Agbandje-McKenna, M. / Parker, J.S. / Wahid, A.T. / Parrish, C.R. / Rossmann, M.G.
#1: ジャーナル: Virology / 年: 1993
タイトル: Structure, Sequence, and Function Correlations Among Parvoviruses
著者: Chapman, M.S. / Rossmann, M.G.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: Determination and Refinement of the Canine Parvovirus Empty-Capsid Structure
著者: Wu, H. / Keller, W. / Rossmann, M.G.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1992
タイトル: Structure Determination of Monoclinic Canine Parvovirus
著者: Tsao, J. / Chapman, M.S. / Wu, H. / Agbandje, M. / Keller, W. / Rossmann, M.G.
#4: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Canine Parvovirus and its Functional Implications
著者: Tsao, J. / Chapman, M.S. / Agbandje, M. / Keller, W. / Smith, K. / Wu, H. / Luo, M. / Smith, T.J. / Rossmann, M.G. / Compans, R.W.
履歴
登録1996年9月12日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01996年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月2日Group: Structure summary
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年4月3日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
改定 1.62024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 285THE ENTRY PRESENTED HERE DOES NOT CONTAIN THE COMPLETE CRYSTAL ASYMMETRIC UNIT. IN ADDITION, THE ...THE ENTRY PRESENTED HERE DOES NOT CONTAIN THE COMPLETE CRYSTAL ASYMMETRIC UNIT. IN ADDITION, THE COORDINATES ARE NOT PRESENTED IN THE STANDARD CRYSTAL FRAME. IN ORDER TO GENERATE THE FULL CRYSTAL AU, APPLY THE FOLLOWING TRANSFORMATION MATRIX OR MATRICES AND SELECTED BIOMT RECORDS TO THE COORDINATES, AS SHOWN BELOW. X0 1 0.453521 0.200253 0.868416 0.00000 X0 2 -0.716194 0.661791 0.221396 0.00000 X0 3 -0.530360 -0.722416 0.443592 0.00000 CRYSTAL AU = (X0) * (BIOMT 1-60) * CHAINS P,N,A

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
N: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*A)-3')
A: DNA (5'-D(*AP*C)-3')
P: PROTEIN (PARVOVIRUS COAT PROTEIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9713
ポリマ－67,9713
非ポリマー00
水00
1
N: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*A)-3')
A: DNA (5'-D(*AP*C)-3')
P: PROTEIN (PARVOVIRUS COAT PROTEIN)
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,078,249180
ポリマ－4,078,249180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
N: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*A)-3')
A: DNA (5'-D(*AP*C)-3')
P: PROTEIN (PARVOVIRUS COAT PROTEIN)
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 340 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)339,85415
ポリマ－339,85415
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
N: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*A)-3')
A: DNA (5'-D(*AP*C)-3')
P: PROTEIN (PARVOVIRUS COAT PROTEIN)
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 408 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)407,82518
ポリマ－407,82518
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
N: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*A)-3')
A: DNA (5'-D(*AP*C)-3')
P: PROTEIN (PARVOVIRUS COAT PROTEIN)
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 4.08 MDa, 180 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,078,249180
ポリマ－4,078,249180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
transform to crystal frame1
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)267.600, 268.500, 274.300
Angle α, β, γ (deg.)61.90, 62.60, 60.20
Int Tables number1
Space group name H-MP1
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*A)-3') / DNA FRAGMENT OF CANINE PARVOVIRUS


分子量: 2629.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canine parvovirus (ウイルス) / 属: Parvovirus / 生物種: Feline panleukopenia virus / 株: STRAIN D
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*C)-3') / DNA FRAGMENT OF CANINE PARVOVIRUS


分子量: 557.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canine parvovirus (ウイルス) / 属: Parvovirus / 生物種: Feline panleukopenia virus / 株: D
#3: タンパク質 PROTEIN (PARVOVIRUS COAT PROTEIN)


分子量: 64783.629 Da / 分子数: 1 / Mutation: A300D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canine parvovirus (ウイルス) / 属: Parvovirus / 生物種: Feline panleukopenia virus / 株: STRAIN D / 細胞株: CANINE (CANIS FAMILIARIS) A72 / 生物種 (発現宿主): Canis lupus / 細胞株 (発現宿主): CANINE A72 / 発現宿主: Canis lupus familiaris (イヌ) / 株 (発現宿主): familiaris / キーワード: MUTANT A300D / 参照: UniProt: P30129, UniProt: P17455*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化pH: 7.5
詳細: 0.75% PEG8000, 10MM TRIS-HCL, 8MM CACL2.2H2O, PH=7.5
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2PEG 800011
3BIS-TRIS-PROPANE_HCL11
4CACL211
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tsao, J., (1992) Acta Crystallogr.,Sect.B, 48, 75.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.75 %PEG80001reservoir
26 mM1reservoirCaCl2
310 mMTris-HCl1reservoirpH7.5
41

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年9月15日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.5→15 Å / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.0896
反射
*PLUS
最高解像度: 3.25 Å / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 1.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PURDUESOFTWAREデータ収集
PURDUESOFTWAREデータ削減
PURDUEAVERAGING PROGRAMモデル構築
精密化
PURDUEDATA PROCESSING PACKAGEデータスケーリング
PURDUEAVERAGING PROGRAM位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CANINE PARVOVIRUS (MONOCLINIC P21)

最高解像度: 3.25 Å
詳細: INTERPRETABLE ELECTRON DENSITY BEGINS AT THE 37TH RESIDUE OF VP2. THERE IS DIFFUSE DENSITY, SUGGESTING THAT ONE IN FIVE OF THE N-TERMINI IS ON THE OUTSIDE OF THE CAPSID, AND THAT THE ...詳細: INTERPRETABLE ELECTRON DENSITY BEGINS AT THE 37TH RESIDUE OF VP2. THERE IS DIFFUSE DENSITY, SUGGESTING THAT ONE IN FIVE OF THE N-TERMINI IS ON THE OUTSIDE OF THE CAPSID, AND THAT THE POLYPEPTIDE RUNS DOWN THE FIVE-FOLD AXIS TO JOIN RESIDUE 37 ON THE INSIDE SURFACE (SEE ACTA CRYSTALLOGR. 1992 REFERENCE ABOVE). ELEVEN NUCLEOTIDES OF THE GENOMIC SINGLE-STRANDED DNA ARE BOUND TO EACH OF THE 60 PROTOMERS OF THE CAPSID, TOGETHER CONSTITUTING 13 PERCENT OF THE GENOME. THE ELECTRON DENSITY IS THE AVERAGE OF UP TO 60 DIFFERENT REGIONS OF THE DNA SEQUENCE. THUS, THE ELECTRON DENSITY FOR EACH BASE IS EXPECTED TO BE BLURRED AS IT IS THE AVERAGE OF MANY BASES. HOWEVER, FOR MANY OF THE NUCLEOTIDES, THE ELECTRON DENSITY IS DISTINCTIVE FOR PURINE OR PYRIMIDINE, AND IN SOME CASES FOR INDIVIDUAL BASE-TYPE. THIS SHOWS THAT THERE IS SOME SEQUENCE PREFERENCE. THERE ARE 30+ REGIONS OF THE ENCAPSIDATED GENOMIC SEQUENCE THAT SATISFY THIS PREFERENCE (SEE *JRNL* REFERENCE), BUT THE HOMOLOGY BETWEEN THEM IS WEAK. THE BASE-TYPES OF THE DNA MODEL WERE CHOSEN TO FIT THE ELECTRON DENSITY AND STERIC CONSTRAINTS BEST, AND IS THEREFORE SIMILAR TO THE CONSENSUS OF THE VIRAL SEQUENCES THAT BIND. NOTE THAT THE SEQUENCE OF THE DNA IN THE GENBANK ENTRY PVCPVC IS THE NEGATIVE OF THE SEQUENCE THAT IS ENCAPSIDATED IN THE VIRION. INTERPRETABLE ELECTRON DENSITY BEGINS AT THE 37TH RESIDUE OF VP2. THERE IS DIFFUSE DENSITY, SUGGESTING THAT ONE IN FIVE OF THE N-TERMINI IS ON THE OUTSIDE OF THE CAPSID, AND THAT THE POLYPEPTIDE RUNS DOWN THE FIVE-FOLD AXIS TO JOIN RESIDUE 37 ON THE INSIDE SURFACE (SEE ACTA CRYSTALLOGR. 1992 REFERENCE ABOVE).
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4353 218 0 0 4571
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.25 Å / Rfactor obs: 0.159
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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