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- PDB-6b9q: Single particle cryo-EM structure determination of the LuIII caps... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b9q
タイトルSingle particle cryo-EM structure determination of the LuIII capsid protein
要素Capsid protein VP2
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Parvoviridae / VP2 capsid protein
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=1 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Parvovirus LuIII (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Pittman, N.C. / Agbandje-McKenna, M.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM082946-07S1, 229 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM082946 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5T32AI007110-34 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA029303 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM116792 米国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2017
タイトル: Atomic Resolution Structure of the Oncolytic Parvovirus LuIII by Electron Microscopy and 3D Image Reconstruction.
著者: Nikéa Pittman / Adam Misseldine / Lorena Geilen / Sujata Halder / J Kennon Smith / Justin Kurian / Paul Chipman / Mandy Janssen / Robert Mckenna / Timothy S Baker / Anthony D'Abramo / Susan ...著者: Nikéa Pittman / Adam Misseldine / Lorena Geilen / Sujata Halder / J Kennon Smith / Justin Kurian / Paul Chipman / Mandy Janssen / Robert Mckenna / Timothy S Baker / Anthony D'Abramo / Susan Cotmore / Peter Tattersall / Mavis Agbandje-McKenna /
要旨: LuIII, a protoparvovirus pathogenic to rodents, replicates in human mitotic cells, making it applicable for use to kill cancer cells. This virus group includes H-1 parvovirus (H-1PV) and minute virus ...LuIII, a protoparvovirus pathogenic to rodents, replicates in human mitotic cells, making it applicable for use to kill cancer cells. This virus group includes H-1 parvovirus (H-1PV) and minute virus of mice (MVM). However, LuIII displays enhanced oncolysis compared to H-1PV and MVM, a phenotype mapped to the major capsid viral protein 2 (VP2). This suggests that within LuIII VP2 are determinants for improved tumor lysis. To investigate this, the structure of the LuIII virus-like-particle was determined using single particle cryo-electron microscopy and image reconstruction to 3.17 Å resolution, and compared to the H-1PV and MVM structures. The LuIII VP2 structure, ordered from residue 37 to 587 (C-terminal), had the conserved VP topology and capsid morphology previously reported for other protoparvoviruses. This includes a core β-barrel and α-helix A, a depression at the icosahedral 2-fold and surrounding the 5-fold axes, and a single protrusion at the 3-fold axes. Comparative analysis identified surface loop differences among LuIII, H-1PV, and MVM at or close to the capsid 2- and 5-fold symmetry axes, and the shoulder of the 3-fold protrusions. The 2-fold differences cluster near the previously identified MVM sialic acid receptor binding pocket, and revealed potential determinants of protoparvovirus tumor tropism.
履歴
登録2017年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02017年11月15日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02017年11月15日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42025年5月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-7071
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7071
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein VP2
B: Capsid protein VP2
C: Capsid protein VP2
D: Capsid protein VP2
E: Capsid protein VP2
F: Capsid protein VP2
G: Capsid protein VP2
H: Capsid protein VP2
I: Capsid protein VP2
J: Capsid protein VP2
K: Capsid protein VP2
L: Capsid protein VP2
M: Capsid protein VP2
N: Capsid protein VP2
O: Capsid protein VP2
P: Capsid protein VP2
Q: Capsid protein VP2
R: Capsid protein VP2
S: Capsid protein VP2
T: Capsid protein VP2
U: Capsid protein VP2
V: Capsid protein VP2
W: Capsid protein VP2
X: Capsid protein VP2
Y: Capsid protein VP2
Z: Capsid protein VP2
1: Capsid protein VP2
2: Capsid protein VP2
3: Capsid protein VP2
4: Capsid protein VP2
5: Capsid protein VP2
6: Capsid protein VP2
a: Capsid protein VP2
b: Capsid protein VP2
c: Capsid protein VP2
d: Capsid protein VP2
e: Capsid protein VP2
f: Capsid protein VP2
g: Capsid protein VP2
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i: Capsid protein VP2
j: Capsid protein VP2
k: Capsid protein VP2
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o: Capsid protein VP2
p: Capsid protein VP2
q: Capsid protein VP2
r: Capsid protein VP2
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t: Capsid protein VP2
u: Capsid protein VP2
v: Capsid protein VP2
w: Capsid protein VP2
x: Capsid protein VP2
y: Capsid protein VP2
z: Capsid protein VP2
7: Capsid protein VP2
8: Capsid protein VP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,929,39760
ポリマ－3,929,39760
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, Fully assembled particles were visualized by transmission electron microscopy after VLP purification from sf9 cell extracts.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1008690 Å2
ΔGint-4183 kcal/mol
Surface area872310 Å2

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要素

#1: タンパク質 ...
Capsid protein VP2 / Isoform VP2 of capsid protein VP1


分子量: 65489.953 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Parvovirus LuIII (ウイルス)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P36310
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: LuIII virus / タイプ: VIRUS / 詳細: Overexpression of VP2 in Sf9 cells / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 3.9 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: LuIII virus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: unidentified
ウイルス殻名称: VP / 直径: 280 nm / 三角数 (T数): 1
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
10.1 MTrisC4H11NO31
20.5 Msodium chlorideNaCl1
30.002 Mmagnesium chlorideMgCl21
40.008 Mcalcium chlorideCaCl21
試料濃度: 0.75 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/4
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 1.5 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF post-column filter
画像スキャン動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 2-30

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.10-2155_2155: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1AUTOPP M粒子像選択
8PHENIXモデル精密化
13Auto3DEM３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 20142
3次元再構成解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 18134 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.009271560
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.798371640
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.029272700
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05539960
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00649140

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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